| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,779,396 | C→T | S494N (AGT→AAT) | ypjA ← | putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,779,396 | 0 | C | T | 99.1% | 1241.3 / ‑3.2 | 340 | S494N (AGT→AAT) | ypjA | putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (175/162); total (176/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAGCGAGCCTCCGGCGCTAATATTGCTGCCAATTGCCGTA > NC_000913/2779306‑2779485 | tAATTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTg > 2:4487918/1‑93 (MQ=255) aaTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGc < 1:9559539/93‑1 (MQ=255) aaTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGc < 1:9033137/93‑1 (MQ=255) aTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGcc < 2:745959/93‑1 (MQ=255) aTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGcc < 1:7878509/93‑1 (MQ=255) aTTAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAATCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGcc > 1:2123738/1‑93 (MQ=255) ttAGCCTCCCCTCCGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGccc > 2:2805475/1‑93 (MQ=255) cctcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGtct < 1:6677717/93‑1 (MQ=255) cctcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGtct > 1:6360417/1‑93 (MQ=255) ctcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGtctc > 2:2388115/1‑93 (MQ=255) tcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTcc > 1:1968698/1‑93 (MQ=255) tcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTcc > 2:989619/1‑93 (MQ=255) tcccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTcc > 1:8779514/1‑93 (MQ=255) cccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCt < 2:320191/93‑1 (MQ=255) ccctccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTg > 2:2268089/1‑93 (MQ=255) tccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGtt < 2:311617/93‑1 (MQ=255) ccGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTGTTATCGTTCGATATCAGTCCCTTCGCCCGTGTTGGCAACTAAACCATTGCCCGTCTCCTGGTTa < 1:5335793/93‑1 (MQ=255) cGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTaa < 2:5129321/93‑1 (MQ=255) cGGTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTaa < 2:9120342/93‑1 (MQ=255) ggTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAc > 2:637904/1‑93 (MQ=255) ggTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAAc < 2:7215712/93‑1 (MQ=255) ggTAATAGTGAAGTGAGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTCTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTCAc > 1:2949689/1‑93 (MQ=255) 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gaagtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCAtgtga > 2:2962635/1‑92 (MQ=255) agtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCaa < 1:5737217/93‑1 (MQ=255) gtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAAt > 2:9741110/1‑93 (MQ=255) gtgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAAt < 1:6489471/93‑1 (MQ=255) tgaGAGAGCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCCACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATa > 2:6021681/1‑93 (MQ=255) agagagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCGTGGTTAACCCCATGTGCCATAcc > 2:5548724/1‑93 (MQ=255) agagagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAcc > 2:1997214/1‑93 (MQ=255) agagagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAcc < 1:5301623/93‑1 (MQ=255) agagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAccgc < 1:4205655/93‑1 (MQ=255) gagCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATAccgcc < 1:505366/93‑1 (MQ=255) gCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCTCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCgg > 2:1782038/1‑93 (MQ=255) gCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCgg > 2:1739367/1‑93 (MQ=255) gCTTGTTGTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCgg > 2:6771060/1‑93 (MQ=255) ttgttgTATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGta > 1:5863042/1‑93 (MQ=255) tgttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtat > 1:3060003/1‑93 (MQ=255) tgttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtat < 2:6188962/93‑1 (MQ=255) gttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtata < 1:3854582/93‑1 (MQ=255) gttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtata < 1:9341001/93‑1 (MQ=255) gttgtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGtata > 1:4450310/1‑93 (MQ=255) ttATCCTTCGATATCAGTCGCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATTCCGCCGGTATAGAc < 2:2639429/92‑1 (MQ=255) gtATCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGAc > 2:8807895/1‑93 (MQ=255) aTCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACaa < 2:8264501/93‑1 (MQ=255) aTCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACaa < 1:8914012/93‑1 (MQ=255) aTCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACaa < 1:6820228/93‑1 (MQ=255) tCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAAt < 1:1321745/93‑1 (MQ=255) tCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAAt < 1:7957890/93‑1 (MQ=255) tCCTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAAt < 2:8492217/93‑1 (MQ=255) ccTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATc < 2:8837334/93‑1 (MQ=255) ccTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATc > 1:4883243/1‑93 (MQ=255) ccTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATc < 1:4244888/93‑1 (MQ=255) cTTCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCACTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCa > 2:3405610/1‑93 (MQ=255) ttCGATATCAGTCCCTGCACCCGTGTTGGCAACTAAAGCATTGCCCGTCTCCTGGTTAACCCCATGTGCAATACCGCCGGTATAGACAATCAg > 2:1067782/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |