| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,166 | +C | coding (35/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 99.3% | 435.0 / ‑3.8 | 137 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (17/119); total (18/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248 | gagaCAGATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑g < 2:4568766/93‑1 (MQ=255)gagaCAGATACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑g < 1:2934746/93‑1 (MQ=255) agacagatACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑CG‑T‑g‑‑g‑g > 1:1646917/1‑93 (MQ=255) gacagataCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑gcg < 1:1497856/93‑3 (MQ=255) agataCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGC‑‑TG‑T‑g‑‑g‑ggcgc > 2:1465319/1‑89 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:3263310/93‑1 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:3451647/93‑1 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 2:3532371/93‑1 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:4428060/93‑1 (MQ=255) aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATg < 1:5549333/93‑1 (MQ=255) taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 2:1208837/93‑1 (MQ=255) taaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:2409744/93‑1 (MQ=255) aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:4815837/93‑1 (MQ=255) aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 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1:2665552/93‑1 (MQ=255) cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:1080363/93‑1 (MQ=255) cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:2242642/93‑1 (MQ=255) tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACTGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 2:5071253/93‑1 (MQ=255) tAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑GGTG‑GG‑C‑‑CACCCGCATGACCCACGCCCAtttttg > 2:3419926/1‑90 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:5854067/93‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 1:1913452/93‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGC‑‑TG‑TGG‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCCGATGACCGACGCCGCTTTTGGt > 1:4603640/1‑93 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:1983745/93‑1 (MQ=255) tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 2:3786723/93‑1 (MQ=255) ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 2:6229255/93‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGC‑‑GG‑T‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCCGAACGACCGCCGCCGGCTTCGGGAAGACgg > 1:3940146/1‑92 (MQ=255) cttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:4349784/92‑1 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:3213782/93‑1 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACACCGATTTTTGTAAGCCGAt > 2:5365309/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGGGC‑‑TG‑G‑GGCG‑GG‑G‑‑CACCGGAATGACCGCCGCCGCTTTGTGGAAGGCGAt > 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cGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt < 1:1811379/93‑1 (MQ=255) cGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 2:818985/1‑93 (MQ=255) gcgc‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 1:3011111/1‑93 (MQ=255) gcgc‑‑TG‑T‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 1:1792949/93‑1 (MQ=255) | GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGC‑‑TG‑T‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |