Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,472,167 | A→C | V8G (GTA→GGA) | rpsL ← | 30S ribosomal subunit protein S12 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,472,167 | 0 | A | C | 99.7% | 914.7 / NA | 284 | V8G (GTA→GGA) | rpsL | 30S ribosomal subunit protein S12 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (119/164); minor base G (1/0); total (120/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGG > NC_000913/3472077‑3472256 | ataCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCa < 2:5039680/93‑1 (MQ=255) ataCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCa < 2:1660165/93‑1 (MQ=255) taCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAg > 1:2669255/1‑93 (MQ=255) taCACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAg < 1:5489410/93‑1 (MQ=255) acacGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGc < 2:2948167/93‑1 (MQ=255) cacGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCt < 1:4844015/93‑1 (MQ=255) cacGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCt < 2:3362692/93‑1 (MQ=255) cacGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCt < 2:4046396/93‑1 (MQ=255) acGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTg > 2:2788549/1‑93 (MQ=255) acGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTg < 1:4909721/93‑1 (MQ=255) acGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTg > 1:647906/1‑93 (MQ=255) cGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTgg < 1:2351068/93‑1 (MQ=255) gAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGt > 2:2345048/1‑93 (MQ=255) aGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGtt < 2:5244065/93‑1 (MQ=255) aGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGtt > 2:3176130/1‑93 (MQ=255) tACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTaa > 1:4134720/1‑93 (MQ=255) cATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACt < 1:3195525/93‑1 (MQ=255) gCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGc > 1:2109600/1‑93 (MQ=255) cACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCa < 2:5601782/93‑1 (MQ=255) cACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCa < 1:4720244/93‑1 (MQ=255) cGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCAtt < 2:2173074/93‑1 (MQ=255) tttttGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTaa < 1:4504560/93‑1 (MQ=255) tttttGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTaa < 2:4549241/93‑1 (MQ=255) ttttGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTaaa < 1:780203/93‑1 (MQ=255) tttGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAAt < 2:1497973/93‑1 (MQ=255) tttGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAAt < 2:6009615/93‑1 (MQ=255) tttGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAAt < 1:2284717/93‑1 (MQ=255) gCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGc < 1:2445041/93‑1 (MQ=255) cGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCt < 2:3451702/93‑1 (MQ=255) cGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCt < 1:2704176/93‑1 (MQ=255) cGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCt < 2:3925878/93‑1 (MQ=255) ggCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTcc < 2:4119592/93‑1 (MQ=255) ggCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTcc < 1:5657683/93‑1 (MQ=255) gCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCt < 1:1542181/93‑1 (MQ=255) gCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCt < 2:2108593/93‑1 (MQ=255) gCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCt < 1:2728693/93‑1 (MQ=255) cATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGTCATTAAATAGCTCCTg > 2:1353552/1‑93 (MQ=255) aTGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTgg > 2:5412527/1‑93 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGt > 1:3528750/1‑93 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGt > 1:5369041/1‑93 (MQ=255) tGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGt > 2:5763154/1‑93 (MQ=255) cTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGttt < 2:4493813/93‑1 (MQ=255) cTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGttt < 1:1938492/93‑1 (MQ=255) ttacAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTACCTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGtttt < 2:1113709/90‑1 (MQ=255) ccAGCGCGGGCGCGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTACCTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAg < 1:1356553/93‑1 (MQ=255) ccAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAg < 2:4225632/93‑1 (MQ=255) 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ggCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCt > 1:925898/1‑93 (MQ=255) ggCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCt > 1:5992414/1‑93 (MQ=255) ggCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCt > 2:1805454/1‑93 (MQ=255) cACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTc < 2:4807489/93‑1 (MQ=255) cACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTc < 1:4947177/93‑1 (MQ=255) gTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCTTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTa < 1:2508993/93‑1 (MQ=255) ttGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTaa > 1:295757/1‑93 (MQ=255) tGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTaaa > 1:2631229/1‑93 (MQ=255) gCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAac > 1:5115816/1‑93 (MQ=255) cTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAaca < 1:1408757/93‑1 (MQ=255) ttttCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAacac < 2:5637106/93‑1 (MQ=255) ttttCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAacac > 1:1148302/1‑93 (MQ=255) ttttCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAaaac > 1:11858/1‑93 (MQ=255) ttCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGt < 2:2541471/93‑1 (MQ=255) ttCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGt < 2:1595287/93‑1 (MQ=255) ttCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGt < 2:5951120/93‑1 (MQ=255) 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gAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCt < 2:3544205/93‑1 (MQ=255) gAGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCt > 1:610422/1‑93 (MQ=255) aGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTc < 1:1100718/93‑1 (MQ=255) aGCACGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTACTc > 1:3736640/1‑93 (MQ=255) cGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcacac > 2:3851035/1‑93 (MQ=255) cGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcacac < 1:4997622/93‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcacac > 1:3639705/1‑93 (MQ=255) cGTGGTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTcacac > 1:899346/1‑93 (MQ=255) gTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAata < 1:3159503/93‑1 (MQ=255) gTTTGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAata < 2:6142514/93‑1 (MQ=255) tttGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAatat < 2:1963248/93‑1 (MQ=255) tttGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAatat > 1:5853899/1‑93 (MQ=255) tttGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAatat > 2:3309677/1‑93 (MQ=255) ttGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATg < 2:550292/93‑1 (MQ=255) tGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGa < 2:2425217/93‑1 (MQ=255) tGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGa < 2:4377944/93‑1 (MQ=255) tGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGa < 1:4677123/93‑1 (MQ=255) tGCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGa < 2:3758736/93‑1 (MQ=255) gCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAg < 1:767989/93‑1 (MQ=255) gCGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAg > 2:806214/1‑93 (MQ=255) cGTCCCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAgg < 2:4927026/93‑1 (MQ=255) cGTCCCAGCGGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAgg < 1:1617098/93‑1 (MQ=255) | TATACACGAGTACATACGCCACGTTTTTGCGGGCATGCTTCCAGCGCAGGCACGTTGCTTTTCGCAACTTTGCGAGCACGTGGTTTGCGTACCAGCTGGTTAACTGTTGCCATTAAATAGCTCCTGGTTTTAGCTTTTGCTTCGTAAACACGTAATAAAACGTCCTCACACAATATGAGG > NC_000913/3472077‑3472256 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |