Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 752,007 | T→C | G4G (GGA→GGG) | ybgD ← | putative fimbrial‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 752,007 | 0 | T | C | 99.5% | 1230.5 / NA | 378 | G4G (GGA→GGG) | ybgD | putative fimbrial‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base C (146/229); minor base A (2/0); total (148/230) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 386 total aligned reads displayed.
CCTTAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTT > NC_000913/751916‑752096 | ccTTAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTc > 1:6722405/1‑93 (MQ=255) tAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCtt < 2:6755647/93‑1 (MQ=255) aGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTaa < 1:2628274/93‑1 (MQ=255) aGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTaa > 1:7854515/1‑93 (MQ=255) tGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTaaaa > 1:3758332/1‑92 (MQ=255) tGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAAc < 1:946079/93‑1 (MQ=255) tttCGCTAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATaa < 2:4886254/93‑1 (MQ=255) tttCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATaa < 2:5368043/93‑1 (MQ=255) attCGCCAAAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATaa < 2:8460517/92‑1 (MQ=255) ttCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAAc < 1:2246590/93‑1 (MQ=255) tCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATATTTTTTGCCCTTTAAACATAACa < 1:5881329/93‑1 (MQ=255) cGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACag < 1:4674999/93‑1 (MQ=255) gCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACaga > 2:7793705/1‑93 (MQ=255) gCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACaga < 1:838125/93‑1 (MQ=255) ccAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACagag < 1:301641/93‑1 (MQ=255) ccAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACagag > 2:9843597/1‑93 (MQ=255) cAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGt > 1:5324900/1‑93 (MQ=255) aGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAATCATAACAGAGTc > 2:10032384/1‑93 (MQ=255) gAACCTTCATCAGAAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTcc < 1:8960844/93‑1 (MQ=255) aaCCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCt < 1:1692706/93‑1 (MQ=255) aCCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCtt < 1:886421/93‑1 (MQ=255) aCCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCtt < 2:6903717/93‑1 (MQ=255) ccTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCttt > 1:1488946/1‑93 (MQ=255) cTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTa > 1:7293667/1‑93 (MQ=255) ttCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTaa < 1:8030587/93‑1 (MQ=255) ttCATCAGCACCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTaa > 2:834053/1‑93 (MQ=255) tcatcaGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTCAACATCACAGAGTCCTTTCAg > 1:9669958/1‑93 (MQ=255) tcatcaGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAg > 1:9121618/1‑93 (MQ=255) atcaGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAGCAGAAGAGATACGGCCAGTGCGGCTAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGa < 2:1681164/93‑1 (MQ=255) tcaGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACTGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGACCTTTAAANATAACAGAGTCCTNTAAGGat > 1:6372759/1‑93 (MQ=255) cagcagCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGata < 2:3828154/93‑1 (MQ=255) agcagcATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGatat < 2:2814499/93‑1 (MQ=255) gcagcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGAtata < 2:9238539/93‑1 (MQ=255) gcagcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGAtata < 1:2016788/93‑1 (MQ=255) gcagcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGAtata < 1:7791592/93‑1 (MQ=255) gcagcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGAtata < 2:5932578/93‑1 (MQ=255) gcagcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGAtata < 1:6075369/93‑1 (MQ=255) agcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGa < 1:8516674/93‑1 (MQ=255) agcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGa < 2:3596223/93‑1 (MQ=255) agcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGa < 2:2974265/93‑1 (MQ=255) gcaTAAACAGGTGCAGTGAACGGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGaa > 2:6448396/1‑93 (MQ=255) gcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGaa < 2:2153729/93‑1 (MQ=255) gcaTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGaa < 2:7551924/93‑1 (MQ=255) aTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATa < 2:4489452/93‑1 (MQ=255) aTAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATa < 1:1034468/93‑1 (MQ=255) tAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAg > 1:5226706/1‑93 (MQ=255) cAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGt < 1:3225568/93‑1 (MQ=255) cAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAATCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGt > 2:2517299/1‑93 (MQ=255) agttGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAATATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGta < 1:3268617/90‑1 (MQ=255) ggTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGtat < 1:9935918/93‑1 (MQ=255) ggTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGtat < 1:2757840/93‑1 (MQ=255) gTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGtata < 2:5589814/93‑1 (MQ=255) gTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGtata < 1:7085927/93‑1 (MQ=255) gCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGc < 1:1804820/93‑1 (MQ=255) gTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTAc > 2:1281087/1‑93 (MQ=255) aaCAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGcc > 2:6630369/1‑93 (MQ=255) aaCAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGcc < 1:3918412/93‑1 (MQ=255) aaCAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGcc < 2:8209570/93‑1 (MQ=255) aCAGCAGAGATATGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGAGATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCa < 1:5635894/93‑1 (MQ=255) aCAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCa < 1:922819/93‑1 (MQ=255) gcagAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGaa < 1:8666158/93‑1 (MQ=255) gcagAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGaa < 2:6344016/93‑1 (MQ=255) gcagAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGaa > 1:8713178/1‑93 (MQ=255) gcagAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGaa < 2:3377887/93‑1 (MQ=255) agagATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAata > 2:209625/1‑93 (MQ=255) gagaTACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAatat > 2:7332514/1‑93 (MQ=255) agaTACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATc < 2:6136987/93‑1 (MQ=255) agaTACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATc > 1:7460331/1‑93 (MQ=255) tACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGTATATCGTa < 2:1626395/93‑1 (MQ=255) tACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTa > 2:3204740/1‑93 (MQ=255) tACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTa < 1:7985008/93‑1 (MQ=255) aCGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTAt < 1:5482058/93‑1 (MQ=255) cGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTAtt < 1:4383051/93‑1 (MQ=255) ggCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTAttt < 2:7141379/93‑1 (MQ=255) gCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTg > 1:2896750/1‑93 (MQ=255) ccAGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGa < 2:2333521/93‑1 (MQ=255) aGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGatt > 2:8892069/1‑93 (MQ=255) aGTGCGGCCAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGatt > 1:4115931/1‑93 (MQ=255) 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ccAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCta < 2:9397897/93‑1 (MQ=255) cAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtag < 2:7675854/93‑1 (MQ=255) cAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtag > 2:1818389/1‑93 (MQ=255) cAATGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtag < 1:9558279/93‑1 (MQ=255) aaTGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagt > 2:2476021/1‑93 (MQ=255) aaTGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagt > 2:880363/1‑93 (MQ=255) aaTGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagt > 2:4217592/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTTTGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtt > 2:9338840/1‑93 (MQ=255) ttttttGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagttttt < 2:8086662/93‑1 (MQ=255) tttttGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagttttta < 1:3612424/93‑1 (MQ=255) tttttGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagttttta < 1:5025354/93‑1 (MQ=255) ttttGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtttttag > 2:7940896/1‑93 (MQ=255) ttttGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtttttag < 2:7065484/93‑1 (MQ=255) tttGCCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCtagtttttagt < 1:6304248/93‑1 (MQ=255) | CCTTAAAGTGAATTTCGCCAGAACCTTCATCAGCAGCATAAACAGGTGCAGTGAACAGCAGAGATACGGCCAGTGCGGCCAATGTTTTTTGTCCTTTAAACATAACAGAGTCCTTTAAGGATATAGAATAGGGGTATAGCTACGCCAGAATATCGTATTTGATTATTGCTAGTTTTTAGTT > NC_000913/751916‑752096 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |