| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,152,247 | +C | intergenic (+10/+29) | yghB → / ← yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 99.5% | 689.7 / ‑4.0 | 212 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (127/84); total (128/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTT‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAG > NC_000913/3152152‑3152333 | tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAt‑ttt > 1:5270788/1‑93 (MQ=255)tgatgaTCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAt‑ttt > 2:3884367/1‑93 (MQ=255) gatgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑c < 2:424253/93‑1 (MQ=255) tgatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccc < 2:1106554/93‑1 (MQ=255) tgatCCTGCAAATTGCTTTTTTAACCGCTGGTTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccc < 2:360989/93‑1 (MQ=255) gatCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑cccc > 2:5953456/1‑92 (MQ=255) tCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccgt > 1:3558631/1‑90 (MQ=255) tCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccgt > 1:2553317/1‑90 (MQ=255) tCCTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccgt > 2:2450874/1‑90 (MQ=255) ccTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccgtt > 2:1527132/1‑89 (MQ=255) ccTGCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑Ttt‑ccccgtt > 2:1824034/1‑89 (MQ=255) gCCAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTtccccgttccc < 2:4285621/93‑1 (MQ=255) cAATTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGGTTGTGGGGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCgg > 2:3640438/1‑93 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGt < 2:5118022/93‑1 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGt > 1:2127752/1‑93 (MQ=255) aaTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGt < 1:28577/93‑1 (MQ=255) aTTGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGtt > 1:441318/1‑93 (MQ=255) tGCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGATGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGc < 2:6262009/93‑1 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCt < 1:5839707/93‑1 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCt > 1:1971919/1‑93 (MQ=255) gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGGTCCCCGTTGCt > 2:261540/1‑93 (MQ=255) ccTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCCGctgctg > 1:2678827/1‑93 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGt > 1:644492/1‑93 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTa > 2:2800641/1‑93 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTa < 2:4796000/93‑1 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 1:3120504/93‑1 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg > 1:6019384/1‑93 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCg < 1:4097685/93‑1 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:188907/93‑1 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg > 2:3497890/1‑93 (MQ=255) tAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCgg < 2:6129426/93‑1 (MQ=255) aaCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCggg < 2:2108128/93‑1 (MQ=255) aaCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCggg > 1:4996067/1‑93 (MQ=255) aCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGa > 2:2926752/1‑93 (MQ=255) cGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAAc > 1:6259585/1‑93 (MQ=255) gCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGGACg > 1:2242600/1‑93 (MQ=255) gCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACg > 2:942718/1‑93 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTa > 2:3149470/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAt > 1:5989043/1‑93 (MQ=255) ggCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATAATGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGGTGCTGTACCGGGAAAGTAt > 2:3957457/1‑93 (MQ=255) gCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTAtt > 1:5205007/1‑93 (MQ=255) tGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTaa > 1:2448658/1‑93 (MQ=255) gTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAAt > 1:2111610/1‑93 (MQ=255) gTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGCTGCTTTACCGGGAACGTCTTTAAt > 2:2354804/1‑93 (MQ=255) tAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTc < 2:2652577/93‑1 (MQ=255) ggCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCCGTTGCTGTACCGGGGACGTATTTTATTccc > 1:1118021/1‑93 (MQ=255) 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tAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTg > 1:5678522/1‑93 (MQ=255) aaaaaaaaaTACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGGATTTAATTCCCCTGCCTCGTCCGCCTTCTTGc > 2:5766256/1‑93 (MQ=255) aaaaaaaaTACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGcc < 1:3879609/93‑1 (MQ=255) aaaaaTACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCa < 1:562413/93‑1 (MQ=255) aaaTACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATc < 1:2039448/93‑1 (MQ=255) aaaTACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATc > 1:1133952/1‑93 (MQ=255) aaaTACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATc > 1:4711058/1‑93 (MQ=255) tACTGTAACGCCTGACGAT‑TTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGGACCGGGAACGTATTTAATTCCACTGCCTCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTc > 2:657140/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |