Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 4,091,572 | 3461 bp→GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG | [rhaD]–rhaB | [rhaD], rhaA, rhaB |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 4091572 | 4095032 | 3461 | 210 [0] | [0] 242 | [rhaD]–rhaB | [rhaD],rhaA,rhaB |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4091571 | 0 (0.000) | 143 (0.860) +GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG |
80/126 | 0.6 | 100% | coding (283/825 nt) | rhaD | rhamnulose‑phosphate aldolase |
? | NC_000913 | 4095033 = | 0 (0.000) | intergenic (‑4/‑284) | rhaB/rhaS | rhamnulokinase/RhaS |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGTGACAATAAACGGTGTATTTGCCAGTA > NC_000913/4091479‑4091663 | gTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAc < 1:1129382/93‑1 (MQ=255) gTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAc < 2:5892278/93‑1 (MQ=255) tGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAAGCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACg > 1:4136671‑M1/1‑92 (MQ=255) tGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACg > 1:4615272‑M1/1‑92 (MQ=255) gggAAAGGAAGTGAGCCGGTAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGGCGCTGTGGACgg > 2:4876176‑M1/1‑91 (MQ=255) gggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgc > 2:4215684‑M1/1‑91 (MQ=255) gggAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCACAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgc < 1:5700604‑M1/93‑3 (MQ=255) gAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcat > 2:374480‑M1/1‑89 (MQ=255) gAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcat > 1:5415552‑M1/1‑89 (MQ=255) aaaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatg < 1:4632652‑M1/93‑6 (MQ=255) aaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgc > 2:5779150‑M1/1‑87 (MQ=255) aaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgc < 2:4075024‑M1/93‑7 (MQ=255) aaGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgc > 1:1968052‑M1/1‑87 (MQ=255) aGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcg > 2:2697547‑M1/1‑86 (MQ=255) ggAAGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcgg < 2:6125484‑M1/93‑9 (MQ=255) aaGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggat < 1:2475051‑M1/93‑11 (MQ=255) aGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAACGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatc < 1:3373298‑M1/93‑12 (MQ=255) aGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatc > 1:1562527‑M1/1‑82 (MQ=255) aGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatc > 2:2759318‑M1/1‑82 (MQ=255) aGTGAGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatc < 1:359057‑M1/93‑12 (MQ=255) aGCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctct > 2:2891757‑M1/1‑78 (MQ=255) gCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctcta < 2:1080729‑M1/93‑17 (MQ=255) gCCGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctcta > 1:478372‑M1/1‑77 (MQ=255) cGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctaga < 2:1426198‑M1/93‑19 (MQ=255) gAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagt > 2:5321063‑M1/1‑73 (MQ=255) gAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagt > 1:4150936‑M1/1‑73 (MQ=255) gTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcga > 1:1042140‑M1/1‑70 (MQ=255) ttCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgac < 1:3157144‑M1/93‑25 (MQ=255) ggAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacata > 1:2648051‑M1/1‑66 (MQ=255) gAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatat < 1:1363515‑M1/93‑29 (MQ=255) gTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggt < 2:1829139‑M1/93‑32 (MQ=255) ggggACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtga < 2:2730127‑M1/93‑34 (MQ=255) gggACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgat < 2:5271758‑M1/93‑35 (MQ=255) gggACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgat > 2:5419643‑M1/1‑59 (MQ=255) ggACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatc > 2:4309716‑M1/1‑58 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcc < 1:3769054‑M1/93‑37 (MQ=255) gACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcc > 1:3059679‑M1/1‑57 (MQ=255) aCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcct > 1:1095956‑M1/1‑56 (MQ=255) cGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctg > 2:2595130‑M1/1‑55 (MQ=255) ggCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgc > 1:6069370‑M1/1‑54 (MQ=255) cTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctg > 2:1744275‑M1/1‑52 (MQ=255) cTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctg > 1:927904‑M1/1‑52 (MQ=255) gTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatt > 1:5795332‑M1/1‑48 (MQ=255) ttGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaattt < 1:2702509‑M1/93‑47 (MQ=255) tGGTTAACCCGCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttc < 2:758595‑M1/93‑48 (MQ=255) tGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttc < 2:1312079‑M1/93‑48 (MQ=255) ggTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttca < 1:3457413‑M1/93‑49 (MQ=255) ttAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatt < 2:3040227‑M1/93‑51 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatta < 2:878222‑M1/93‑52 (MQ=255) tAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcatta < 2:3434635‑M1/93‑52 (MQ=255) aCCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacg > 1:1168025‑M1/1‑40 (MQ=255) cccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacga < 2:4539391‑M1/93‑55 (MQ=255) ccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgac > 1:163483‑M1/1‑38 (MQ=255) ccccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgac > 1:4739330‑M1/1‑38 (MQ=255) ccccAAAGAATGGGGTAGCCCGCGCCGGCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgac < 2:571142‑M1/93‑56 (MQ=255) ccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca < 1:319348‑M1/93‑58 (MQ=255) ccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgacca < 1:4413374‑M1/93‑58 (MQ=255) ccAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggggatcctgctgaatttcattacgacca > 1:4348923‑M1/1‑36 (MQ=255) cAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag > 1:628886‑M1/1‑35 (MQ=255) cAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccag > 2:4054237‑M1/1‑35 (MQ=255) aaGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtc < 2:4770140‑M1/93‑61 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta > 1:5233625‑M1/1‑31 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta < 1:3902082‑M1/93‑63 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta > 2:2462168‑M1/1‑31 (MQ=255) gAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagacta < 2:3911251‑M1/93‑63 (MQ=255) gAATGTGGGAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtcta < 2:3075738‑M1/93‑63 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacggccagtctaa < 2:4760530‑M1/93‑64 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaa > 2:4230401‑M1/1‑30 (MQ=255) aaTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaa > 1:2821241‑M1/1‑30 (MQ=255) aTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaa > 2:2122623‑M1/1‑29 (MQ=255) tgtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaa > 1:693172‑M1/1‑28 (MQ=255) tgtgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaa > 1:3798834‑M1/1‑28 (MQ=255) tgGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaag < 1:5505077‑M1/93‑68 (MQ=255) ggTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagc < 1:5646050‑M1/93‑69 (MQ=255) ggTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagc < 2:4911120‑M1/93‑69 (MQ=255) accccgcGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcc < 1:1607866‑M1/91‑72 (MQ=255) aGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcc < 2:2350156‑M1/93‑72 (MQ=255) aGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcc < 2:2268988‑M1/93‑72 (MQ=255) 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cGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaactcgc < 2:2044761‑M1/93‑81 (MQ=255) tCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgc > 2:3519912‑M1/1‑11 (MQ=255) tCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcga > 2:1969281‑M1/1‑11 (MQ=255) tCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcga > 1:1250974‑M1/1‑11 (MQ=255) tCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcga > 2:1594860‑M1/1‑11 (MQ=255) cGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgac > 2:1273913‑M1/1‑10 (MQ=255) gCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgaattcgcgacc > 1:5944320‑M1/1‑9 (MQ=255) cTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgaccagtctaaaaagcgcctgcattcgcgacct > 1:2758633‑M1/1‑8 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |