Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,917,524 | G→A | R170C (CGC→TGC) | atpH ← | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, delta‑subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,917,524 | 0 | G | A | 99.6% | 990.3 / ‑5.6 | 273 | R170C (CGC→TGC) | atpH | membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, delta‑subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (131/141); total (131/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GAGCAATGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGATTTTGCAAT > NC_000913/3917434‑3917613 | gAGCAATGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACt > 1:3181174/1‑93 (MQ=255) aGCAATGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTc > 1:1043443/1‑93 (MQ=255) aGCAATGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTc < 1:5074672/93‑1 (MQ=255) aaTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAg > 2:4303826/1‑93 (MQ=255) aTGCGCTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAga < 2:4296862/93‑1 (MQ=255) cgcTGCTTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacga < 2:1071610/93‑1 (MQ=255) gctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAgacgac < 2:3014535/93‑1 (MQ=255) ctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGAcc < 2:3496125/93‑1 (MQ=255) ctgctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGAcc < 1:4384207/93‑1 (MQ=255) gctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcgc > 2:5376391/1‑93 (MQ=255) gctTGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACcgc > 1:24348/1‑93 (MQ=255) ttGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGt > 2:1272130/1‑93 (MQ=255) tGATCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTa < 1:2563796/93‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTAcc > 2:3281590/1‑92 (MQ=255) aTCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACg < 2:4837912/93‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGCTGATATCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACg > 2:3848821/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGc < 1:2122522/93‑1 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGc < 2:424738/93‑1 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGc > 2:2160209/1‑93 (MQ=255) tCAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGc > 1:6067748/1‑93 (MQ=255) cAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCGAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCt > 1:2573809/1‑93 (MQ=255) cAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCt < 2:2147326/93‑1 (MQ=255) cAGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCt < 2:372239/93‑1 (MQ=255) aGTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGTCTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTg > 1:3610783/1‑93 (MQ=255) gTTCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGc > 1:3984645/1‑93 (MQ=255) ttCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGcc > 2:2823636/1‑93 (MQ=255) ttCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGcc > 2:1383349/1‑93 (MQ=255) ttCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGcc < 1:1529323/93‑1 (MQ=255) tCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCa < 2:6111585/93‑1 (MQ=255) tCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCa < 2:4453860/93‑1 (MQ=255) tCGCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCa < 2:5515546/93‑1 (MQ=255) gCTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGCCCCCTTAAAATAGCAAACCGCCTGCAAGGAAATCAAGACGCCGCCGTACGCGGCCAta > 2:2948806/1‑92 (MQ=255) ccTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATc < 1:1541822/92‑1 (MQ=255) cTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCa < 2:3218387/93‑1 (MQ=255) cTGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCa > 2:1489625/1‑93 (MQ=255) tGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa > 2:850131/1‑93 (MQ=255) tGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa > 2:4084574/1‑93 (MQ=255) tGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa > 2:1317457/1‑93 (MQ=255) tGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa < 1:3914382/93‑1 (MQ=255) tGATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCaa < 1:3427774/93‑1 (MQ=255) gATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAAt < 2:2764555/93‑1 (MQ=255) gATTTCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAAt > 2:5056599/1‑93 (MQ=255) tttCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGa > 1:1869049/1‑93 (MQ=255) tttCGGTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGa < 1:1041672/93‑1 (MQ=255) gTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCata > 1:5939924/1‑93 (MQ=255) gTGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCata > 1:9634/1‑93 (MQ=255) tGGAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCatat < 2:1960215/93‑1 (MQ=255) gAATTCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCa < 2:1631428/93‑1 (MQ=255) tCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCg < 2:6201612/93‑1 (MQ=255) tCAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCg > 2:5841118/1‑93 (MQ=255) cAGTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGc < 2:173240/93‑1 (MQ=255) gTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTc > 2:382974/1‑93 (MQ=255) gTTGCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTc < 1:2067438/93‑1 (MQ=255) gCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGga > 2:5136352/1‑93 (MQ=255) gCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGga < 1:533274/93‑1 (MQ=255) gCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGga > 1:5882932/1‑93 (MQ=255) gCATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGga < 1:274351/93‑1 (MQ=255) cATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgat < 2:2114704/93‑1 (MQ=255) cATGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgat < 2:5600642/93‑1 (MQ=255) tGCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgatga < 1:328624/93‑1 (MQ=255) gCTCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGgatgat < 2:1897689/93‑1 (MQ=255) cgccAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCGCTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATa < 1:6281942/91‑1 (MQ=255) tCCAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATaa > 1:2375367/1‑93 (MQ=255) ccAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAAc < 2:5276580/93‑1 (MQ=255) ccAGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAAc > 1:3441081/1‑93 (MQ=255) aGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGc < 1:3088229/93‑1 (MQ=255) aGTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGc > 2:3286606/1‑93 (MQ=255) gTCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGcc > 1:5834497/1‑93 (MQ=255) tCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCt > 1:4054959/1‑93 (MQ=255) tCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCt < 2:6040256/93‑1 (MQ=255) tCCCCTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCt > 1:3940524/1‑93 (MQ=255) ccccTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTg < 1:1783013/93‑1 (MQ=255) cccTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGc > 2:4754829/1‑93 (MQ=255) cTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCa > 2:6237890/1‑93 (MQ=255) cTTAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATAAATGACCATATAACCAGCTCGGATGATAACGCCTGCCa > 1:1111870/1‑93 (MQ=255) ttAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAt < 1:1658051/93‑1 (MQ=255) ttAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAt < 1:1296494/93‑1 (MQ=255) ttAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAt > 1:4227970/1‑93 (MQ=255) tAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAtt < 2:4607636/93‑1 (MQ=255) tAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAtt < 1:5485659/93‑1 (MQ=255) tAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAtt < 1:480219/93‑1 (MQ=255) tAAGACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCAtt > 1:4863192/1‑93 (MQ=255) gACTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACa < 2:5740972/93‑1 (MQ=255) aCTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAg < 1:2669190/93‑1 (MQ=255) cTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGa < 1:3238527/93‑1 (MQ=255) cTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGa < 2:1349787/93‑1 (MQ=255) cTGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGa < 2:5435682/93‑1 (MQ=255) tGCAAGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGAc > 1:4394193/1‑93 (MQ=255) cgCAAGACGTCGGCAAGCCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGAc < 2:93057/92‑1 (MQ=255) aaGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTa < 2:2037552/93‑1 (MQ=255) aaGACGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTa < 1:495109/93‑1 (MQ=255) aCGTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCg < 1:5721155/93‑1 (MQ=255) cGTCTGCAAGGCACTCAAGCCGACCGCGTACGCTGCCTTCAATGCCCTTATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGa < 1:6300943/93‑1 (MQ=255) gTCTGCAAGGCACTCAAGACGACCGCGTACGCTGCCATCAATGACCATATCACCCGCTCGGATGATAACGCCTGCCATTACAGACTTATCGAt > 2:4034954/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |