| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,356,994 | C→T | A206T (GCA→ACA) | cadB ← | transport of lysine/cadaverine |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,356,994 | 0 | C | T | 99.8% | 1731.0 / ‑6.2 | 479 | A206T (GCA→ACA) | cadB | transport of lysine/cadaverine |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (231/246); total (231/248) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 487 total aligned reads displayed.
TGTAAACAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGCGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCATGACCATCAGTGGTATCCGCAGTATTCCAGTTAG > NC_000913/4356904‑4357083 | tGTAAACAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTgg > 2:6906872/1‑93 (MQ=255) gTAAACAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGa < 1:5985525/93‑1 (MQ=255) gTAAACAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGa < 2:7131827/93‑1 (MQ=255) aaaCAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGAtt < 2:456705/93‑1 (MQ=255) aaaCAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGAtt > 1:5492019/1‑93 (MQ=255) aaaCAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGAtt > 1:382614/1‑93 (MQ=255) aaCAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTc > 1:716953/1‑93 (MQ=255) aCAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCa > 1:1484945/1‑93 (MQ=255) aCAATACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCa > 2:9193029/1‑93 (MQ=255) cAATCCCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCaa < 1:9891812/93‑1 (MQ=255) aTACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAaca > 2:1015532/1‑93 (MQ=255) aTACCTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAaca < 2:5309675/93‑1 (MQ=255) aTAACTGCTAAAACAGTAACCAGCATGGTTGCCAGCGGGACGGGACGGTTCGGGGTTTTTAACATAACAGTACTT‑ACAACTGTGGGTTTaaaa > 2:6286792/1‑91 (MQ=255) ccTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACAccc < 1:6355244/93‑1 (MQ=255) cTGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCa < 2:5608331/93‑1 (MQ=255) tGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCAc > 1:1885791/1‑93 (MQ=255) tGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCAc < 1:5058037/93‑1 (MQ=255) tGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCAc > 1:2505114/1‑93 (MQ=255) tGCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCAc > 1:2589909/1‑93 (MQ=255) gCTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACg > 2:551971/1‑93 (MQ=255) cTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGa > 1:1202073/1‑93 (MQ=255) cTAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGa > 1:7060994/1‑93 (MQ=255) tAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGaa < 1:9572485/93‑1 (MQ=255) tAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGaa < 2:5184691/93‑1 (MQ=255) tAAACCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGaa < 2:7452637/93‑1 (MQ=255) aaaCCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAg > 1:3445294/1‑93 (MQ=255) aaaCCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAg < 1:1623947/93‑1 (MQ=255) aaCCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCCCGAAgg < 1:3288230/93‑1 (MQ=255) aaCCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAgg > 1:9064409/1‑93 (MQ=255) aCCAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGc > 1:4930592/1‑93 (MQ=255) ccAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGcc < 2:9061094/93‑1 (MQ=255) ccAGTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGcc > 2:7898881/1‑93 (MQ=255) cAGTGCCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGccc < 1:214306/93‑1 (MQ=255) gTACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCcac < 1:9231545/93‑1 (MQ=255) tACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCcaca > 1:7399372/1‑93 (MQ=255) tACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCcaca < 1:3973770/93‑1 (MQ=255) tACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCcaca < 2:2154057/93‑1 (MQ=255) tACCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCcaca < 2:3179332/93‑1 (MQ=255) aCCCAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAg < 1:421024/93‑1 (MQ=255) cccAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAgg < 2:6497638/93‑1 (MQ=255) cccAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAgg < 2:1757516/93‑1 (MQ=255) cccAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAgg < 2:503575/93‑1 (MQ=255) cAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgca < 2:9608690/93‑1 (MQ=255) cAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgca < 1:8937128/93‑1 (MQ=255) cAGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgca < 2:8499660/93‑1 (MQ=255) aGCATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgcag > 2:3797235/1‑93 (MQ=255) cATGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgcagag < 1:3409745/93‑1 (MQ=255) aTGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgcagagc > 2:7632087/1‑93 (MQ=255) tGGTTGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGgcagagca > 2:8850920/1‑93 (MQ=255) tGCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAAt < 1:5167397/93‑1 (MQ=255) gCCAGCGGAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATa < 1:1134274/93‑1 (MQ=255) cGGAACGGTATGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCTCAGTCAGAGCAGAATTCtttt < 2:8215038/93‑1 (MQ=255) ggAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTa > 1:3075011/1‑93 (MQ=255) ggAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTa < 1:8480597/93‑1 (MQ=255) gAACGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTaa < 2:2008821/93‑1 (MQ=255) aaCGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAAt < 1:10019608/93‑1 (MQ=255) aaCGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAAt < 2:2269166/93‑1 (MQ=255) aaCGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAAt < 2:3661901/93‑1 (MQ=255) aCGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATg > 2:2761586/1‑93 (MQ=255) cGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTTCTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGa < 1:3792326/93‑1 (MQ=255) cGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAATACCCACAAAGGCACACAGGCACAGCGGAATCTTTTTAATgt > 1:7570432/1‑92 (MQ=255) cGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGa < 2:1489641/93‑1 (MQ=255) cGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGa < 1:9436366/93‑1 (MQ=255) cGGTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGa < 1:275299/93‑1 (MQ=255) ggTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGAt > 2:8641853/1‑93 (MQ=255) cgTACGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGAt < 2:5404364/92‑1 (MQ=255) aCGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGc < 2:3964644/93‑1 (MQ=255) aCGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGc > 2:4750483/1‑93 (MQ=255) aCGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGc < 2:1129430/93‑1 (MQ=255) cttttCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCa < 2:2552548/91‑1 (MQ=255) cGTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCa < 1:6868955/93‑1 (MQ=255) gTTTCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCAt > 1:3656154/1‑93 (MQ=255) tttCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGTATACTTTTAATGATCGCATg > 1:7692214/1‑93 (MQ=255) tttCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCATg > 1:6644805/1‑93 (MQ=255) ttCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCATGa > 2:4806637/1‑93 (MQ=255) tCGGGTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCATGAc > 1:8820578/1‑93 (MQ=255) gggTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCATGACCa > 2:5910889/1‑93 (MQ=255) gggTTTTTAACCATACCAGTACTT‑ACAGCTGTGGATTCAACACCCACGAAGGCCCACAGGCAGAGCAGAATACTTTTAATGATCGCATGACCa < 1:450120/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |