| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,902,688 | A→G | intergenic (+1292/+81) | ygcE → / ← ygcF | putative kinase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,902,688 | 0 | A | G | 99.7% | 1184.7 / ‑5.4 | 367 | intergenic (+1292/+81) | ygcE/ygcF | putative kinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (235/129); total (237/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 378 total aligned reads displayed.
TACCGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGAGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTCCACCCATTTATAACGCTTATAAATGTTTAATCAGGCAAT > NC_000913/2902598‑2902777 | cGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGtttt < 2:6867199/93‑1 (MQ=255) cGCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGtttt > 2:5059714/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 1:6846018/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 1:757627/1‑93 (MQ=255) gCAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTc > 2:2076465/1‑93 (MQ=255) cAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCa < 2:6416211/93‑1 (MQ=255) cAATAATTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCa > 1:4250635/1‑93 (MQ=255) aataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCag > 1:9832179/1‑93 (MQ=255) aataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCag < 2:9141505/93‑1 (MQ=255) ataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCaga > 1:4973872/1‑93 (MQ=255) ataatTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCaga > 2:2747646/1‑93 (MQ=255) atTTTCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGc > 1:8102185/1‑93 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCg > 2:5633630/1‑93 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCg > 1:1724791/1‑93 (MQ=255) ttttCACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAG‑CCTTGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCCGAGGCGa > 2:1690408/1‑93 (MQ=255) cACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaa > 2:9230196/1‑93 (MQ=255) cACTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaa < 2:9612670/93‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 1:6975682/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 1:9295752/1‑93 (MQ=255) aCTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaa > 1:4893022/1‑93 (MQ=255) cTCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaac < 1:2709861/93‑1 (MQ=255) tCCAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaaca > 2:5888781/1‑93 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaacaa < 1:1897620/93‑1 (MQ=255) ccAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGacaaacaa < 2:5772178/93‑1 (MQ=255) cAGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAat < 2:1515502/93‑1 (MQ=255) aGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAata > 1:1315391/1‑93 (MQ=255) aGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAata > 1:8803126/1‑93 (MQ=255) aGCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAata < 1:1041231/93‑1 (MQ=255) gCGAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAatat > 2:6750685/1‑93 (MQ=255) gAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATaa < 1:2460929/93‑1 (MQ=255) gAAAAATTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGACGGGCTTTCAGAGCAGACAACCAATATaa > 1:6513168/1‑93 (MQ=255) aaaaaTTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATaaa < 1:6002877/93‑1 (MQ=255) aaaaaTTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCCGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATaaa > 2:3513033/1‑93 (MQ=255) aaTTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGa > 2:1605049/1‑93 (MQ=255) aaTTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGa < 1:7840968/93‑1 (MQ=255) aTTAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAg > 1:2084009/1‑93 (MQ=255) ttAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGATTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGt > 2:1941813/1‑93 (MQ=255) tgaaTGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGt < 1:5057027/91‑1 (MQ=255) tAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTa > 2:6526495/1‑93 (MQ=255) tAATGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTa < 2:7067393/93‑1 (MQ=255) aaTGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAg > 1:5730071/1‑93 (MQ=255) tGCCACAGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGAGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGaa < 1:5231923/93‑1 (MQ=255) acaGAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCt > 1:9016974/1‑93 (MQ=255) gAATTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTa > 1:831641/1‑93 (MQ=255) aaTTTGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTAc < 1:4757893/93‑1 (MQ=255) tttGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAg > 1:5685243/1‑93 (MQ=255) tttGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAg > 2:22385/1‑93 (MQ=255) attGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAg < 2:8197516/92‑1 (MQ=255) tGTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGt < 2:600413/93‑1 (MQ=255) gTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGtt > 2:7964783/1‑93 (MQ=255) gTAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGtt > 2:7951019/1‑93 (MQ=255) tAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTc > 1:1001753/1‑93 (MQ=255) tAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTc > 1:3347565/1‑93 (MQ=255) tAGAGAATGCTAATGATTAGCCCTGGATGGGTAAAATGGAGGGGTTTTCAGAGGCGACAAACAATATAAATGAGTAGAAGTCTTTACAGGTTc > 1:6380426/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |