| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,933,993 | G→A | A30A (GCG→GCA) | rbsB → | D‑ribose periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,933,993 | 0 | G | A | 99.6% | 948.8 / NA | 258 | A30A (GCG→GCA) | rbsB | D‑ribose periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (140/116); minor base C (1/0); total (141/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGG > NC_000913/3933903‑3934081 | atGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACtg < 1:2796999/93‑1 (MQ=255) tGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACtgg < 2:5885531/93‑1 (MQ=255) gAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACtggt < 2:3789251/93‑1 (MQ=255) gAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACtggt > 2:4439895/1‑93 (MQ=255) gAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACtggt < 2:252741/93‑1 (MQ=255) aaCATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACtggtg > 2:818589/1‑93 (MQ=255) aTGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGtc > 2:1991962/1‑93 (MQ=255) aaaaaaCAGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTcc < 2:242493/93‑1 (MQ=255) aaaaaCTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCa > 1:1695165/1‑93 (MQ=255) cTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCtt > 2:5764571/1‑93 (MQ=255) tGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTa > 2:4702945/1‑93 (MQ=255) tGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTa > 1:1036796/1‑93 (MQ=255) tGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTa > 1:3351132/1‑93 (MQ=255) tGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTa < 2:1747920/93‑1 (MQ=255) tGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGGGGTCTCCACGCTTa > 2:3750601/1‑93 (MQ=255) cTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaaca > 1:3831415/1‑93 (MQ=255) ttcccTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaacaa < 2:5180191/91‑1 (MQ=255) tACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaacaa > 2:5244287/1‑93 (MQ=255) tACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaacaa > 1:4140770/1‑93 (MQ=255) aCCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaacaac > 1:5010988/1‑93 (MQ=255) aCCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaacaac > 1:762313/1‑93 (MQ=255) aCCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTaacaac < 2:2948840/93‑1 (MQ=255) cccTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAAcc < 2:1420156/93‑1 (MQ=255) cccTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAAcc > 1:1781954/1‑93 (MQ=255) ccTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAAccc > 1:5106450/1‑93 (MQ=255) ccTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAAccc < 2:5749584/93‑1 (MQ=255) ccTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAAccc > 1:908655/1‑93 (MQ=255) tGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAAGCCGt > 2:4265734/1‑93 (MQ=255) tGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGt < 2:4951915/93‑1 (MQ=255) tGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGt > 1:1524935/1‑93 (MQ=255) tGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGt > 1:4620904/1‑93 (MQ=255) tGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGt < 2:4201995/93‑1 (MQ=255) ggTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGtt > 2:803937/1‑93 (MQ=255) gTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTc > 2:4716892/1‑93 (MQ=255) gTTTCCGCTGTGGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGGCGCCCCGCTTAACAACCCGTTc < 2:1770289/93‑1 (MQ=255) tttCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCt < 1:4017558/93‑1 (MQ=255) ttCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCtt > 1:181683/1‑93 (MQ=255) tCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCttt < 1:5854150/93‑1 (MQ=255) ccGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTg > 2:3489598/1‑93 (MQ=255) ccGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTg < 2:874806/93‑1 (MQ=255) gCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTa < 2:5720640/93‑1 (MQ=255) gCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTa < 2:1036796/93‑1 (MQ=255) gCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTa < 2:4861453/93‑1 (MQ=255) gCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTa > 2:2826973/1‑93 (MQ=255) cTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTAt < 2:404170/93‑1 (MQ=255) tGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATc < 1:5619856/93‑1 (MQ=255) tGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAATAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCt > 1:5198869/1‑93 (MQ=255) tGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCt < 1:1278504/93‑1 (MQ=255) tGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGAGAATGCGATGGCAAAAGTCACCATCGCAGTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCt < 2:2898528/93‑1 (MQ=255) cgcTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGa < 1:3101393/93‑1 (MQ=255) cgcTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGa < 2:4995795/93‑1 (MQ=255) tAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCCCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTTTATCGCTGaaac > 2:2035813/1‑92 (MQ=255) tAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAg > 1:4359168/1‑93 (MQ=255) tAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAg > 1:4554863/1‑93 (MQ=255) tAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAg > 2:2722483/1‑93 (MQ=255) tAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAg > 1:4111217/1‑93 (MQ=255) tAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAg > 1:3546135/1‑93 (MQ=255) aaGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGa < 2:1195049/93‑1 (MQ=255) aaGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGa < 1:6076873/93‑1 (MQ=255) gcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGgc > 2:1508117/1‑93 (MQ=255) gcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGgc > 2:4593466/1‑93 (MQ=255) gcCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCACCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGgc < 1:2495191/93‑1 (MQ=255) 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cAAAAGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTg < 1:2809764/93‑1 (MQ=255) aaaaGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTgg > 1:1919240/1‑93 (MQ=255) aaaGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGc > 2:2089005/1‑93 (MQ=255) aaaGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGc < 1:4560810/93‑1 (MQ=255) aaaGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGc < 2:2877875/93‑1 (MQ=255) aaGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCt < 1:3920553/93‑1 (MQ=255) aGACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCta > 1:2100029/1‑93 (MQ=255) gACACCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCtat < 2:3213731/93‑1 (MQ=255) cacCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGGGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTCTaa > 1:5964239/1‑93 (MQ=255) acCATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAAc < 1:2956263/93‑1 (MQ=255) ccATCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAAcc < 1:5325705/93‑1 (MQ=255) aTCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGATGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCtg < 2:441444/93‑1 (MQ=255) tCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCtgg < 2:2994683/93‑1 (MQ=255) tCGCACTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCtgg < 2:2298729/93‑1 (MQ=255) | TATGAACATGAAAAAACTGGCTACCCTGGTTTCCGCTGTTGCGCTAAGCGCCACCGTCAGTGCGAATGCGATGGCAAAAGACACCATCGCGCTGGTGGTCTCCACGCTTAACAACCCGTTCTTTGTATCGCTGAAAGATGGCGCGCAGAAAGAGGCGGATAAACTTGGCTATAACCTGG > NC_000913/3933903‑3934081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |