| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,841,661 | A→G | T423A (ACC→GCC) | gdhA → | NADP‑specific glutamate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,841,661 | 0 | A | G | 99.6% | 859.6 / ‑5.0 | 264 | T423A (ACC→GCC) | gdhA | NADP‑specific glutamate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (157/106); total (157/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TGGAAAGCCGAGAAAGTTGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAACCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCCGATGCGATGCTGGCGCAGGGTGTGATTTAAGTTGTAAATGCCTGA > NC_000913/1841571‑1841753 | agaaaaGCAGAGAAAGTAGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGACTGTGTTGAGCAAGGTGGTGAAGGTGAGCAAGcc < 1:8955196/90‑1 (MQ=255) ggAAAGCCGAGAAAGTTGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCa > 1:7261489/1‑93 (MQ=255) ggAAAGCCGAGAAAGTTGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCa > 2:9479435/1‑93 (MQ=255) ggAAAGCCGAGAAAGTTGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCa > 2:4291650/1‑93 (MQ=255) gAAAGCCGAGAAAGTTGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCaa < 1:8188857/93‑1 (MQ=255) aaaGCCGAGAAAGTTGACGCACGTTTGCATCACATCATGCTGGATATCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAAc < 2:3878020/93‑1 (MQ=255) 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tatCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcga > 2:1781556/1‑93 (MQ=255) tatCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcga > 1:7911712/1‑93 (MQ=255) tCCACCATGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcgatg > 2:2039241/1‑93 (MQ=255) ccaccaTGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcgatgc < 2:6595963/93‑1 (MQ=255) ccaccaTGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcgatgc < 1:9403752/93‑1 (MQ=255) ccaccaTGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcgatgc > 1:3729397/1‑93 (MQ=255) caccaTGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcgatgcg > 1:7542174/1‑93 (MQ=255) accaTGCCTGTGTTGAGCATGGTGGTGAAGGTGAGCAAGCCAACTACGTGCAGGGCGCGAACATTGCCGGTTTTGTGAAGGTTGCcgatgcga > 1:5638458/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |