| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,930,677 | +G | intergenic (+175/‑264) | kup → / → rbsD | low affinity potassium transport system/RbsD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,930,676 | 1 | . | G | 99.6% | 722.3 / ‑3.9 | 224 | intergenic (+174/‑265) | kup/rbsD | low affinity potassium transport system/RbsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (127/96); total (128/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GTAGAAGAAGTTTTCCACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TC‑GCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTGCACCAGATCAATTTGAA > NC_000913/3930584‑3930762 | gTAGAAGAAGTTTTCCGCCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑Tc < 1:550397/93‑1 (MQ=255) aagaagTTTTCCACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TC‑ggca > 2:1652781/1‑90 (MQ=255) gTTTTCCACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGc > 2:2107967/1‑93 (MQ=255) ttttCCACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGcc > 2:5338168/1‑93 (MQ=255) tttCCACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGccc < 1:5314598/93‑1 (MQ=255) tttCCACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGccc > 2:5779169/1‑93 (MQ=255) ccACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTg < 2:4038271/93‑1 (MQ=255) ccACCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTg > 2:2035381/1‑93 (MQ=255) cgccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTgg > 2:3973705/3‑93 (MQ=255) aCCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGt > 2:4140187/1‑93 (MQ=255) ccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTa > 1:2958999/1‑93 (MQ=255) cGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTAt < 1:5934631/93‑1 (MQ=255) cGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTAt > 1:385917/1‑93 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTAtt > 1:5886110/1‑93 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAAGATTAAGTTGCCGGATGATGTAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTAtt < 2:3445188/93‑1 (MQ=255) cTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTAttt > 1:4927435/1‑93 (MQ=255) cTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTAttt < 1:1797601/93‑1 (MQ=255) gCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGc > 2:156182/1‑93 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGt < 1:3567387/93‑1 (MQ=255) gTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCTTG‑GCAAACGCCCGTGGTATTTGCGtt > 2:1100918/1‑92 (MQ=255) tgaaaGAATTAAGTTGACGAATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgc < 1:3430615/90‑1 (MQ=255) ggAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgcg > 2:5556040/1‑93 (MQ=255) gAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCGAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgcgc > 1:764834/1‑93 (MQ=255) gAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgcgc > 2:3785720/1‑93 (MQ=255) gAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgcgc > 1:1036083/1‑93 (MQ=255) gAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgcgc > 1:3888729/1‑93 (MQ=255) aGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCgg > 1:1134960/1‑93 (MQ=255) ggATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGc < 1:1365604/93‑1 (MQ=255) gATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCa > 1:5538411/1‑93 (MQ=255) aTTAAGTTGCCTGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCaa > 1:5983349/1‑93 (MQ=255) ttAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAg > 2:1877417/1‑93 (MQ=255) ttAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAg < 1:6161428/93‑1 (MQ=255) tAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGc < 2:1178274/93‑1 (MQ=255) gTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGt > 1:2049844/1‑93 (MQ=255) tGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTAc < 1:3714032/93‑1 (MQ=255) gCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACt > 2:787644/1‑93 (MQ=255) gCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACt > 1:4736719/1‑93 (MQ=255) gCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACt > 1:1276475/1‑93 (MQ=255) ccGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACtt < 1:212578/93‑1 (MQ=255) ggATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc > 2:3019828/1‑93 (MQ=255) ggATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc > 2:2727837/1‑93 (MQ=255) ggATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc > 2:1871101/1‑93 (MQ=255) gatgatGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgct > 2:6257622/1‑93 (MQ=255) tgatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgc > 1:4338312/1‑93 (MQ=255) atgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctg > 1:1166707/1‑93 (MQ=255) atgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctg > 2:2200884/1‑93 (MQ=255) tgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctgc < 1:5383235/93‑1 (MQ=255) tgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctgc < 2:3473500/93‑1 (MQ=255) aggAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctgc < 1:3356262/92‑1 (MQ=255) ggAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCa > 1:4830444/1‑93 (MQ=255) gAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCaa < 1:5121188/93‑1 (MQ=255) aaaCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAAc < 1:4640915/93‑1 (MQ=255) aaaCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAAc > 1:743264/1‑93 (MQ=255) aaCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACg > 1:6241594/1‑93 (MQ=255) aaCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACg > 2:6015386/1‑93 (MQ=255) aCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGt > 2:4264163/1‑93 (MQ=255) aCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGt > 2:1029023/1‑93 (MQ=255) aCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGt > 1:1398309/1‑93 (MQ=255) cctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTa < 2:4294862/93‑1 (MQ=255) cctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTa > 2:4505564/1‑93 (MQ=255) tcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAAt < 2:5932107/93‑1 (MQ=255) cttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgc < 2:49196/93‑1 (MQ=255) ttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgcg < 2:1446410/93‑1 (MQ=255) ttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgcg < 2:6241604/93‑1 (MQ=255) tcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgcgc > 1:2792228/1‑93 (MQ=255) tcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgcgc < 2:2916786/93‑1 (MQ=255) tcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgcgc > 1:1315979/1‑93 (MQ=255) tcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgcgc < 1:3499724/93‑1 (MQ=255) tttATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTg > 2:4523584/1‑93 (MQ=255) tttATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTg < 1:863314/93‑1 (MQ=255) ttATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGc < 1:3274637/93‑1 (MQ=255) tATGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAatgcgatgcg > 2:2064127/1‑93 (MQ=255) aTGTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGt > 2:5255566/1‑93 (MQ=255) aTGTCGCAAGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGt > 2:6144986/1‑93 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTGc > 1:935581/1‑93 (MQ=255) gCATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTGCAcc > 2:3532078/1‑93 (MQ=255) cATGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTGCACCa < 2:2890619/93‑1 (MQ=255) aTGAGTCGTTGATCC‑TCGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTGCACCAg > 2:3269937/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |