| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,899,957 | (C)5→6 | coding (1373/1413 nt) | bglB ← | phospho‑beta‑glucosidase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,899,952 | 1 | . | C | 99.1% | 704.6 / ‑3.9 | 225 | L460V (CTG→GTG) | bglB | phospho‑beta‑glucosidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); major base C (90/131); minor base A (2/0); total (93/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑CCCCCGCGTCTTGATCACCTCTGCATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTATCATCACGAT > NC_000913/3899860‑3900038 | tGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑c > 1:702538/1‑93 (MQ=255) tGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑c < 2:2008426/93‑1 (MQ=255) tGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑c < 2:39794/93‑1 (MQ=255) ggTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑cc > 1:1009383/1‑93 (MQ=255) tGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑cccc < 1:2754232/93‑1 (MQ=255) gCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccc > 1:4876683/1‑93 (MQ=255) gCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccc > 1:5716798/1‑93 (MQ=255) gCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccc < 2:3744090/93‑1 (MQ=255) cAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑cccccc < 1:5276347/93‑2 (MQ=255) cAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑cccccc < 2:4534136/93‑2 (MQ=255) cAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑cccccc > 2:643363/1‑92 (MQ=255) aaagaaagAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccccg > 2:2039028/1‑91 (MQ=255) aaagaaagAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccccg > 1:2935355/1‑91 (MQ=255) aagaaagaATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccccgc > 2:257152/1‑90 (MQ=255) aagaaagaATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑ccccccgc > 1:2905265/1‑90 (MQ=255) aaagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTc > 1:5087380/1‑93 (MQ=255) aaagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTc > 2:2895343/1‑93 (MQ=255) aaagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTc < 1:2497651/93‑1 (MQ=255) aagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCt > 1:315988/1‑93 (MQ=255) aagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCt < 2:753242/93‑1 (MQ=255) aagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCt < 1:5939046/93‑1 (MQ=255) aagaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCt < 2:5542836/93‑1 (MQ=255) agaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCtt < 1:6041041/93‑1 (MQ=255) agaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCtt > 1:2007072/1‑93 (MQ=255) gaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTg < 2:2280303/93‑1 (MQ=255) gaaTTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTg < 2:2666297/93‑1 (MQ=255) aCGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTTATTAcc > 2:3271226/1‑93 (MQ=255) aCGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCAcc > 1:3871444/1‑93 (MQ=255) catcgcatcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACctct < 1:2667879/93‑1 (MQ=255) atcgcatcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGACCCCCGCGTCTTGATCACctcta > 2:5109881/1‑92 (MQ=255) tcgcatcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACctctac > 1:910112/1‑91 (MQ=255) tcgcatcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACctctac > 2:1783434/1‑91 (MQ=255) cgcatcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACa > 1:2237133/1‑93 (MQ=255) gcatcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACAt < 2:5988275/93‑1 (MQ=255) catcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATa > 1:144052/1‑93 (MQ=255) atcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATAc > 2:2743827/1‑93 (MQ=255) tcCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATAcc < 2:2366406/93‑1 (MQ=255) aGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATc < 2:2471539/93‑1 (MQ=255) aGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATc < 2:2914383/93‑1 (MQ=255) aGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATc < 2:322201/93‑1 (MQ=255) gACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATcc < 1:4271651/93‑1 (MQ=255) cTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGa < 1:4507710/93‑1 (MQ=255) cTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGa > 1:1853161/1‑93 (MQ=255) tGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGaa < 1:5470047/93‑1 (MQ=255) gTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCATCTCTACATACCATCCGAAg < 2:6083469/93‑1 (MQ=255) tCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCt < 1:1032921/93‑1 (MQ=255) 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aTGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGcttccttc > 1:113484/1‑93 (MQ=255) tGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGcttccttcc > 1:5183004/1‑92 (MQ=255) tATTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCAt < 2:4896629/93‑1 (MQ=255) aTTTTTTTTAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCAtt < 1:4181213/93‑1 (MQ=255) ttttttttAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCCTTa > 2:5194043/1‑93 (MQ=255) ttttttttAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTa < 1:2156055/93‑1 (MQ=255) tttttAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTatca > 2:5357175/1‑93 (MQ=255) ttttAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTatcat < 1:5209320/93‑1 (MQ=255) tttAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTatcatc > 1:1554960/1‑93 (MQ=255) tAATGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTATCATCAc > 1:3825990/1‑93 (MQ=255) tAATGAC‑AGCCCCCCGCGGCTTGAGCACCTCTACATACCATCCGAAGGTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCCATATCAGCAc > 2:3526380/1‑93 (MQ=255) aaTGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTATCATCACg > 1:3957303/1‑93 (MQ=255) aaTGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTATCATCACg > 2:3788296/1‑93 (MQ=255) aTGAC‑AGCCCCCCGCGTCTTGATCACCTCTACATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTATCATCACGa > 1:5808922/1‑93 (MQ=255) | ATGGTGCAAAGAAAGAATTAACGCATCGCATCCAGACTGTTCTGAATGCGACGATAATTAAGGTGCTTTAATGGTTATTTTTTTTAATGAC‑AG‑CCCCCGCGTCTTGATCACCTCTGCATACCATCCGAAGCTTTTCTTGCGTGTTCTTGTGAGGCTTCCTTCGCCATTATCATCACGAT > NC_000913/3899860‑3900038 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |