| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,403,767 | G→A | P299S (CCG→TCG) | lrhA ← | NADH dehydrogenase transcriptional regulator, LysR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,403,767 | 0 | G | A | 93.2% | 858.7 / 27.1 | 266 | P299S (CCG→TCG) | lrhA | NADH dehydrogenase transcriptional regulator, LysR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/9); new base A (120/128); total (129/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.22e-02 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGAT > NC_000913/2403677‑2403856 | tCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGc > 2:2515969/1‑93 (MQ=255) cGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCa < 1:3186573/93‑1 (MQ=255) cGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCa < 1:2168015/93‑1 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTACGAAGCAg < 1:10015265/93‑1 (MQ=255) ttttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGa > 2:6863384/1‑93 (MQ=255) ttttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGa > 1:1494039/1‑93 (MQ=255) tttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGAc < 1:2748330/93‑1 (MQ=255) tttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGAc < 1:8753061/93‑1 (MQ=255) tttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGAc < 2:2240264/93‑1 (MQ=255) ttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACa > 2:2796556/1‑93 (MQ=255) ttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACa < 1:3751597/93‑1 (MQ=255) ttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACa < 1:4359907/93‑1 (MQ=255) ttttACACTATTGTCGCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACa < 1:4135282/93‑1 (MQ=255) tttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACAt < 1:8175375/93‑1 (MQ=255) tttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCATCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACAt < 1:6214056/93‑1 (MQ=255) ttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGACAtt > 1:6579523/1‑93 (MQ=255) tACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGACATTg < 2:813245/93‑1 (MQ=255) tACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTg > 1:10008716/1‑93 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTCTCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTggg < 2:5531325/93‑1 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTggg < 1:7443160/93‑1 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTggg > 1:684586/1‑93 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTggg < 1:6095582/93‑1 (MQ=255) acTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGc > 1:8353395/1‑93 (MQ=255) acTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGc > 2:4832189/1‑93 (MQ=255) tATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTg > 2:5780076/1‑93 (MQ=255) ttGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTa < 1:5076185/93‑1 (MQ=255) ttGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTa < 1:3515430/93‑1 (MQ=255) tcAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATAATCCACTTCCGCAGCAGACATTGGGCTGTATTGcc > 1:4133590/1‑93 (MQ=255) ggAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACg > 1:7644209/1‑93 (MQ=255) aaTTGTCTATCGTCCGTCGATTGCTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGa < 2:1044204/93‑1 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGa < 2:3441272/93‑1 (MQ=255) aTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGAt < 2:8764107/93‑1 (MQ=255) ttATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCGATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGAtt < 1:8414696/93‑1 (MQ=255) ttATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGAtt < 1:9738359/93‑1 (MQ=255) tatctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTa > 2:5948650/1‑93 (MQ=255) atctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTAt > 2:9137569/1‑93 (MQ=255) tctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATg < 1:1653017/93‑1 (MQ=255) tctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATg < 2:8591331/93‑1 (MQ=255) ctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATgg > 2:9633897/1‑93 (MQ=255) tatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTTTgga > 1:2030083/1‑92 (MQ=255) tatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGt < 2:2856642/93‑1 (MQ=255) tatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGt > 1:1506742/1‑93 (MQ=255) tatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGt > 1:6317766/1‑93 (MQ=255) atcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTa < 1:2217170/93‑1 (MQ=255) tcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAg > 2:4150153/1‑93 (MQ=255) tcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAg > 1:3409642/1‑93 (MQ=255) cgtccgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAga > 2:4037133/1‑92 (MQ=255) tccgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGctc > 2:5027422/1‑93 (MQ=255) tccgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGctc < 2:5096392/93‑1 (MQ=255) tccgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGctc > 2:668811/1‑93 (MQ=255) cgtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCtctc > 2:9300762/1‑93 (MQ=255) gtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTcc > 2:2407021/1‑93 (MQ=255) gtcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTcc > 1:9044467/1‑93 (MQ=255) tcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCa < 1:4849647/93‑1 (MQ=255) tcGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATCGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCa > 1:4942345/1‑93 (MQ=255) gATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCGTCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATc > 2:9326581/1‑93 (MQ=255) gATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCTCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATc < 1:925973/93‑1 (MQ=255) tACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGcc > 2:3823428/1‑93 (MQ=255) tACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGcc > 2:3567001/1‑93 (MQ=255) aCTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCt > 2:1750506/1‑93 (MQ=255) cTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTg > 1:7962699/1‑93 (MQ=255) tCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGa > 1:1342215/1‑93 (MQ=255) 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tcatcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCAttatta < 1:6265106/93‑1 (MQ=255) catcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTAc < 2:3093992/93‑1 (MQ=255) catcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTAc < 2:5247860/93‑1 (MQ=255) catcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTAc > 2:3750339/1‑93 (MQ=255) tcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTg > 1:8618591/1‑93 (MQ=255) tcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTg < 2:7592584/93‑1 (MQ=255) tcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTg > 2:1353111/1‑93 (MQ=255) tcCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTg < 2:5071745/93‑1 (MQ=255) ccccTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTgg < 2:1201645/93‑1 (MQ=255) ccccTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTgg < 1:3587055/93‑1 (MQ=255) ccTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc > 2:9756558/1‑93 (MQ=255) ttCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACgg > 2:5380323/1‑93 (MQ=255) ttCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACgg > 1:9852010/1‑93 (MQ=255) ttCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACgg > 1:5962445/1‑93 (MQ=255) | CTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGAT > NC_000913/2403677‑2403856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |