| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 160,649 | A→G | intergenic (‑45/+133) | dksA ← / ← sfsA | DksA/putative regulator for maltose metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 160,649 | 0 | A | G | 99.5% | 1263.7 / ‑2.6 | 396 | intergenic (‑45/+133) | dksA/sfsA | DksA/putative regulator for maltose metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (232/161); minor base . (2/0); total (234/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 446 total aligned reads displayed.
GAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATT > NC_000913/160560‑160738 | gagaATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGgaaa > 1:3789275/1‑93 (MQ=255) agaATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGgaaaa < 1:4963758/93‑1 (MQ=255) gaATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAAt > 1:7641272/1‑93 (MQ=255) aaTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATg < 2:7763595/93‑1 (MQ=255) aTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGa < 2:2760629/93‑1 (MQ=255) cTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGGTCCTCCTTAACAGCCAATAGCGATCCCCCTGTTAGGGGAGAAAATGCGGc > 1:2756434/1‑93 (MQ=255) cTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGc < 2:4184589/93‑1 (MQ=255) cTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑GAAATGAGGcc > 1:4052790/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 2:3248957/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc > 2:3121950/1‑93 (MQ=255) tCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGcc < 1:2883825/93‑1 (MQ=255) gggACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCt > 2:7071275/1‑93 (MQ=255) gACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCtat > 1:8212774/1‑93 (MQ=255) gACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCtat > 1:3604392/1‑93 (MQ=255) gACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGACGCtat > 2:1926375/1‑93 (MQ=255) aCGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCtata > 1:889226/1‑93 (MQ=255) aCGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCtata > 1:8373537/1‑93 (MQ=255) cGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATaa > 1:9703447/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAAt > 1:5146235/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTAATGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAAt < 2:2893869/93‑1 (MQ=255) gTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGGAAATGAGGCCGCTATAAATAg > 2:6478831/1‑93 (MQ=255) gTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAg < 1:1292704/93‑1 (MQ=255) ttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAg < 2:5203287/93‑1 (MQ=255) ttACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAg > 2:2420859/1‑93 (MQ=255) tACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGa < 1:2452615/93‑1 (MQ=255) gTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCt > 1:6337777/1‑93 (MQ=255) gTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCt > 2:6088555/1‑93 (MQ=255) gTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATACt > 1:1665046/1‑93 (MQ=255) ttttGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCTCTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCtt < 2:4657161/93‑1 (MQ=255) ttttGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCtt > 1:3948697/1‑93 (MQ=255) ttttGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCtt > 1:8766556/1‑93 (MQ=255) tGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTc > 2:6819359/1‑93 (MQ=255) gcgcttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTcc < 2:1219182/90‑1 (MQ=255) gCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTcc < 1:4017267/93‑1 (MQ=255) cccTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCg < 2:1687313/93‑1 (MQ=255) cttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGa > 1:6525008/1‑93 (MQ=255) ttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGAt > 2:4567017/1‑93 (MQ=255) ttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGAt > 1:7249921/1‑93 (MQ=255) ttcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGAt > 2:920134/1‑93 (MQ=255) ttcttGAATGTTTCTTCTCCTTGACCCTGACTATCCATCCCCAGGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGAt < 2:626813/93‑1 (MQ=255) tcttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATa > 2:2004486/1‑93 (MQ=255) cttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTTCGGATAg > 2:783736/1‑93 (MQ=255) cttGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAg < 1:3283373/93‑1 (MQ=255) aTGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAtt < 2:6632828/93‑1 (MQ=255) aTGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAtt > 2:6871058/1‑93 (MQ=255) tGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTa > 2:8157148/1‑93 (MQ=255) tGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTa > 2:5854356/1‑93 (MQ=255) ttGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATc > 1:192733/1‑93 (MQ=255) ttGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATc > 1:10026074/1‑93 (MQ=255) ttGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATc > 2:6717757/1‑93 (MQ=255) gCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTa > 1:5553916/1‑93 (MQ=255) gCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTa < 2:1313009/93‑1 (MQ=255) gCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTa > 2:8016565/1‑93 (MQ=255) cTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTaa > 1:7574281/1‑93 (MQ=255) cTTCTCCTTAACACCCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGCGAAAATGCGACCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTaa < 2:5750572/93‑1 (MQ=255) ttCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTaaa < 1:4615182/93‑1 (MQ=255) tcCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGt > 1:6131314/1‑93 (MQ=255) ccTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTa > 2:9440721/1‑93 (MQ=255) ccTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTa < 1:9511633/93‑1 (MQ=255) ccTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTa > 2:2308663/1‑93 (MQ=255) ccTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTa > 2:2113544/1‑93 (MQ=255) cTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTaa < 1:536385/93‑1 (MQ=255) cTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTaa > 1:4580390/1‑93 (MQ=255) ttAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAac < 2:8999498/93‑1 (MQ=255) tAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGATTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAaca > 2:7551327/1‑93 (MQ=255) aaCACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAacac < 2:7273013/93‑1 (MQ=255) acacGCCCTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt < 1:2125008/93‑1 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt > 2:9588300/1‑93 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt > 1:1503758/1‑93 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt < 1:9366651/93‑1 (MQ=255) acacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt < 2:152604/93‑1 (MQ=255) cacGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACtt > 1:79003/1‑93 (MQ=255) gCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGAc > 2:5569817/1‑93 (MQ=255) cACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGTAATTATCTAAACGTAACACTTGACa > 2:7166512/1‑93 (MQ=255) cTATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAAc > 2:1359609/1‑93 (MQ=255) tATCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACt > 2:349539/1‑93 (MQ=255) tCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACtgt < 2:5461325/93‑1 (MQ=255) tCGATCCCCATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACtgt < 2:9113930/93‑1 (MQ=255) 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cccATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAgg > 2:7652680/1‑93 (MQ=255) ccATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGa < 1:2832664/93‑1 (MQ=255) ccATGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACCTGACAACTGTGTGAGGa < 2:2488389/93‑1 (MQ=255) aTGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGaaa > 2:4837633/1‑93 (MQ=255) tGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGaaaa > 2:5057475/1‑93 (MQ=255) tGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGaaaa > 1:3007886/1‑93 (MQ=255) tGTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGaaaa > 2:370823/1‑93 (MQ=255) gTTCGGGGGGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAg > 1:6422526/1‑93 (MQ=255) ggggggAACATGAGGCCGCTAGAAATAGCAGATGCTTGTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAATCGTa < 1:6746629/93‑1 (MQ=255) ggggGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAt < 2:2645184/93‑1 (MQ=255) ggggGAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAt < 2:8523187/93‑1 (MQ=255) ggggAAAGTGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAtt < 2:8912242/93‑1 (MQ=255) ggggAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAtt > 1:9196609/1‑93 (MQ=255) ggggAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTAtt < 2:3826437/93‑1 (MQ=255) | GAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATT > NC_000913/160560‑160738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |