| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 419,767 | T→C | V318A (GTG→GCG) | brnQ → | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 419,767 | 0 | T | C | 99.2% | 840.0 / ‑5.0 | 267 | V318A (GTG→GCG) | brnQ | branched chain amino acid transport system II carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (161/103); minor base A (2/0); total (164/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTT > NC_000913/419677‑419856 | tCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGgcgt > 1:9319562/1‑93 (MQ=255) cATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGtt > 1:3775536/1‑93 (MQ=255) aTCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGttt > 1:6184870/1‑93 (MQ=255) aTCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGttt > 2:8844768/1‑93 (MQ=255) tCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTa > 2:8342532/1‑93 (MQ=255) cctgcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATcc < 1:4049781/93‑1 (MQ=255) ctgcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCt > 1:7973696/1‑93 (MQ=255) ctgcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCt > 1:6957212/1‑93 (MQ=255) ctgcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCt > 2:3019307/1‑93 (MQ=255) gcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcg > 1:4568483/1‑93 (MQ=255) gcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcg > 2:601975/1‑93 (MQ=255) gcctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcg > 2:3208963/1‑93 (MQ=255) ctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACTTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcggc < 2:5513638/93‑1 (MQ=255) ctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcggg > 2:2831559/1‑92 (MQ=255) ctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcggc < 2:5909742/93‑1 (MQ=255) ctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcggc > 2:2197383/1‑93 (MQ=255) ctgGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcggc < 1:2044786/93‑1 (MQ=255) ggTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTcggcgg > 1:4805760/1‑93 (MQ=255) gTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCggcggc > 1:4490705/1‑93 (MQ=255) tAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCt > 2:9521150/1‑93 (MQ=255) tAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCt > 2:1817170/1‑93 (MQ=255) aaCGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCtt < 2:7872075/93‑1 (MQ=255) ggCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTtctc < 2:9916952/93‑1 (MQ=255) gCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCg < 2:7083268/93‑1 (MQ=255) gCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCg < 1:2903418/93‑1 (MQ=255) cAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGa < 1:4599051/93‑1 (MQ=255) cAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGa > 1:1115653/1‑93 (MQ=255) aGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCgct > 2:2127887/1‑91 (MQ=255) aGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGAt < 1:8045459/93‑1 (MQ=255) tGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGAtggt < 1:4298334/93‑1 (MQ=255) ggCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGAtggtg > 1:5585683/1‑93 (MQ=255) ggCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGAtggtg > 2:9862343/1‑93 (MQ=255) ggCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGAtggtg > 1:1626172/1‑93 (MQ=255) gCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGAtggtgg < 2:4297484/93‑1 (MQ=255) cTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGtt > 1:1427545/1‑93 (MQ=255) gACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGGTTc > 2:12368/1‑93 (MQ=255) aCCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCt < 2:6442403/93‑1 (MQ=255) aCCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGGTTCt > 2:1381881/1‑93 (MQ=255) ccTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCTGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTa > 1:2560464/1‑93 (MQ=255) ccTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTa > 1:9685559/1‑93 (MQ=255) cTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTaa > 2:7585614/1‑93 (MQ=255) tgtgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAAc > 1:2311702/1‑93 (MQ=255) tgtgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAAc > 1:3473967/1‑93 (MQ=255) tgtgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAAc > 1:3252764/1‑93 (MQ=255) tgtgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCGTCTCGATGGTGGTTTCTAAc > 1:790145/1‑93 (MQ=255) tgtgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGAGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAAc > 2:6741888/1‑93 (MQ=255) gtgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAAcc < 1:3328705/93‑1 (MQ=255) tgCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCt < 2:3597075/93‑1 (MQ=255) ggCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCt < 1:8998620/92‑1 (MQ=255) gCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTc > 1:8185239/1‑93 (MQ=255) cTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCg < 2:9459115/93‑1 (MQ=255) tgtgCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGc > 2:3305960/1‑93 (MQ=255) tgCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCtt > 2:8588300/1‑93 (MQ=255) gCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTa > 2:4415088/1‑93 (MQ=255) cAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTaa > 2:473789/1‑93 (MQ=255) aGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGCGGTTTCTAACCTCGGCTTAAg > 2:3429866/1‑93 (MQ=255) gAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTCAGc > 2:4059423/1‑93 (MQ=255) gAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGc > 1:1897615/1‑93 (MQ=255) aaTTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGcc < 1:533975/93‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAg < 1:9837518/93‑1 (MQ=255) ttCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAg > 2:3827722/1‑93 (MQ=255) cTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCt < 2:550285/93‑1 (MQ=255) tttGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTg > 2:5790978/1‑93 (MQ=255) tGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGAt < 1:9740219/93‑1 (MQ=255) cccAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATcc < 2:1741350/93‑1 (MQ=255) aGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGa > 1:5872518/1‑93 (MQ=255) gtacgtacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGAt < 2:8235849/93‑1 (MQ=255) gtacgtacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGAt > 1:4823993/1‑93 (MQ=255) tacgtacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGAtc > 1:7570472/1‑93 (MQ=255) tacgtacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGAtc > 2:9619378/1‑93 (MQ=255) cgtacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGAtctc < 1:6697750/93‑1 (MQ=255) gtacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTcc < 1:9517093/93‑1 (MQ=255) tacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCg > 2:7989490/1‑93 (MQ=255) tacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCg > 2:419597/1‑93 (MQ=255) tacCGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCg > 1:8430804/1‑93 (MQ=255) ccGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTa > 1:2364665/1‑93 (MQ=255) ccGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTa < 1:7464190/93‑1 (MQ=255) ccGCTCTCTTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTa < 2:1153071/93‑1 (MQ=255) 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ctctTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGt > 2:5134793/1‑93 (MQ=255) ctctTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGt > 1:3160459/1‑93 (MQ=255) tctTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTg < 1:5254603/93‑1 (MQ=255) tctTATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTg > 2:3918394/1‑93 (MQ=255) ttATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCt > 2:7340953/1‑93 (MQ=255) ttATCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCt > 1:505410/1‑93 (MQ=255) tCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGAc < 1:8877921/93‑1 (MQ=255) tCGTACGCTGGCGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGAc < 2:4514004/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |