| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,162,333 | A→G | Y553H (TAT→CAT) | parC ← | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,162,333 | 0 | A | G | 99.6% | 790.7 / ‑4.9 | 245 | Y553H (TAT→CAT) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (87/157); total (87/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCA > NC_000913/3162243‑3162422 | aaCGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGAACCCGCGCCGCCGGCAGCGGAATCGGGTCAATGGGATGGCt > 2:3716509/1‑93 (MQ=255) aCGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTa > 1:4587241/1‑93 (MQ=255) aCGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGGAATCGGGGCAATGGCATGGCTa > 2:2399263/1‑93 (MQ=255) cGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTAc < 2:8150897/93‑1 (MQ=255) ggTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCCATGGCATGGCTACg > 1:9104877/1‑93 (MQ=255) ggTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACg < 2:6485210/93‑1 (MQ=255) ggTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACCGCAGCGGAATCGGGGCCATGGCATGGCTACg > 1:4909063/1‑93 (MQ=255) gTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGGGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGGATGGGTACGa > 1:2587201/1‑93 (MQ=255) gTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGa < 1:8986725/93‑1 (MQ=255) gTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGa < 1:982962/93‑1 (MQ=255) tCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGAc < 1:3451900/93‑1 (MQ=255) ccccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCgg < 2:2855176/93‑1 (MQ=255) ccccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCgg < 1:6215791/93‑1 (MQ=255) ccccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCCGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGGTACGACCgg > 2:6890171/1‑93 (MQ=255) cccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGt < 2:9846854/93‑1 (MQ=255) cccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGt < 2:7360557/93‑1 (MQ=255) cccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCCGACCACGCGCCGCCGGCAGCGGAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGGCCggg > 2:9020895/1‑92 (MQ=255) ccAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTg < 2:6586111/93‑1 (MQ=255) ggcggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCCCCCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCAAGGCTACGACCGggggga > 2:4060470/1‑91 (MQ=255) ggcggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGCCGGCAGCGTAATCCGGTCAATGGGGTGGCTACGACCGGTGGaa > 2:2206876/1‑93 (MQ=255) cggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATc < 1:6048789/93‑1 (MQ=255) ggcAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATca < 1:113461/93‑1 (MQ=255) cAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATcaac > 1:1827453/1‑93 (MQ=255) aCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCCATGGCATGGCTACGACCGGTGGGATccacaa > 1:3750831/1‑93 (MQ=255) aCGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATcaacaa > 1:4418361/1‑93 (MQ=255) tAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAacac < 1:5325074/93‑1 (MQ=255) tAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAacac < 1:1436415/93‑1 (MQ=255) tAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAacac < 2:7658434/93‑1 (MQ=255) aaTTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACt < 1:3082651/93‑1 (MQ=255) aaTTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACt > 1:7621350/1‑93 (MQ=255) aTTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTa < 2:9234212/93‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTAcc < 2:3173147/93‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTAcc < 1:2324599/93‑1 (MQ=255) tGCCGGTGAGCGGCTCGCTCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCg < 2:5702108/93‑1 (MQ=255) ccGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggt < 2:6099872/93‑1 (MQ=255) ccGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAAAAAAAACTACCggt > 2:5458131/1‑93 (MQ=255) cGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggtt > 1:2250368/1‑93 (MQ=255) ggTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttg < 1:9587534/93‑1 (MQ=255) ggTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttg < 2:2640895/93‑1 (MQ=255) tGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATTGCTACGACCGTTGGAATCAACAAAAAATACCggttggt > 1:5171802/1‑93 (MQ=255) tGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCggttggt < 1:2404856/93‑1 (MQ=255) aGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAAAACTACCGgttggttg > 1:2132681/1‑93 (MQ=255) gCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACCGCAGCGTAATCGGGGCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCCGGTGGTTGc > 2:10022870/1‑93 (MQ=255) gCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGctct > 1:5469139/1‑93 (MQ=255) gCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGctct > 2:8891238/1‑93 (MQ=255) cTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCtt < 1:8875158/93‑1 (MQ=255) tCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTa > 1:7101834/1‑93 (MQ=255) tCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAAGCAACACACACTACCGGGTGGTTGCTCTTa > 1:9267032/1‑93 (MQ=255) gCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTAcc > 1:6649894/1‑93 (MQ=255) ccTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCtt < 1:8135385/93‑1 (MQ=255) cTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCttt < 1:9315835/93‑1 (MQ=255) cTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCttt > 1:8193188/1‑93 (MQ=255) cTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGGGGAATAAACAAACACTACCGGTTGGTTGGTCTTCCCttt > 2:8530349/1‑93 (MQ=255) tGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTc > 2:5373211/1‑93 (MQ=255) gACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCa > 2:7761404/1‑93 (MQ=255) aCCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAc < 2:5214412/93‑1 (MQ=255) cACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccg < 2:9679047/93‑1 (MQ=255) aCGCGCCGACGTCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGTCTACGACGGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTTCCTTTCAccgc < 1:1535849/93‑1 (MQ=255) aCGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgc > 1:991035/1‑93 (MQ=255) cgcgCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgcc < 1:1015631/93‑1 (MQ=255) cgcgCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgcc > 1:6965287/1‑93 (MQ=255) gcgcCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCAccgccc > 2:8050508/1‑92 (MQ=255) gcCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCt > 1:5737403/1‑93 (MQ=255) ccGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCtt < 1:6911609/93‑1 (MQ=255) cGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCttt < 2:5791060/93‑1 (MQ=255) cGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCttt < 1:7345599/93‑1 (MQ=255) cGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCttt > 1:8355882/1‑93 (MQ=255) gACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTg > 2:2102716/1‑93 (MQ=255) gACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTg > 2:1357799/1‑93 (MQ=255) aCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGa > 2:3825334/1‑93 (MQ=255) aCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGa > 2:4263367/1‑93 (MQ=255) aCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGa < 2:4534792/93‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGa < 2:7034466/93‑1 (MQ=255) ggCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAg < 2:8802200/93‑1 (MQ=255) ggCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAg < 2:5963851/93‑1 (MQ=255) aGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCCCCTCCGCTTTGAAGCTa > 1:8509135/1‑93 (MQ=255) aGCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTa < 1:4060471/93‑1 (MQ=255) gCGTAATCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTAt > 1:5012779/1‑93 (MQ=255) 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aaTCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCAcc < 2:3007492/93‑1 (MQ=255) aTCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCAccc < 2:5305678/93‑1 (MQ=255) tCGGGTCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCg < 1:3840598/93‑1 (MQ=255) tCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTta < 1:4310794/93‑1 (MQ=255) tCAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTta < 2:9420302/93‑1 (MQ=255) cAATGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTtat > 1:3617964/1‑93 (MQ=255) cgtGGCATGGCTACGACCGGTGGACTCAACAAACACTACCGATTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTtata < 2:8971278/91‑1 (MQ=255) aaTGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTtata < 1:2078723/93‑1 (MQ=255) aaTGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTtata < 2:1734596/93‑1 (MQ=255) aaTGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTtata < 1:1404747/93‑1 (MQ=255) aaTGGCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTtata > 1:5598778/1‑93 (MQ=255) gCATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTc < 1:8265508/93‑1 (MQ=255) cATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCa < 1:1764292/93‑1 (MQ=255) cATGGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCa < 1:7973090/93‑1 (MQ=255) | CAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTACCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCA > NC_000913/3162243‑3162422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |