| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,171,379 | C→T | A240V (GCC→GTC) | birA → | biotin‑[acetyl‑CoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,171,379 | 0 | C | T | 95.5% | 1598.6 / 25.3 | 495 | A240V (GCC→GTC) | birA | biotin‑[acetyl‑CoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/7); new base T (275/197); total (290/205) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 522 total aligned reads displayed.
CAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAACTCTTCGAACAAGAAGGATTGGCACCTTATCTGTCGCGCTGGGAAAAGCTGGATAAT > NC_000913/4171289‑4171470 | cAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCa < 1:1274141/93‑1 (MQ=255)cAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCa < 2:2675554/93‑1 (MQ=255)cAATGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCa < 1:3718563/93‑1 (MQ=255) aaTGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCAt < 1:1705577/93‑1 (MQ=255) aaTGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCAt > 1:2177972/1‑93 (MQ=255) aTGCGCCGTGTTGAAGAGAGTGTCGTTAATCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGCCATg > 2:5300035/1‑93 (MQ=255) 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tCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCTTGCTAATACGTGAATTAAGTGCTGCGGTGGa > 1:7421717/1‑93 (MQ=255) tCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGa > 2:4243663/1‑93 (MQ=255) tCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGa > 2:7252430/1‑93 (MQ=255) tCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGa > 1:7160169/1‑93 (MQ=255) tCAGGGGTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACCTGAATTACGTGCTGCGTTGGa > 1:8360121/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAAct > 1:1578272/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAAct > 1:2582652/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATCACGCTGCAGGAAGCGGGGATCAATCTCGATCGTAATACGTTGGCGGTCATGCTAATACGTGAATTACGTGCTGCGTTGGAAct > 1:7861656/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |