| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 134,838 | A→G | W249R (TGG→CGG) | speD ← | S‑adenosylmethionine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 134,838 | 0 | A | G | 99.8% | 1342.2 / NA | 415 | W249R (TGG→CGG) | speD | S‑adenosylmethionine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (265/149); total (266/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
TAAATAAATCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCACAGCGCAGCGGTAATTTCCTGGCGCTCGCTGTCGGTTAAGTCTTCCGGTTTGGTGTGGAACATGTAGTGCTTAAGGTCGAACTCTTTAA > NC_000913/134748‑134927 | taaataaaTCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgca < 1:9560685/93‑1 (MQ=255)taaataaaTCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgca > 1:1566676/1‑93 (MQ=255)taaataaaTCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgca > 1:7936978/1‑93 (MQ=255)taaataaaTCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCcgca > 1:5855253/1‑93 (MQ=255) aaataaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcag > 2:3541196/1‑93 (MQ=255) aaataaatCTGGCGGAGCCTGGGAGCTCCGCCAGAGCCGTTAAACAGCTGGCATATTGCGCCCGTAATAAATCTCGCGCATTTCTTTCCGcag > 2:6167999/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |