| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,376,791 | T→C | G163G (GGA→GGG) | menD ← | 2‑oxoglutarate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,376,791 | 0 | T | C | 92.7% | 400.7 / 16.1 | 157 | G163G (GGA→GGG) | menD | 2‑oxoglutarate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/5); new base C (63/77); total (73/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAA > NC_000913/2376699‑2376878 | ccaccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑cccc < 1:8466060/93‑1 (MQ=255) caccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑Ccccc > 2:316061/1‑93 (MQ=255) accaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑cccccc < 1:6163029/93‑1 (MQ=255) ccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑Ccccccc < 2:8500933/93‑1 (MQ=255) caGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑cccccccc > 1:4599642/1‑93 (MQ=255) aGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCcaccccc > 1:4957260/1‑92 (MQ=255) tCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCa < 2:5622628/93‑1 (MQ=255) tCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCa < 2:7432773/93‑1 (MQ=255) aCCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGGTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATg > 2:2773853/1‑93 (MQ=255) cccAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CTCCCCCCGCATGa < 2:5032670/93‑1 (MQ=255) cccAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGa > 1:2928922/1‑93 (MQ=255) cccAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑C‑CCCCCCGCATGaa < 2:9705503/93‑1 (MQ=255) aGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGc > 1:6892913/1‑93 (MQ=255) aGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGc > 2:209902/1‑93 (MQ=255) gACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCg > 1:1723619/1‑93 (MQ=255) cGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTa < 1:6180227/93‑1 (MQ=255) ccTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTa < 1:162632/92‑1 (MQ=255) cTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CTCCCCCCGCATGAAGCGTAcc > 1:9316287/1‑93 (MQ=255) tGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCg < 1:2569647/93‑1 (MQ=255) gTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTCCCg > 2:8783191/1‑93 (MQ=255) ttGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCgag > 1:3731410/1‑93 (MQ=255) ttGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCgag < 2:602470/93‑1 (MQ=255) ttGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTGGGTATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCCTACCgag > 1:3335440/1‑93 (MQ=255) gCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTACCgaga < 2:7415969/93‑1 (MQ=255) gCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGagag > 2:6779061/1‑93 (MQ=255) gCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGagag < 2:4559751/93‑1 (MQ=255) caacTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATCCAGCGATTCAGCAAACGGGCAGTTGATATCGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGc < 2:5836397/90‑1 (MQ=255) cAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCg < 1:10024581/93‑1 (MQ=255) cAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCg > 2:9095818/1‑93 (MQ=255) cAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCg < 1:9822157/93‑1 (MQ=255) aGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGt > 1:7129178/1‑93 (MQ=255) aGCTAACCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCTCCCCGCATGCAGCGTACCCAGAGCGt > 2:1462138/1‑93 (MQ=255) gCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTg > 2:5442319/1‑93 (MQ=255) tAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGt < 2:9369021/93‑1 (MQ=255) tAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGt > 1:228074/1‑93 (MQ=255) aaGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGt < 2:416962/93‑1 (MQ=255) aGCCCGGTATCATCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCg < 1:4760780/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGa < 2:8074625/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGa < 2:8632212/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGa < 1:766926/93‑1 (MQ=255) gCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGa < 1:744889/93‑1 (MQ=255) ccGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATg < 2:3413102/93‑1 (MQ=255) gTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTa < 1:1198837/93‑1 (MQ=255) gTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTa > 1:3067650/1‑93 (MQ=255) gTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑C‑CCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAg > 1:7587209/1‑93 (MQ=255) tCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGaa > 2:8032232/1‑93 (MQ=255) 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tttCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGcc < 1:9770964/93‑1 (MQ=255) tCGCCATGCAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCaa < 2:1183294/93‑1 (MQ=255) tCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCaa < 2:4318332/93‑1 (MQ=255) tCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCaa > 2:8348273/1‑93 (MQ=255) ctACAGGGTTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGc < 2:3637756/92‑1 (MQ=255) aTACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGc < 1:298262/93‑1 (MQ=255) aCAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCg < 2:6942582/93‑1 (MQ=255) aCAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCgg > 1:4689187/1‑93 (MQ=255) aCAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCgg > 1:5636242/1‑93 (MQ=255) cAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCCACGTGCggg > 1:3713970/1‑93 (MQ=255) cAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCggg < 1:2171655/93‑1 (MQ=255) cAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCggg < 1:2030301/93‑1 (MQ=255) aGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACCCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCggg > 1:3038871/1‑93 (MQ=255) aGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑C‑CCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACTAGCCAACGTGCGGGGa > 1:8991051/1‑93 (MQ=255) ctgTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCACCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGat < 1:1919279/91‑1 (MQ=255) ggTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGata < 1:7324564/93‑1 (MQ=255) 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ttGATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGc < 2:5269250/93‑1 (MQ=255) gATATGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCaa < 1:5134082/93‑1 (MQ=255) atatGGA‑C‑CCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATg > 1:2722506/1‑93 (MQ=255) tatGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATg > 1:6798261/1‑93 (MQ=255) tatGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATg > 2:8869013/1‑93 (MQ=255) tGGA‑CCCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGaa > 1:6739007/1‑93 (MQ=255) | TGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGA‑CTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAA > NC_000913/2376699‑2376878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |