| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,934,461 | A→G | P186P (CCA→CCG) | rbsB → | D‑ribose periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,934,461 | 0 | A | G | 99.6% | 767.9 / ‑4.6 | 237 | P186P (CCA→CCG) | rbsB | D‑ribose periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (121/115); minor base T (0/1); total (121/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
CATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCAGCAGATTTTGATCGCATTAAAGGTTTGAACGTAATGCAGAACCTGTTGACCGCTCATCCGGATGTTCAGGCTGTATTCGCGCAGAATGA > NC_000913/3934371‑3934550 | cATTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCcagccagccggc < 1:2613394/93‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCcggca < 1:2567611/93‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCcggca < 1:275895/93‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCcggca < 2:1100749/93‑1 (MQ=255) ttGCTGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCcggcag > 2:874370/1‑93 (MQ=255) tGGTACATCCGCAGCCCGTGAACGTGGCGAAGGCTTCCAGCAGGCCGTTGCTGCTCACAAGTTTAATGTTCTTGCCAGCCAGCCGGCAGAttt > 1:4704072/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |