Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,702,726 | T→C | intergenic (‑394/‑247) | b1624 ← / → b1625 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,702,726 | 0 | T | C | 99.7% | 1083.4 / ‑5.4 | 333 | intergenic (‑394/‑247) | b1624/b1625 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (146/186); total (147/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.07e-01 |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
CGTGGCGAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGT > NC_000913/1702637‑1702815 | tggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCg > 1:2090326/1‑93 (MQ=255) tggcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCg > 1:3133502/1‑93 (MQ=255) gcgAGTCACATTGAGAACTTGCAGCCTGCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc < 1:760435/93‑1 (MQ=255) gcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc < 1:9515315/93‑1 (MQ=255) gcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc < 2:7825782/93‑1 (MQ=255) gcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc > 2:2689142/1‑93 (MQ=255) gcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc < 2:3839202/93‑1 (MQ=255) gcgAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTc < 2:8734813/93‑1 (MQ=255) ggAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTcc < 2:5655326/92‑1 (MQ=255) aGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCgg > 2:3091814/1‑93 (MQ=255) gTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCggg < 1:2279078/93‑1 (MQ=255) gTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCggg < 2:5259457/93‑1 (MQ=255) acaTTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGc < 2:2987308/93‑1 (MQ=255) acaTTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGc < 1:5586245/93‑1 (MQ=255) caTTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCa < 1:2379207/93‑1 (MQ=255) aTTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCAt > 2:8383181/1‑93 (MQ=255) ttGACAACTATCAGCCTCCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATg < 1:8987059/93‑1 (MQ=255) ttGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATg < 2:552461/93‑1 (MQ=255) ttGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATg > 2:6244281/1‑93 (MQ=255) tGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGt < 1:8221291/93‑1 (MQ=255) tGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGt < 1:539228/93‑1 (MQ=255) gACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCTGGTGCATGtt < 2:6549974/93‑1 (MQ=255) gACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGtt < 1:6497292/93‑1 (MQ=255) gACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGtt > 2:8181743/1‑93 (MQ=255) aCAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGttt > 1:7700488/1‑93 (MQ=255) aCTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTcc > 1:7851921/1‑92 (MQ=255) aCTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCa > 1:1446336/1‑93 (MQ=255) tATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACt > 1:3430073/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACtt > 1:9805986/1‑93 (MQ=255) tCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTg < 2:6746601/93‑1 (MQ=255) cAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGt < 1:1397689/93‑1 (MQ=255) aGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTc < 2:4753491/93‑1 (MQ=255) aGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTc < 1:5052198/93‑1 (MQ=255) gCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCg > 2:9114711/1‑93 (MQ=255) gCCACCTGAACAGAGTGCGTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCg < 1:8694202/93‑1 (MQ=255) ccACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCgg > 2:2383922/1‑93 (MQ=255) cACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGa < 1:8570449/93‑1 (MQ=255) cTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGatat < 2:140364/93‑1 (MQ=255) tGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATAtt < 2:3290880/93‑1 (MQ=255) gAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTa < 1:10030166/93‑1 (MQ=255) gAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTa < 2:2336790/93‑1 (MQ=255) gAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTa < 2:5619337/93‑1 (MQ=255) gAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTACGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTa < 2:2773670/93‑1 (MQ=255) aaCAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTaa < 1:2200338/93‑1 (MQ=255) aCAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTaaa < 1:2711827/93‑1 (MQ=255) agagTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCTGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAAcc > 2:3913434/1‑93 (MQ=255) agagTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAAcc > 2:9739041/1‑93 (MQ=255) agagTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAAcc > 1:3257758/1‑93 (MQ=255) gagTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCa > 2:4173610/1‑93 (MQ=255) gTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAgg < 2:9040416/93‑1 (MQ=255) gTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAgg > 1:5474653/1‑93 (MQ=255) cTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTGTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAAt > 1:5984957/1‑93 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAAtt > 1:113247/1‑93 (MQ=255) ttCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAAtt < 1:6106756/93‑1 (MQ=255) cGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATtta > 2:8521047/1‑93 (MQ=255) ggTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttat > 2:1008888/1‑93 (MQ=255) gTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttatt > 1:8460494/1‑93 (MQ=255) tACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttatta < 2:7423318/93‑1 (MQ=255) tACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATttatta > 2:3420887/1‑93 (MQ=255) acaacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAATCCAGGAATTtattat < 1:6709277/93‑1 (MQ=255) acaacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTtattat > 2:1788527/1‑93 (MQ=255) aacaCAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCt > 1:734371/1‑93 (MQ=255) aacaCAAGTAAGCTCTGCACTAGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCt < 2:4466311/93‑1 (MQ=255) acacAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCtt > 2:158234/1‑93 (MQ=255) cacaAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTg > 2:5948583/1‑93 (MQ=255) cacaAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTg < 2:5152831/93‑1 (MQ=255) caAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGtt > 1:1496178/1‑93 (MQ=255) caAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGtt > 2:6953268/1‑93 (MQ=255) aaGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTc < 1:8171537/93‑1 (MQ=255) aaGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTc > 1:4661720/1‑93 (MQ=255) 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ctGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATgttgtt < 1:6792358/93‑1 (MQ=255) tGCACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGttgttg < 2:6119621/93‑1 (MQ=255) cACTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGt < 1:5003542/93‑1 (MQ=255) aCTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTg > 2:9508488/1‑93 (MQ=255) aCTTGGGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTg < 1:4125717/93‑1 (MQ=255) cTTGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGa > 2:9184396/1‑93 (MQ=255) ttGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGAt > 1:5297472/1‑93 (MQ=255) ttGTGGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGAt > 2:4044232/1‑93 (MQ=255) tgtgGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGAtt < 1:7106633/93‑1 (MQ=255) gtgGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTg < 2:9352575/93‑1 (MQ=255) gtgGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTg < 2:3654575/93‑1 (MQ=255) gtgGAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTg < 1:9659834/93‑1 (MQ=255) ggAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTc < 2:7946362/93‑1 (MQ=255) ggAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTc < 1:7427284/93‑1 (MQ=255) gAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCa < 2:1851119/93‑1 (MQ=255) gAGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCa > 1:4800267/1‑93 (MQ=255) aGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAg > 1:7204958/1‑93 (MQ=255) aGCGACATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAg > 2:3690218/1‑93 (MQ=255) aCATGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGAt > 1:2874166/1‑93 (MQ=255) aTGCCGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAg > 2:6662452/1‑93 (MQ=255) tgccgcCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCATGGATAGt > 1:4323063/1‑93 (MQ=255) tgccgcCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGt > 2:6462469/1‑93 (MQ=255) | CGTGGCGAGTCACATTGACAACTATCAGCCACCTGAACAGAGTGCTTCGGTACAACACAAGTAAGCTCTGCACTTGTGGAGCGACATGCTGCCCGTCCGGGTGCATGTTTTCACTTGTCGGATATTAAACCAGGAATTTATTATCTTGTTCGATGTTGTTGGTGATTGTCAGGGATAGT > NC_000913/1702637‑1702815 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |