| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,237,247 | +C | intergenic (+60/‑337) | ygjT → / → ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 99.2% | 378.5 / ‑3.4 | 121 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (84/36); total (84/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCT‑CT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGG > NC_000913/3237156‑3237330 | aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccct‑ct‑cc > 2:1461465/1‑93 (MQ=255)aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccct‑ct‑cc < 2:3920482/93‑1 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccct‑ct‑cccttc > 2:742003/1‑89 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ctccct‑ct‑cccttc > 1:5585738/1‑89 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCa < 2:2117559/93‑1 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCa > 2:4604541/1‑93 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAg < 1:5922135/93‑1 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAg < 2:4961397/93‑1 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAg < 1:3117891/93‑1 (MQ=255) cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAgg < 2:596461/93‑1 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAggg > 2:5457401/1‑93 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAggg > 1:4089573/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCTGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGga > 2:5134685/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGga > 2:1128396/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGga < 1:5820107/93‑1 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGga > 1:3822851/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGga > 2:68169/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGga > 2:6015402/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑ATCCCT‑CTCCCTTCCAGGga > 1:2635088/1‑93 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGgag < 2:4992634/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGgaga < 1:1690869/93‑1 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGgaga < 1:4792856/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGagag < 1:1029214/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCGTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAggg < 2:1565168/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAggg > 2:1382676/1‑93 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAggg < 1:694982/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAggg > 2:4540992/1‑93 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAggg < 2:222001/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAggg < 2:3469728/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 1:3977254/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt > 1:864587/1‑93 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 1:2686550/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:2127416/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:244854/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 1:5617416/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:3921723/93‑1 (MQ=255) agcGGGTGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTG‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGCGAGGGTCg < 2:6143359/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 2:1701966/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 2:4418958/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:4325840/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 1:4290031/93‑1 (MQ=255) cGGGGTGTATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCCCCTTTTTCCC‑CCTCCC‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:2835519/93‑1 (MQ=255) cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 1:3855993/93‑1 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTTCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTGCCAGGGAGAGGGTCgggg < 1:1958197/93‑1 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:3024833/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 2:6301665/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 2:4584556/1‑93 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt < 1:3672289/93‑1 (MQ=255) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTg > 2:5154949/1‑93 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTgg > 2:1278248/1‑92 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 1:2006319/1‑93 (MQ=255) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTTCAGGGAGAGGGTCGGGGTGCggg > 2:531946/1‑93 (MQ=37) aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGt > 2:3066539/1‑93 (MQ=38) tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgggga > 1:2172418/1‑91 (MQ=38) ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttt > 2:3912757/1‑93 (MQ=38) tAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTc > 1:1447039/1‑93 (MQ=38) aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 2:1300523/1‑93 (MQ=38) aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCg > 2:4208573/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:1821739/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:4807411/1‑93 (MQ=38) gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 2:5668892/1‑93 (MQ=38) cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:5407039/1‑93 (MQ=38) 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tttt‑CTCCCT‑CTCCCTTCCATTGAGAGGGACGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCCAAACCTAAACCCCTCCCCa > 2:4155604/1‑93 (MQ=12) tttt‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTTCCCCCCCCCTCACCCTCTccccc > 1:5676411/1‑92 (MQ=18) tttt‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCa > 2:3169516/1‑93 (MQ=17) tttt‑CTCCCT‑CTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCCCTCCCCa > 1:467469/1‑93 (MQ=18) tctccct‑ctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCCCACCCTAACCCTCTCCCCCAAc > 1:5057648/5‑93 (MQ=18) tccct‑ctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCCCACCCTCTCCCCCAAccg > 2:5149156/3‑91 (MQ=18) | ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTT‑CT‑CCT‑CT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGG > NC_000913/3237156‑3237330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |