| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,687 | T→C | intergenic (‑448/‑90) | insA5 ← / → yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,687 | 0 | T | C | 94.8% | 1143.4 / 34.7 | 387 | intergenic (‑448/‑90) | insA5/yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/10); new base C (203/164); total (213/174) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
CAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTT > NC_000913/1977596‑1977776 | cAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTa < 2:7731711/93‑1 (MQ=255) gTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTAcc < 2:3644101/93‑1 (MQ=255) tACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCt > 1:8057063/1‑93 (MQ=255) cacTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGt > 2:8900547/1‑93 (MQ=255) cacTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGt < 2:4957511/93‑1 (MQ=255) acTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGtt < 1:1433691/93‑1 (MQ=255) 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tataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGtt < 2:482124/93‑1 (MQ=255) ataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTg < 2:2303312/93‑1 (MQ=255) ataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTg > 2:3474162/1‑93 (MQ=255) taATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTgg < 2:5384923/93‑1 (MQ=255) taATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTgg > 1:1830400/1‑93 (MQ=255) aTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTGGGa < 2:656432/93‑1 (MQ=255) aTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTGGGa > 1:8174229/1‑93 (MQ=255) aTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTGGGa > 2:8263725/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |