| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 689,228 | T→C | S293G (AGC→GGC) | lnt ← | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 689,228 | 0 | T | C | 99.6% | 880.8 / ‑5.2 | 275 | S293G (AGC→GGC) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (138/136); total (138/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCTACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGCCAGATAA > NC_000913/689138‑689317 | cACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAc < 1:6539143/93‑1 (MQ=255)cACCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGAGCGTCGACAATCACGGTTACCAGCGAGCCAc > 2:3456085/1‑93 (MQ=255) aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAcc > 1:7118276/1‑93 (MQ=255) aCCTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCAcc < 1:3169907/93‑1 (MQ=255) cTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCGCCtt > 2:7416761/1‑93 (MQ=255) cTTTACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCtt > 1:387917/1‑93 (MQ=255) tttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCttt > 1:6465785/1‑93 (MQ=255) tttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCttt > 2:6914302/1‑93 (MQ=255) tttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAACCCCGGTTACCAGCGAGCCACCttt > 1:4197200/1‑93 (MQ=255) ttACCCAGCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTa < 2:2339260/93‑1 (MQ=255) gCGTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCa < 1:1084734/93‑1 (MQ=255) gTGATGATGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAAc < 1:4849602/93‑1 (MQ=255) tgatgaTGGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACt > 1:8375505/1‑93 (MQ=255) gatgatGGTGTGTTAGTGATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCTCCTTTATCACGCAACTc < 1:5339352/93‑1 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACCATCCCGGTTAACAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCa > 1:6181400/1‑93 (MQ=255) atgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCa < 2:1819291/93‑1 (MQ=255) tgatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTAGCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAc > 1:8313637/1‑93 (MQ=255) gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAcc < 1:808060/93‑1 (MQ=255) gatgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCAcc < 2:4768594/93‑1 (MQ=255) atgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCg < 2:9432655/93‑1 (MQ=255) tgGTGTTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGt < 2:10016426/93‑1 (MQ=255) ggTGTTGTAGGTCGCGTAGCGGGTCTGCTTATTGTGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGAGAGCCACCTTTATCACGCCACTCAcccgc > 2:2895977/1‑90 (MQ=255) gtgtTGTAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCTTcc > 1:7693980/1‑93 (MQ=255) tgttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCa < 2:3976333/93‑1 (MQ=255) tgttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCa < 2:9707825/93‑1 (MQ=255) gttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAg > 2:8239265/1‑93 (MQ=255) ttgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCAGt > 2:2435170/1‑93 (MQ=255) tgtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTg > 2:3026837/1‑93 (MQ=255) gtAGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGc > 1:9703638/1‑93 (MQ=255) aGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCtt < 1:5764848/93‑1 (MQ=255) aGGTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCtt > 1:2680291/1‑93 (MQ=255) ggTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCttt < 1:4082080/93‑1 (MQ=255) gTATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTg > 2:1992408/1‑93 (MQ=255) tATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTgg > 1:4775415/1‑92 (MQ=255) tATCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGa < 1:9397289/93‑1 (MQ=255) aTCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAg > 1:6485640/1‑93 (MQ=255) tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg > 1:203451/1‑93 (MQ=255) tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg < 2:3144070/93‑1 (MQ=255) tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg > 1:4565752/1‑93 (MQ=255) tCGTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAgg > 2:8027039/1‑93 (MQ=255) gTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGaa > 2:5872406/1‑93 (MQ=255) gTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGaa < 2:1087240/93‑1 (MQ=255) gTAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGaa < 1:553694/93‑1 (MQ=255) tAGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAAc > 2:1698601/1‑93 (MQ=255) aGCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACg < 1:1869673/93‑1 (MQ=255) gCGGTTCTGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACgg > 1:1816402/1‑93 (MQ=255) 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tGCTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGa > 2:2715885/1‑93 (MQ=255) cTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt > 1:9300414/1‑93 (MQ=255) cTTATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAtt > 2:4480972/1‑93 (MQ=255) ttATTGAGACGCGCGTCGACAAACCCGGTTACCAGCGAGCCACCCTTATCACGCAACTCACCGGCCAGGGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTa > 2:8990409/1‑93 (MQ=255) tATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTaa > 1:446217/1‑93 (MQ=255) tATTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTaa < 1:505937/93‑1 (MQ=255) aTTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAt > 2:5585330/1‑93 (MQ=255) aTTGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAt < 1:6767392/93‑1 (MQ=255) ttGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAtt > 2:5121597/1‑93 (MQ=255) tGAGACGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAAttt < 1:51248/93‑1 (MQ=255) gagaCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTc > 1:1186815/1‑93 (MQ=255) gagaCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTc < 1:8568031/93‑1 (MQ=255) gaCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCa < 2:4177231/93‑1 (MQ=255) aCGCGCGTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCCCCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAg < 1:9259409/93‑1 (MQ=255) cgcgcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGa < 1:1643877/93‑1 (MQ=255) cgcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATc < 1:7776360/93‑1 (MQ=255) cgcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATc < 1:38875/93‑1 (MQ=255) gcgTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCg > 2:4642960/1‑93 (MQ=255) gTCGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGt < 2:223119/93‑1 (MQ=255) gcGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGtt < 1:3363526/92‑1 (MQ=255) cGACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTa < 1:820230/93‑1 (MQ=255) gACAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGAGTAAATTCCAGATTGGTTAt > 2:8944443/1‑93 (MQ=255) aCAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATc > 1:7602265/1‑93 (MQ=255) cAATCCCGGTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCg > 2:8530510/1‑93 (MQ=255) 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cgTTACCGGCGAGCCTCCTTTATCACGCACCTCCCCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGTTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTc < 2:4288358/92‑1 (MQ=255) ggtcccAGCGAGCCACCTTTATCACACAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGCCTcc < 2:6776966/89‑1 (MQ=255) gTTACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTcc > 2:3389550/1‑93 (MQ=255) gTTACCAGAGAGCCACCTTTATCACGCAAGTCACCGGCCAGAGCTTTGAGGGACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACttc > 2:5364458/1‑91 (MQ=255) ttACCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCg > 1:3578714/1‑93 (MQ=255) aCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGc < 1:4323322/93‑1 (MQ=255) aCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTTGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGc > 2:381602/1‑93 (MQ=255) aCCAGCGAGCCACCTTTATCACGCAACTCACCGTCCAGTGCTTGGAGGAACGGTTGCTGATTAATTTCCAGATCGGTTATCGCCGACTCCGGc < 1:62138/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |