Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,913,076 | (G)6→7 | intergenic (‑248/+105) | glmU ← / ← atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,913,070 | 1 | . | G | 94.2% | 844.4 / 42.2 | 275 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/5); new base G (135/124); total (146/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑G‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGG > NC_000913/3912978‑3913157 | cTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa > 2:2817312/1‑93 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g > 1:5760796/1‑93 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g < 1:2518869/93‑1 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g < 1:4871894/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g‑g < 2:204910/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g‑g < 1:977271/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g‑g < 1:5325778/93‑1 (MQ=255) tGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g‑ggggggt < 2:3207507/93‑3 (MQ=255) tGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g‑ggggggt > 1:5530236/1‑91 (MQ=255) aGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑G‑GGGGGgtttt > 1:3320823/1‑92 (MQ=255) gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑G‑GGGGGgtttta > 1:1107390/1‑91 (MQ=255) gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑G‑GGGGGgtttta > 2:10259/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTtata < 1:385981/93‑1 (MQ=255) aTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATc < 2:5136525/93‑1 (MQ=255) 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ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 2:3450813/1‑93 (MQ=255) ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 2:754319/1‑93 (MQ=255) ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 1:6060727/1‑93 (MQ=255) aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGa < 2:4749718/93‑1 (MQ=255) aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGa < 2:4550046/93‑1 (MQ=255) aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGa < 2:2675328/93‑1 (MQ=255) aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGa > 2:2853817/1‑93 (MQ=255) aTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGG‑GGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGaa < 2:1639060/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |