| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,251,675 | A→G | R60R (CGT→CGC) | yhaJ ← | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,251,675 | 0 | A | G | 99.7% | 1224.8 / NA | 382 | R60R (CGT→CGC) | yhaJ | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (213/167); total (213/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAG > NC_000913/3251585‑3251764 | gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa < 2:5514349/93‑1 (MQ=255) gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa < 1:900076/93‑1 (MQ=255) gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa < 1:8073393/93‑1 (MQ=255) gttCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGGCATTGGTGAATTTGGTGCGAt < 1:9882720/92‑1 (MQ=255) cTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGAt < 2:6536555/93‑1 (MQ=255) cTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGAt > 2:1290531/1‑93 (MQ=255) cTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCAGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGAt < 2:6910237/93‑1 (MQ=255) ttCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATg > 2:8584318/1‑93 (MQ=255) ttCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATg > 2:721571/1‑93 (MQ=255) ttCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATg > 1:6302198/1‑93 (MQ=255) tCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATgg < 1:4283578/93‑1 (MQ=255) tCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATATGGTGCGATgg < 2:9834860/93‑1 (MQ=255) ccGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGc < 1:1882756/93‑1 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc > 2:1441859/1‑93 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc > 1:5358366/1‑93 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc > 2:2609214/1‑93 (MQ=255) cATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCg > 1:8666193/1‑93 (MQ=255) aTCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGa > 2:9656921/1‑93 (MQ=255) aTCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGa > 1:5285042/1‑93 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAg > 1:1296902/1‑93 (MQ=255) gtagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCgg < 2:9059807/93‑1 (MQ=255) tagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGt < 2:513727/93‑1 (MQ=255) 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tATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGca > 1:2076107/1‑93 (MQ=255) tATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGca > 1:685732/1‑93 (MQ=255) tCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcacc > 2:4915193/1‑93 (MQ=255) tCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcacc > 2:670651/1‑93 (MQ=255) tGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcaccac < 2:7490916/93‑1 (MQ=255) gCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACcaca > 1:6709003/1‑93 (MQ=255) gCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATcc > 1:6995178/1‑93 (MQ=255) cTTCCAGCAAAACGCGGCCTCGCTCCAACAACATCCCCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGTCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCa < 2:5271500/93‑1 (MQ=255) cTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCGCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGACCCGAGCGGTCAAACAGCTCCACATCCa < 1:7946080/93‑1 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc < 1:5977355/93‑1 (MQ=255) aGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctct < 2:7773109/93‑1 (MQ=255) cAAAACGCGCCCTCGCTCCACCAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttc < 2:3712749/93‑1 (MQ=255) aaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCttcttc < 2:1063274/93‑1 (MQ=255) aCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTcc > 2:8173143/1‑93 (MQ=255) aCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTcc > 1:8232179/1‑93 (MQ=255) cgcgCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGCCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCa < 2:2743288/93‑1 (MQ=255) acgccccTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCa < 1:2664165/89‑1 (MQ=255) gcgcCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAg < 2:6017122/93‑1 (MQ=255) cgcCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGt > 1:4349742/1‑93 (MQ=255) cgcCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGt > 1:5613063/1‑93 (MQ=255) gcCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGtt < 1:7732572/93‑1 (MQ=255) cccTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGttt > 1:1415076/1‑93 (MQ=255) cGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGc > 1:499660/1‑93 (MQ=255) gCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCa < 1:9498376/93‑1 (MQ=255) 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aTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTa > 2:7676381/1‑93 (MQ=255) aTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTa > 2:8383659/1‑93 (MQ=255) tcttccCGCCATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCTCGAGCGGTAAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTaa < 1:4122306/90‑1 (MQ=255) tcctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTaa < 2:1851263/93‑1 (MQ=255) cctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAg < 2:9517150/93‑1 (MQ=255) cctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAg > 1:7543404/1‑93 (MQ=255) ctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGt < 1:6492169/93‑1 (MQ=255) ctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGt < 1:5501810/93‑1 (MQ=255) 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aTTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAgg < 2:1586384/93‑1 (MQ=255) ttGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTTAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCCGTTTTTGCATGTTGTAGATAAGTGCGGCAGGc > 2:8645615/1‑93 (MQ=255) ttGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGc > 2:3850917/1‑93 (MQ=255) ggTGAGTTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAc > 2:8348762/1‑93 (MQ=255) gTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcg > 1:2453512/1‑93 (MQ=255) tGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgc > 2:2289393/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg > 2:2107256/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg < 1:5698624/93‑1 (MQ=255) aaTTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGt > 1:3710469/1‑93 (MQ=255) aaTTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGGGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcgc > 1:4624063/1‑92 (MQ=255) ttGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTccc < 2:4698245/93‑1 (MQ=255) ggTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCac > 2:5368039/1‑92 (MQ=255) ggTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAg < 1:4769958/93‑1 (MQ=255) ggTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGCAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAg > 2:3413293/1‑93 (MQ=255) | AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAG > NC_000913/3251585‑3251764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |