| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 763,246 | C→T | A337V (GCA→GTA) | sucC → | succinyl‑CoA synthetase beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 763,246 | 0 | C | T | 99.3% | 980.6 / ‑4.0 | 285 | A337V (GCA→GTA) | sucC | succinyl‑CoA synthetase beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base T (150/131); total (152/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGA > NC_000913/763156‑763335 | gacgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGaa < 2:3010109/93‑1 (MQ=255) gacgacAAAGGGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGAGCTGATGGCTGACGGGATCATCAGCGCGGTAGTAGaa > 1:788666/1‑93 (MQ=255) gcgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAg < 1:5224361/92‑1 (MQ=255) acgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAg < 2:7123674/93‑1 (MQ=255) cgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGt < 2:4380192/93‑1 (MQ=255) cgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGt < 1:9469387/93‑1 (MQ=255) cgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGt > 2:1600092/1‑93 (MQ=255) gacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTg > 1:6093666/1‑93 (MQ=255) acAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTgg > 2:9603925/1‑93 (MQ=255) acAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTgg > 2:821328/1‑93 (MQ=255) acAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTgg < 1:6646509/93‑1 (MQ=255) cAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGGCCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTggg < 2:2181378/93‑1 (MQ=255) aaaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgt > 2:8281490/1‑93 (MQ=255) aaaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgt < 2:8410261/93‑1 (MQ=255) aaaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGgt < 2:3276299/93‑1 (MQ=255) aaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgtg < 2:2954740/93‑1 (MQ=255) aaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgtg > 2:9283944/1‑93 (MQ=255) aaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgtg > 1:4129416/1‑93 (MQ=255) aGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGGAGTAGAAGTGGgtgt > 1:428476/1‑93 (MQ=255) tGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTa > 2:5387694/1‑93 (MQ=255) gAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTaa > 2:165809/1‑93 (MQ=255) gAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTaa < 2:6904617/93‑1 (MQ=255) 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tGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCg > 1:3492816/1‑93 (MQ=255) tGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCg < 1:254331/93‑1 (MQ=255) tGGGTAACAGCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCg < 1:1485501/93‑1 (MQ=255) gTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTg > 2:4142542/1‑93 (MQ=255) gTTAACATCTTCGGCGGGATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTg > 2:6461631/1‑93 (MQ=255) aaCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTa > 1:10046394/1‑93 (MQ=255) aaCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTa < 2:4706086/93‑1 (MQ=255) aaCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTAGTGGTa < 1:1952873/93‑1 (MQ=255) aCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTAc < 2:3493431/93‑1 (MQ=255) cATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACg > 2:555503/1‑93 (MQ=255) aTCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGt > 2:364235/1‑93 (MQ=255) tCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTc > 1:4569292/1‑93 (MQ=255) cTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCt < 1:3011166/93‑1 (MQ=255) ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACTGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa > 2:4537422/1‑93 (MQ=255) ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa > 1:6784174/1‑93 (MQ=255) ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa < 2:1686982/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |