Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,216,420 | A→G | intergenic (+201/‑89) | ymgC → / → b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,216,420 | 0 | A | G | 99.5% | 1263.5 / NA | 386 | intergenic (+201/‑89) | ymgC/b1168 | hypothetical protein/putative proteases |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (166/218); minor base T (1/1); total (167/219) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509 | aTGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGa < 1:6546804/93‑1 (MQ=255) tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt > 2:9500694/1‑93 (MQ=255) tGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGAt > 2:2333786/1‑93 (MQ=255) ggAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATCTCCCGCCTAACTTATTTTGTCATGCCTACATCATGCTCCATAATTACTGGGATAGAta > 1:1333935/1‑92 (MQ=255) gagaGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCa > 1:9951018/1‑93 (MQ=255) atntctcGCNCTCCATTCTTGNNGCNTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 1:264223/90‑1 (MQ=255) agTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa > 1:8566960/1‑93 (MQ=255) agTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGa < 1:5050147/93‑1 (MQ=255) ttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg > 1:4063786/1‑93 (MQ=255) ttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg > 1:3353067/1‑93 (MQ=255) ttCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg > 1:8349916/1‑93 (MQ=255) ttCTCCCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATg < 2:7559786/93‑1 (MQ=255) tcGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgag > 1:5197470/1‑93 (MQ=255) tcGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGgag > 2:9699061/1‑93 (MQ=255) 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gACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCg < 2:6572895/93‑1 (MQ=255) gCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCg > 2:4314081/1‑93 (MQ=255) ccgaatatCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGt < 1:551408/89‑1 (MQ=255) cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg < 1:5884126/93‑1 (MQ=255) cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg < 2:1011565/93‑1 (MQ=255) cTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTg < 1:2284167/93‑1 (MQ=255) tGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTgg < 1:5391387/93‑1 (MQ=255) tGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTgg > 1:6848809/1‑93 (MQ=255) 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tAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATg > 1:7188468/1‑93 (MQ=255) aCTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGct < 2:1815654/93‑1 (MQ=255) ttATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctct < 2:4864623/93‑1 (MQ=255) tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc > 2:8184565/1‑93 (MQ=255) tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc < 2:3289832/93‑1 (MQ=255) tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc < 2:6467160/93‑1 (MQ=255) tATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGctctc > 2:879809/1‑93 (MQ=255) ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 1:7835928/93‑1 (MQ=255) ttttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTa < 2:2113628/93‑1 (MQ=255) tttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAc > 2:5609048/1‑93 (MQ=255) tttGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTAc < 1:7866537/93‑1 (MQ=255) tGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCa < 2:2443950/93‑1 (MQ=255) gTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAt < 1:2993132/93‑1 (MQ=255) gTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCAt < 2:7138313/93‑1 (MQ=255) tACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATg < 1:9142913/93‑1 (MQ=255) aCTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGc < 2:6718307/93‑1 (MQ=255) 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cTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCa < 1:1006393/93‑1 (MQ=255) cTCAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCa < 1:7663257/93‑1 (MQ=255) ccAATAATTAATGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAg < 1:3478094/92‑1 (MQ=255) taattaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGcgcg > 1:4896880/1‑93 (MQ=255) aattaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcga > 1:4460462/1‑93 (MQ=255) aattaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcga > 2:317237/1‑93 (MQ=255) attaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgag < 1:1849862/93‑1 (MQ=255) attaatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgag < 2:3788437/93‑1 (MQ=255) aatGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCgcgagcga < 2:6991003/93‑1 (MQ=255) atGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaa < 2:4627904/93‑1 (MQ=255) atGGGTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaa < 2:3950183/93‑1 (MQ=255) ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga < 1:6285008/93‑1 (MQ=255) ggTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatga > 1:9299516/1‑93 (MQ=255) gTTGGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCgaatgaa < 1:1174903/93‑1 (MQ=255) | ATGGAGAGTTCTCGCTCTCCATTCTTGACGCCTGATATCCCGCCTAACTTATTTTGTACTGCCTACATTATGCTCAATAATTAATGGGTTAGATCAAGATGGAGAAAATTTTATCTTCGGCGTGGATATTTCTTATGCTCTCTACCATGCTCTCTGTAGATGCCAGCGCGAGCGAATGAA > NC_000913/1216330‑1216509 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |