| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,093,861 | T→C | L8P (CTT→CCT) | yggT → | putative resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,093,861 | 0 | T | C | 99.3% | 1460.2 / ‑5.2 | 449 | L8P (CTT→CCT) | yggT | putative resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base C (231/215); total (234/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 460 total aligned reads displayed.
GTTCGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCTTTCAACGGTCATTGAGCTGTATACCATGGTGCTGTTATTACGCATCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCAC > NC_000913/3093771‑3093950 | gTTCGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCctt > 1:9532628/1‑93 (MQ=255) tgTATCGCCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGTAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCaa < 1:4355535/92‑1 (MQ=255) cGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCaa < 2:2617914/93‑1 (MQ=255) cGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCaa > 2:3284595/1‑93 (MQ=255) gTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTCCTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAAc < 2:9422521/93‑1 (MQ=255) tATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACg > 2:7454941/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |