| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,035,940 | T→C | I79V (ATC→GTC) | yedV ← | putative 2‑component sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,035,940 | 0 | T | C | 99.1% | 1454.9 / ‑0.5 | 449 | I79V (ATC→GTC) | yedV | putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/3); new base C (196/248); total (198/251) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 456 total aligned reads displayed.
TCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGATATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTGCGCTG > NC_000913/2035850‑2036029 | ctcACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATc < 2:9654741/93‑1 (MQ=255) tcACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATcc > 2:9804168/1‑93 (MQ=255) tcACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATcc < 2:5381847/93‑1 (MQ=255) aCTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTg > 2:4065060/1‑93 (MQ=255) cTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTgc > 2:3338297/1‑92 (MQ=255) cTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGa > 2:2188462/1‑93 (MQ=255) cTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGa < 1:9410610/93‑1 (MQ=255) cTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGa < 2:3433971/93‑1 (MQ=255) tAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGAc > 2:7494581/1‑93 (MQ=255) tAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGAc < 1:3959621/93‑1 (MQ=255) cAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTaa < 2:7075836/93‑1 (MQ=255) aGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAc > 2:607023/1‑93 (MQ=255) aGGTATGTTAATTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCAGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAc < 1:4803037/93‑1 (MQ=255) gTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcat > 2:8998820/1‑93 (MQ=255) gTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcat > 1:1779831/1‑93 (MQ=255) tATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatc > 2:2871592/1‑93 (MQ=255) aTGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatcc < 1:9729626/93‑1 (MQ=255) aTGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatcc < 1:4382718/93‑1 (MQ=255) aTGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATAAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatcc < 2:4934425/93‑1 (MQ=255) tGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatcca < 2:236939/93‑1 (MQ=255) gTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatccat < 2:2615416/93‑1 (MQ=255) gTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAAcatccat < 2:7994592/93‑1 (MQ=255) tATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCcatca < 1:5362899/93‑1 (MQ=255) aTTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCcatcat > 1:6004221/1‑93 (MQ=255) tttAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCatcatc < 2:153537/93‑1 (MQ=255) tAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCg < 2:9157178/93‑1 (MQ=255) tAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCg < 2:6342987/93‑1 (MQ=255) aCATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGt > 1:817763/1‑93 (MQ=255) aTGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTa > 1:2378979/1‑93 (MQ=255) tGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTaa < 1:6673290/93‑1 (MQ=255) gCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGCAATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTcaa > 1:5074153/1‑93 (MQ=255) ccATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAg > 1:363960/1‑93 (MQ=255) cATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGt > 2:8821107/1‑93 (MQ=255) cATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGt > 1:1306309/1‑93 (MQ=255) cATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGt < 2:6494818/93‑1 (MQ=255) aTCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTa < 1:3798229/93‑1 (MQ=255) tCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTac > 1:1839037/1‑93 (MQ=255) tCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTac < 2:9886101/93‑1 (MQ=255) tCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTac > 2:8214541/1‑93 (MQ=255) cACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTaca < 1:7499389/93‑1 (MQ=255) aCTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTacac > 2:1181587/1‑93 (MQ=255) aCTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTacac < 1:3093702/93‑1 (MQ=255) tGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAg > 1:9015151/1‑93 (MQ=255) tGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAg < 1:5012744/93‑1 (MQ=255) tGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAg > 2:7698801/1‑93 (MQ=255) aCATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGt < 1:141770/93‑1 (MQ=255) aCATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGt < 1:9530156/93‑1 (MQ=255) aCATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGt < 2:1383738/93‑1 (MQ=255) aTTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTaa > 1:5597837/1‑93 (MQ=255) aTTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTaa > 1:8427604/1‑93 (MQ=255) tttGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAAc > 2:1632190/1‑93 (MQ=255) tttGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAAc > 1:9269593/1‑93 (MQ=255) ttGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACg < 2:3675845/93‑1 (MQ=255) ttGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACg < 1:8671411/93‑1 (MQ=255) gaccGGTTAACAATTTTAGTGATGCTATCACCATAAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCAACCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTa < 2:7536331/91‑1 (MQ=255) gTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTa < 2:4491800/93‑1 (MQ=255) gTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTa < 2:5822531/93‑1 (MQ=255) ccGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATc < 2:8352561/93‑1 (MQ=255) tAACAATTTTATTGATGCTATCATCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGAt < 2:7234730/93‑1 (MQ=255) tAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGAt < 2:9753949/93‑1 (MQ=255) aaTTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTAc > 1:2123354/1‑93 (MQ=255) aaTTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTAc < 1:1163070/93‑1 (MQ=255) ttttATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTAccc > 1:4269805/1‑93 (MQ=255) ttATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCa < 2:3205163/93‑1 (MQ=255) ttATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCa > 1:2568721/1‑93 (MQ=255) tATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCAt < 1:2710836/93‑1 (MQ=255) aTTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATc < 2:5689083/93‑1 (MQ=255) tGATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCaa < 1:5458616/93‑1 (MQ=255) gATGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAAt > 2:4697116/1‑93 (MQ=255) tGCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATGCGGTTAAAGTACACAGGAAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTa > 1:4607858/1‑93 (MQ=255) gCTATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCACATCAATTaa > 2:3762873/1‑93 (MQ=255) tATCACCATGAATAATCAAGATATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTaaca < 2:6937489/93‑1 (MQ=255) tATCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTaaca > 1:4088984/1‑93 (MQ=255) aTCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTaacaa < 2:4364701/93‑1 (MQ=255) aTCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTaacaa < 1:5713510/93‑1 (MQ=255) tCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTaacaac > 1:6912027/1‑93 (MQ=255) tCACCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTaacaac < 1:760861/93‑1 (MQ=255) aCCATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTg > 2:3053084/1‑93 (MQ=255) ccATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGc > 2:6811109/1‑93 (MQ=255) ccATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGc > 1:8921973/1‑93 (MQ=255) cATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCt < 1:2007225/93‑1 (MQ=255) cATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCt > 2:409399/1‑93 (MQ=255) cATGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCt < 2:8491361/93‑1 (MQ=255) aTGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCtt < 1:6563527/93‑1 (MQ=255) tGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGTTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTg < 2:9301509/93‑1 (MQ=255) tGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTCCCCCAGCAATTAACAACTGCTTg < 1:7027498/93‑1 (MQ=255) tGAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTg > 2:7840107/1‑93 (MQ=255) gAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGa < 2:5190392/93‑1 (MQ=255) gAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGa > 1:7368495/1‑93 (MQ=255) gAATAATCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGa < 2:4804885/93‑1 (MQ=255) aataatCAAGACATCCTGACTAGCATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGAt > 2:6410675/1‑93 (MQ=255) aataatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAATTACACAGGTAACGTATCTAGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGAt < 2:8613160/93‑1 (MQ=255) aataatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGAt > 1:3296560/1‑93 (MQ=255) aataatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGAt < 1:4494537/93‑1 (MQ=255) ataatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATc < 2:2496697/93‑1 (MQ=255) ataatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATc < 1:9892008/93‑1 (MQ=255) ataatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATc < 1:1013191/93‑1 (MQ=255) taatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCt < 1:9103151/93‑1 (MQ=255) aatCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTg > 2:5556277/1‑93 (MQ=255) tCAAGACATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTgcg > 2:1938980/1‑93 (MQ=255) | TCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGATATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTGCGCTG > NC_000913/2035850‑2036029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |