| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 367,441 | A→G | D106D (GAT→GAC) | mhpR ← | transcriptional regulator for mhp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 367,441 | 0 | A | G | 99.4% | 1043.3 / ‑3.3 | 319 | D106D (GAT→GAC) | mhpR | transcriptional regulator for mhp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (207/110); total (209/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
GCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTATCATCGGAGGGGCTACGGCGGACATATCCCTCTTCCTGCAGCGTCTCCAGCAGTCGCCGCACAGTGGTGCGATGCAGGCCGCTGAGTTC > NC_000913/367351‑367530 | gCCCAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtc < 2:6272801/93‑1 (MQ=255)ccccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACAAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtc < 1:8493697/92‑1 (MQ=255) cccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtca > 1:1336312/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat > 2:9356672/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat > 2:895158/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGTGGGGCCGCCAGTGCAGAAATCCACTGTTCGTCACGAAATCCTTCGCTTAATTGCCGCACTTTGATGGTCAGTCGAAAACTgtcat > 2:310753/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |