Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,518,280 | T→C | S437G (AGT→GGT) | yjhF ← | putative transport system permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,518,280 | 0 | T | C | 98.7% | 1244.0 / 1.6 | 394 | S437G (AGT→GGT) | yjhF | putative transport system permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (179/210); total (183/211) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
AATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGAAACTGG > NC_000913/4518190‑4518369 | aaTTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGa < 2:3033478/93‑1 (MQ=255) tATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATgg < 1:6233169/93‑1 (MQ=255) tGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGAt > 2:8520204/1‑93 (MQ=255) gggggACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATa > 1:442301/1‑93 (MQ=255) gggggACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATa < 1:8939150/93‑1 (MQ=255) gggACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAag < 1:7931016/93‑1 (MQ=255) gggACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAag > 1:1325995/1‑93 (MQ=255) ggACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACAAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAaga < 1:973726/93‑1 (MQ=255) cAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAgtg < 2:4215752/93‑1 (MQ=255) aGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAgtgt > 1:7645232/1‑93 (MQ=255) aGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAgtgt > 2:9571879/1‑93 (MQ=255) gTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGtgtg > 1:5678316/1‑93 (MQ=255) gTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGtgtg < 2:4769960/93‑1 (MQ=255) gTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGtgtg > 2:5039167/1‑93 (MQ=255) gTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGtgtg < 1:1893741/93‑1 (MQ=255) tGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTgg > 1:8061583/1‑93 (MQ=255) gAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGa > 2:6614419/1‑93 (MQ=255) gAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGa < 2:9050811/93‑1 (MQ=255) aacaacAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGAc > 1:3915042/1‑93 (MQ=255) caacaGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACAt > 2:3381724/1‑93 (MQ=255) caacaGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACAt > 1:2564634/1‑93 (MQ=255) aacaGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATc < 2:9748290/93‑1 (MQ=255) aacaGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATc > 2:3745620/1‑93 (MQ=255) aacaGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATc < 1:5117963/93‑1 (MQ=255) caGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATcgg < 2:8720616/93‑3 (MQ=255) aGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGc > 2:1016628/1‑93 (MQ=255) gTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGt < 2:883752/93‑1 (MQ=255) tGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTcc < 2:6529248/93‑1 (MQ=255) tGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTcc < 1:3064723/93‑1 (MQ=255) tCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGa < 1:3710859/93‑1 (MQ=255) tCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGa < 2:1402275/93‑1 (MQ=255) cACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGAt < 2:1206220/93‑1 (MQ=255) aCTGGCAAGAACCCGATTATAAACCTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCGCCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATa < 2:5910072/93‑1 (MQ=255) cTGTCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGACGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATaa < 1:9757587/93‑1 (MQ=255) cTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATaa > 1:8523272/1‑93 (MQ=255) tGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAAc > 2:8150519/1‑93 (MQ=255) tGGAAAGACCCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCGCCGATGGATAAGAGTGAGGACATCAGCGTCCAGGATAAc < 1:9158187/93‑1 (MQ=255) ggCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACa > 1:9558223/1‑93 (MQ=255) gCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGGGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAg > 2:5498450/1‑93 (MQ=255) aaGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAACAGTGTGGACATCAGCGACCAGGATAACAGCg > 1:3175435/1‑93 (MQ=255) aGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATGAGAGTGTGGACATCAGCGTCAAGGATAACAGCGt > 2:8404020/1‑93 (MQ=255) aGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGt > 2:9361437/1‑93 (MQ=255) gAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGtt > 2:2808775/1‑93 (MQ=255) gAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGtt < 1:7159057/93‑1 (MQ=255) aaCCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGttt < 2:7975464/93‑1 (MQ=255) aaCCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGttt < 1:772970/93‑1 (MQ=255) cGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGGTAACAGCGTTTCttt < 2:7014338/93‑1 (MQ=255) cGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCttt < 1:6322499/93‑1 (MQ=255) cGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCttt > 1:9916821/1‑93 (MQ=255) cGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCttt < 2:4406847/93‑1 (MQ=255) aTTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTtgg > 1:4575617/1‑93 (MQ=255) tataAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTtggtg < 2:9175372/93‑1 (MQ=255) ataAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTtggtgg > 1:3496916/1‑93 (MQ=255) aaaaCTAAGCTGGCGAGGAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTc < 1:1678174/93‑1 (MQ=255) aaaaCTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTc > 2:5154198/1‑93 (MQ=255) aaCTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAg > 2:7267782/1‑93 (MQ=255) aCTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAgg > 1:4647109/1‑93 (MQ=255) aCTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAgg < 2:1537284/93‑1 (MQ=255) aCTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAgg > 1:9466305/1‑93 (MQ=255) cTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGc > 1:8685166/1‑93 (MQ=255) cTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGc > 1:2669997/1‑93 (MQ=255) tAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGcc < 2:3970870/93‑1 (MQ=255) aGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCaa > 1:4837768/1‑93 (MQ=255) gCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCaaa > 1:5994574/1‑93 (MQ=255) cTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCaaaa > 1:4289880/1‑93 (MQ=255) tGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCaaaaa > 2:1779265/1‑93 (MQ=255) cGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGt < 2:6735852/93‑1 (MQ=255) cGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGt < 1:2894512/93‑1 (MQ=255) aGCAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCt < 1:2184280/93‑1 (MQ=255) cAGAATAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCttt < 1:8415255/93‑1 (MQ=255) 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tAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAatca < 1:9281558/93‑1 (MQ=255) tAAAAATCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAatca < 1:1584403/93‑1 (MQ=255) aaaaaTCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAatcat < 1:1159488/93‑1 (MQ=255) aaaaTCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAatcatc < 1:10000007/93‑1 (MQ=255) aaaaTCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAatcatc < 2:774978/93‑1 (MQ=255) aaTCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCa < 1:7277164/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCCACCGATGGATAAGAGTGTTGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGTTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAg > 1:5365942/1‑93 (MQ=255) aGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACCTCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGaaa > 2:35675/1‑93 (MQ=255) aGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGaaa < 2:8268806/93‑1 (MQ=255) aGCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGaaa < 2:6084106/93‑1 (MQ=255) gCCCACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGAAAc < 2:9679009/93‑1 (MQ=255) cccACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGAAACt < 1:654983/93‑1 (MQ=255) ccACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGAAACTg < 2:7516876/93‑1 (MQ=255) cACCGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGAAACTgg > 1:2421583/1‑93 (MQ=255) | AATTATGGGGGACAGTGAACAACAGGTTGGCTCACTGGCAAGAACCCGATTATAAAACTAAGCTGGCGAGCAGAATAAAAATCAGCCCACTGATGGATAAGAGTGTGGACATCAGCGTCCAGGATAACAGCGTTTCTTTGGTGGTCAGGCCAAAAAAGTCTTTAATCATCCAGAAACTGG > NC_000913/4518190‑4518369 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |