| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,099,309 | (G)7→10 | coding (48/993 nt) | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 97.1% | 217.7 / ‑0.4 | 70 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (57/11); total (58/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 2 | . | G | 97.1% | 216.2 / ‑0.4 | 70 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (57/11); total (58/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 3 | . | G | 87.1% | 194.9 / 24.9 | 70 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/5); new base G (54/7); total (58/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA > NC_000913/4099210‑4099381 ||| acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATcc‑‑c > 1:2070346/1‑93 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g > 2:885555/1‑93 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g < 2:5968390/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g < 2:5968389/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g < 2:3649915/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g > 1:5089207/1‑93 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTCAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g > 1:1034867/1‑93 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gg > 1:1080066/1‑93 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gg < 1:700399/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gg < 1:2769118/93‑1 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑ggg < 1:3266801/93‑1 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑ggg < 2:3972166/93‑1 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATACAACGCTCGATTGACACACTCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑g > 2:2751251/1‑93 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑g < 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ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggg > 1:2437961/1‑91 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggggg > 1:577604/1‑89 (MQ=255) aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggggg > 1:4025456/1‑89 (MQ=255) ggAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGgg‑gatgatg > 1:5957705/1‑90 (MQ=255) aTTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCg > 2:575995/1‑93 (MQ=255) tACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGt > 1:3377216/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGc > 2:5237352/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGc > 1:3692287/1‑93 (MQ=255) aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGc > 1:5292736/1‑93 (MQ=255) tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCt > 1:2311675/1‑93 (MQ=255) tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCt > 1:2404844/1‑93 (MQ=255) tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCt > 1:163227/1‑93 (MQ=255) aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTAt > 1:1581798/1‑93 (MQ=255) aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTAt > 2:3741524/1‑93 (MQ=255) aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGCGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTAt > 1:2184500/1‑93 (MQ=255) gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTc > 1:748849/1‑93 (MQ=255) ccTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:5053768/1‑93 (MQ=255) ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTACtt > 2:5217484/1‑93 (MQ=255) ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCtt > 1:669827/1‑93 (MQ=255) tAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:3817744/1‑93 (MQ=255) aaaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTTgc > 1:6191622/1‑93 (MQ=255) aaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGGTGGAGGTTCGTCCCCCTATTCCTTgggc > 2:3679801/1‑91 (MQ=255) aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcgc > 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gACAGGTGAGGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑cc < 2:6229223/93‑1 (MQ=255) aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 1:2545740/1‑93 (MQ=255) aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 1:2271149/1‑93 (MQ=255) aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 2:197070/1‑93 (MQ=255) aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 2:835450/1‑93 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAACTCC‑‑C‑‑‑‑GGGGGGTGGGGT‑GCTGCTCGTCCCGCCATTACTCGGGGGTCTGTG‑Ccaa > 1:5654440/1‑92 (MQ=255) cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Ccac > 1:3559703/1‑93 (MQ=255) aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCGCGCTATTCCTTTGCGCACAGTG‑Ccacc > 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aTGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTtc > 2:5373530/1‑93 (MQ=255) tGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTtct > 1:430943/1‑93 (MQ=255) aaaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCCCACTGTG‑CCACACCTTCTCGc > 2:4974159/1‑93 (MQ=255) aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGcc > 1:2907114/1‑93 (MQ=255) aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCg > 1:914089/1‑93 (MQ=255) aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCg < 1:880759/93‑1 (MQ=255) tGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCgg > 2:241184/1‑93 (MQ=255) gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCggg > 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gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 1:5874601/1‑93 (MQ=255) aaaaaaCCGTCGATGGAAAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg < 2:2683780/91‑1 (MQ=255) aTAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGGT‑TATGCTCGTTCCGCCATTTCTTTGCGCACTTTGCCCACACCTT‑TTGCCGGGGGCgg > 2:5002272/1‑93 (MQ=255) tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCCCTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 2:1536516/1‑93 (MQ=255) tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 2:5017679/1‑93 (MQ=255) tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 1:5544223/1‑93 (MQ=255) aaaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg < 2:1919408/92‑1 (MQ=255) aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 1:5851627/1‑93 (MQ=255) aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGGCCACTGGG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:1180095/1‑93 (MQ=255) aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:5116507/1‑93 (MQ=255) aaaCGCTGGATGGAGAAAAGCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgggg < 1:5862734/93‑1 (MQ=255) aaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:2898055/1‑93 (MQ=255) agcGCTGGATTGAGAAAATCCGGG‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGaa < 1:2846249/91‑1 (MQ=255) gCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGTT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAat > 2:4980373/1‑93 (MQ=255) gCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAat > 1:3402086/1‑93 (MQ=255) ccTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAata < 2:733159/92‑1 (MQ=255) tCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAaaat > 2:5299294/1‑93 (MQ=255) tCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GAGGCGCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACGGTG‑CCACACCTTTTCGCCGGGGGTGGGGAAttat > 2:5815162/1‑93 (MQ=255) cGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAtt > 2:3166942/1‑93 (MQ=255) ||| ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA > NC_000913/4099210‑4099381 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |