Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,667,150 | A→G | intergenic (‑332/‑72) | yhjA ← / → treF | putative cytochrome C peroxidase/cytoplasmic trehalase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,667,150 | 0 | A | G | 94.4% | 1699.0 / 56.8 | 592 | intergenic (‑332/‑72) | yhjA/treF | putative cytochrome C peroxidase/cytoplasmic trehalase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/18); new base G (271/288); total (286/306) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 628 total aligned reads displayed.
AAATCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATCAGAAAATTC > NC_000913/3667060‑3667240 | aaTCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCccgcca > 2:3864579/1‑93 (MQ=255) aaTCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCccgcca > 2:8735665/1‑93 (MQ=255) aTCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAg > 2:2234238/1‑93 (MQ=255) tCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAgg < 2:1836898/93‑1 (MQ=255) cGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGc < 2:7576705/93‑1 (MQ=255) gTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCgg > 2:5876675/1‑93 (MQ=255) tATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCTCGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGa > 2:7233464/1‑93 (MQ=255) tATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGa > 2:2830269/1‑93 (MQ=255) tATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGa > 1:2666419/1‑93 (MQ=255) tATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGa > 2:4540621/1‑93 (MQ=255) aTTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAg < 1:9291572/93‑1 (MQ=255) tttttATAAATTACATTGACATTAGTGCGTTATATTTTTTGCCAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAgg > 1:2984447/1‑92 (MQ=255) ttttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCg > 1:7754160/1‑93 (MQ=255) tttATTAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGa < 1:3577670/93‑1 (MQ=255) tttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGa < 2:205026/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATGCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 1:918879/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGag < 2:6166597/93‑2 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 2:4698530/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 2:5427064/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 1:6577173/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 2:2520428/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 2:3294488/93‑1 (MQ=255) ttATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGaa < 1:497658/93‑1 (MQ=255) aaTTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACt > 2:367635/1‑93 (MQ=255) aTTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTa > 1:5326510/1‑93 (MQ=255) aTTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTa < 1:6796106/93‑1 (MQ=255) tCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTAcc < 1:9782623/93‑1 (MQ=255) cATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCt < 1:449140/93‑1 (MQ=255) cATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCt < 1:8373739/93‑1 (MQ=255) aTTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCtt < 2:1679969/93‑1 (MQ=255) ttGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTa > 1:1889146/1‑93 (MQ=255) ttGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTa > 1:9558830/1‑93 (MQ=255) tGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTaa > 2:10026534/1‑93 (MQ=255) tGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTaa > 1:7332048/1‑93 (MQ=255) tGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTaa < 1:8487828/93‑1 (MQ=255) tGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTaa > 2:7946645/1‑93 (MQ=255) tGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTAATCCACCGCACGCTTGGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTaa < 1:10011344/93‑1 (MQ=255) gATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTaaa > 2:9300064/1‑93 (MQ=255) tatTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGa < 1:4707811/93‑1 (MQ=255) tatTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGa < 1:9360419/93‑1 (MQ=255) atTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGaa > 2:8447098/1‑93 (MQ=255) tAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGaaaa > 2:8898930/1‑93 (MQ=255) gTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGc > 2:4857177/1‑93 (MQ=255) gTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACAACCCTTAAAGAAAAGc < 2:8577581/93‑1 (MQ=255) gCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCg < 2:3587613/93‑1 (MQ=255) gCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCg < 1:5664656/93‑1 (MQ=255) gTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGCATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGaa > 2:7737427/1‑92 (MQ=255) ttATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATa > 1:747465/1‑93 (MQ=255) ttATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATa < 2:6048977/93‑1 (MQ=255) tataTTTTTTGACAGGTTAATAAACTTTATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGAAGCGAATGACTCCCCTTAAAGAAAATCCGATaa < 2:7122881/93‑1 (MQ=255) ttttttGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAg > 1:2482510/1‑93 (MQ=255) tttttGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGc < 2:8995721/93‑1 (MQ=255) ttttGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGcg > 2:9102478/1‑93 (MQ=255) tttGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGcga < 1:7631073/93‑1 (MQ=255) gACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGcgacga > 1:1658850/1‑93 (MQ=255) gACAGGTTAATAAACGTGACCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGcgacga < 2:9522537/93‑1 (MQ=255) aCAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGaa < 1:3229519/93‑1 (MQ=255) cAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAt > 1:1116236/1‑93 (MQ=255) cAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAt < 1:1242533/93‑1 (MQ=255) aGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAtt > 2:3457662/1‑93 (MQ=255) aGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAtt < 1:8672188/93‑1 (MQ=255) ggTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAttt < 2:4045874/93‑1 (MQ=255) ggTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAttt < 2:1369513/93‑1 (MQ=255) ggTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAttt < 2:2635871/93‑1 (MQ=255) ggTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAttt > 1:3502281/1‑93 (MQ=255) ggTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAAttt > 1:3741455/1‑93 (MQ=255) gTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTc > 1:2100545/1‑93 (MQ=255) taataaACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCgg > 2:9787226/1‑93 (MQ=255) taataaACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCgg > 2:15601/1‑93 (MQ=255) aataaACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGa < 1:6246149/93‑1 (MQ=255) aataaACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGa > 2:2418561/1‑93 (MQ=255) aataaACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGa < 2:6991952/93‑1 (MQ=255) aaaCGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGt > 1:7915058/1‑93 (MQ=255) aaaCGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGt < 2:5333686/93‑1 (MQ=255) aCGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTg > 2:8306799/1‑93 (MQ=255) cGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTgg < 1:5875983/93‑1 (MQ=255) cGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTgg < 1:3912359/93‑1 (MQ=255) gATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATc < 2:5074995/93‑1 (MQ=255) 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cccGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTAt < 2:3052970/92‑1 (MQ=255) aCCGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTAt > 2:5517671/1‑93 (MQ=255) aCCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTAt < 1:6386254/93‑1 (MQ=255) ccGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATg > 1:4587401/1‑93 (MQ=255) ccGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATg > 1:6901465/1‑93 (MQ=255) ccGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATg > 1:7132986/1‑93 (MQ=255) ccGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATg > 1:7219224/1‑93 (MQ=255) cGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGc > 1:5150262/1‑93 (MQ=255) cGCACGCTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGc > 2:5645534/1‑93 (MQ=255) cACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTc > 1:6054021/1‑93 (MQ=255) cTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATc < 2:1182207/93‑1 (MQ=255) cTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATc < 2:8126200/93‑1 (MQ=255) cTTTGTCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATc < 1:1426941/93‑1 (MQ=255) tCGCCCGCCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATCAGaaa > 1:6740240/1‑93 (MQ=255) | AAATCGGTATTTTTATAAATTCCATTGATATTAGTGCGTTATATTTTTTGACAGGTTAATAAACGTGATCCACCGCACGCTTTGTCGCCCACCAGGCGGAGCGAATGACTACCCTTAAAGAAAAGCCGATAATTAGCGACGAATTTCGGAGGTTGGATCCTTATGCTCAATCAGAAAATTC > NC_000913/3667060‑3667240 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |