| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,787,068 | G→A | A204T (GCC→ACC) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabinoheptulosonate‑7‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,787,068 | 0 | G | A | 99.0% | 684.5 / NA | 202 | A204T (GCC→ACC) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabinoheptulosonate‑7‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (106/93); minor base C (0/2); total (106/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
ATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGT > NC_000913/1786978‑1787157 | tGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCgcca > 1:9016501/1‑93 (MQ=255) tGGCTCCGGCACTCTCCCGTCCGGGAGGGTTTAAAAATGGGACCGAAGGCAATACGCGGATAGCTGGGGATGCGATCCGCGCAGCCCGCacca > 2:7712762/1‑93 (MQ=255) gCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagc < 1:2336945/93‑1 (MQ=255) cTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagcc < 1:9637932/93‑1 (MQ=255) ttCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagcca > 2:9634168/1‑93 (MQ=255) ttCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCaccagcca > 1:7957272/1‑93 (MQ=255) tCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCat > 2:3947433/1‑93 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata > 2:3594772/1‑93 (MQ=255) cGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCata < 1:855090/93‑1 (MQ=255) ggCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCatat < 1:8274361/93‑1 (MQ=255) ggCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCatat < 2:4261934/93‑1 (MQ=255) gCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCCCGCAGCCCGCACCAGCCATATg > 1:5485937/1‑93 (MQ=255) cACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGt < 1:5495303/93‑1 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGtt < 1:244968/93‑1 (MQ=255) aCTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGtt > 2:2314243/1‑93 (MQ=255) ctctCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGCTc < 1:2779048/93‑1 (MQ=255) tctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGCTcc > 2:3491255/1‑93 (MQ=255) ctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCct < 1:355107/93‑1 (MQ=255) ctcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCct < 2:4607562/93‑1 (MQ=255) tcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCctc > 2:3439004/1‑93 (MQ=255) tcCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGAGGATTGCTGCGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATATTActc > 2:865970/1‑93 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGGACCAGCCATATGTTCctct > 2:5106705/1‑93 (MQ=255) ccTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCctct > 1:4834131/1‑93 (MQ=255) cTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCtctc < 1:9238533/93‑1 (MQ=255) cTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCtctc > 2:318646/1‑93 (MQ=255) tGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCg > 1:641632/1‑93 (MQ=255) tGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCACGCACCAGCCATATGTTACTCTCg > 2:954035/1‑93 (MQ=255) gTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGc > 2:2371964/1‑93 (MQ=255) tCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGcc > 1:1146699/1‑93 (MQ=255) ccGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCa < 1:3055593/93‑1 (MQ=255) cGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAg > 2:2695086/1‑93 (MQ=255) ggTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGAGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGa > 2:9161033/1‑93 (MQ=255) gTAGGTTTTAAACATAGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGCTGCTATCCGCGCAGCCCGCAACAGCCATATGTTCCTCTCGCCAggc > 2:4802599/1‑91 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCCTATGCTCCTCTCGCCAGAc > 1:1255409/1‑93 (MQ=255) gTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGAc > 1:2179901/1‑93 (MQ=255) tAGGTTTTAAAAATGGTCCCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACa < 2:1708661/93‑1 (MQ=255) tAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACa > 2:1811869/1‑93 (MQ=255) tAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACa > 1:7392686/1‑93 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACAAGCCATATGTTCGTCTCGCCAGACaa > 2:3734482/1‑93 (MQ=255) aGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAACCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaa > 2:7046321/1‑93 (MQ=255) ggTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaa > 2:8081262/1‑93 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 1:6215361/1‑93 (MQ=255) gTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaa > 1:5385131/1‑93 (MQ=255) ttttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACaaaaa < 2:2052262/93‑1 (MQ=255) ttAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATg > 2:3297001/1‑93 (MQ=255) aaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc < 1:1591196/93‑1 (MQ=255) aaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc > 2:5418471/1‑93 (MQ=255) aaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc < 1:9781692/93‑1 (MQ=255) aaaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc < 2:9298756/93‑1 (MQ=255) aaaaGGGTGCCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc < 2:5657208/93‑1 (MQ=255) aaaTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCa < 2:8461326/93‑1 (MQ=255) aTGGTCCCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTATCGCCAGACAAAAATGGTCAGa < 1:1821813/93‑1 (MQ=255) aTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa < 1:972790/93‑1 (MQ=255) aTGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa < 2:4954785/93‑1 (MQ=255) tGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACGAAAATGGTCAGAt < 1:1071535/93‑1 (MQ=255) ggTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATg < 1:4531849/93‑1 (MQ=255) ggTACCGAGGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATg < 2:3833456/93‑1 (MQ=255) gTACCGATGGCAATCCGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGa < 2:7136218/93‑1 (MQ=255) gTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGa > 1:4207468/1‑93 (MQ=255) tACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGACCGCACCAGCCATATGTTCCCCTCGCCAGACAACAAGCGTAAAATGAc > 1:3126523/1‑93 (MQ=255) cGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCAt > 2:6262816/1‑93 (MQ=255) cGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCAt < 2:4752741/93‑1 (MQ=255) cGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCAt > 2:7895477/1‑93 (MQ=255) aTGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCt < 1:1415230/93‑1 (MQ=255) tGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTa > 2:5058068/1‑93 (MQ=255) gCAATACGCGGATTGCTGTGTATCCTATCCGCGCAGCCCGCCCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc < 1:4508882/93‑1 (MQ=255) gCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGCTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc < 2:2512877/93‑1 (MQ=255) cAATACGCGGATTTCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCa > 2:5274724/1‑93 (MQ=255) cAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCa < 1:9434108/93‑1 (MQ=255) aaTACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAg > 2:3882163/1‑93 (MQ=255) aaTACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAg > 2:2207423/1‑93 (MQ=255) ttACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAATATGGTCATTTGACCATCTATCAGa > 1:8924500/2‑93 (MQ=255) atccgcgGATGGCTGTGGATGCTCTCCGCTCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGa < 2:7766702/90‑1 (MQ=255) aTACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGa > 1:4047614/1‑93 (MQ=255) tACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGAc > 2:1787440/1‑93 (MQ=255) aCGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGAcc < 1:7244085/93‑1 (MQ=255) cgcgGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCa < 2:1482445/93‑1 (MQ=255) ggATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCg > 1:219819/1‑93 (MQ=255) 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tATCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCca > 2:2226619/1‑93 (MQ=255) aTCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcac > 1:7620090/1‑93 (MQ=255) aTCCGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcac < 2:833312/93‑1 (MQ=255) ccGCGCAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACat > 1:3961905/1‑93 (MQ=255) ccgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACatta < 1:4731946/92‑1 (MQ=255) cgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCGACCCGTATGGCCACattat > 2:1418277/1‑93 (MQ=255) cgcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattat > 1:1096122/1‑93 (MQ=255) gcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattatt > 1:5116656/1‑93 (MQ=255) gcAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACattatt > 1:5965144/1‑93 (MQ=255) cAGCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta < 1:4463647/93‑1 (MQ=255) gCCCGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATg > 2:1350828/1‑93 (MQ=255) cccGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGc > 2:3983615/1‑93 (MQ=255) ccGCACCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCg < 1:1961877/93‑1 (MQ=255) cgcaCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGt < 2:7474941/93‑1 (MQ=255) | ATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGT > NC_000913/1786978‑1787157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |