Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,983,543 | (C)5→4 | coding (609/990 nt) | araF ← | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,983,539 | 0 | C | . | 97.6% | 914.4 / 9.5 | 208 | coding (613/990 nt) | araF | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/4); new base . (100/103); total (101/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.34e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983447‑1983627 | gccgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGCCGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGAAGCGTCAAATGc > 2:1533179/1‑93 (MQ=255) ccgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcc > 2:570833/1‑93 (MQ=255) cgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGACTTGGCAGCGTCAAATGccc < 2:6129183/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 2:2095934/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 1:1581297/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 2:3093610/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 2:4354360/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 2:4749766/93‑1 (MQ=255) cccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcgccg > 1:1111675/1‑92 (MQ=255) ccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccccgg < 2:5980589/93‑3 (MQ=255) aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 1:3701874/93‑2 (MQ=255) gCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAt < 2:2441413/93‑1 (MQ=255) ccGGTTCTGTCTTCCATGCCGTCGATCAGCCAATGTTTAACTGCCGGATGTTGAACGCGCATTGAGTCGGCAGCGTCATATG‑CGCCGGGATGt < 2:4004760/92‑1 (MQ=255) aCGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGt > 1:1298916/1‑93 (MQ=255) ggTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCg > 2:2046018/1‑93 (MQ=255) gTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGt > 1:1016596/1‑93 (MQ=255) gTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGATGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGt < 2:4496491/93‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 2:133200/93‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 2:3422280/93‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 1:4931669/93‑1 (MQ=255) tGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGTGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGa > 2:3140076/1‑93 (MQ=255) gatCATACCGACGATGAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTg < 2:4194029/91‑1 (MQ=255) 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gacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAcc > 1:5534155/1‑93 (MQ=255) gacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAcc < 1:4761473/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 2:3531807/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt > 1:5930701/1‑93 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt > 1:2098645/1‑93 (MQ=255) cgaTCAGCAAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTg < 1:5678432/93‑1 (MQ=255) tCAGCGAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 2:5869906/93‑1 (MQ=255) tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 1:973967/93‑1 (MQ=255) tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 1:3212334/93‑1 (MQ=255) tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa > 1:4203017/1‑93 (MQ=255) cAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaa > 2:5373069/1‑93 (MQ=255) aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa > 1:483805/1‑93 (MQ=255) gCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAt > 2:3291912/1‑93 (MQ=255) gCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAt > 1:3254880/1‑93 (MQ=255) gCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAt < 2:1049057/93‑1 (MQ=255) ccAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAtt < 1:5223273/93‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt > 1:2127885/1‑93 (MQ=255) cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt < 2:1447891/93‑1 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt > 2:1058470/1‑93 (MQ=255) tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 1:3290039/1‑93 (MQ=255) gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt > 2:276635/1‑93 (MQ=255) gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt < 2:1405796/93‑1 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 2:5464158/93‑1 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 1:1730361/93‑1 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt > 1:4697134/1‑93 (MQ=255) ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt > 2:747600/1‑93 (MQ=255) ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt > 1:2170652/1‑93 (MQ=255) tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc < 2:1576234/93‑1 (MQ=255) tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc < 2:2261903/93‑1 (MQ=255) aaCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTcc < 1:4521610/93‑1 (MQ=255) cTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgg < 2:6279028/93‑1 (MQ=255) cTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgg < 2:939680/93‑1 (MQ=255) 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gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATcc < 2:2718554/93‑1 (MQ=255) gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATcc > 1:5171631/1‑93 (MQ=255) tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGCTAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgc > 1:198816/1‑92 (MQ=255) gTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGc > 2:2325832/1‑93 (MQ=255) aCCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCtt > 1:1086916/1‑93 (MQ=255) ccAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCttt < 1:2496110/93‑1 (MQ=255) cAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTc > 1:5210191/1‑93 (MQ=255) cAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTc > 2:2620425/1‑93 (MQ=255) 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gCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATc < 2:2025039/93‑1 (MQ=255) cGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATcc > 2:4417107/1‑93 (MQ=255) cGTAAAATG‑CCCCGGAATGTCGTTAGATTTAGTAGGTAACTGATAAATTGGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATcc < 2:4931863/93‑1 (MQ=255) gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATccc < 1:4585197/93‑1 (MQ=255) gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATccc < 2:2037620/93‑1 (MQ=255) aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgta < 2:4639600/93‑1 (MQ=255) | GCCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983447‑1983627 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |