| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,969,429 | C→T | A186A (GCC→GCT) | wecC → | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,969,429 | 0 | C | T | 99.6% | 946.4 / ‑5.3 | 253 | A186A (GCC→GCT) | wecC | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (130/122); total (131/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TGCCCGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAA > NC_000913/3969340‑3969517 | tGCCCGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTcgc > 1:5563290/1‑93 (MQ=255)tGCCCGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTcgc < 1:4287254/93‑1 (MQ=255) ccGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGcc < 1:3731133/93‑1 (MQ=255) ccGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGcc < 1:3086165/93‑1 (MQ=255) cGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCa > 2:1335280/1‑93 (MQ=255) ggAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAg < 2:4790026/93‑1 (MQ=255) ggAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAg < 1:4848880/93‑1 (MQ=255) gAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGc > 2:3273034/1‑93 (MQ=255) aaCGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCg > 2:2092377/1‑93 (MQ=255) aCGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGa < 2:3647221/93‑1 (MQ=255) gcgTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAAc > 1:5820504/1‑93 (MQ=255) cgTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACt > 2:4267696/1‑93 (MQ=255) gtgtTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTg < 2:4906242/93‑1 (MQ=255) tgtTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGt < 1:1786146/93‑1 (MQ=255) gtTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTa > 2:5349151/1‑93 (MQ=255) ttACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTAc < 2:2463676/93‑1 (MQ=255) ttACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTAc > 2:1843468/1‑93 (MQ=255) tACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACa < 1:3520158/93‑1 (MQ=255) ccAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACaaa < 2:1245868/93‑1 (MQ=255) cAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACaaaa < 1:5401586/93‑1 (MQ=255) cAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACaaaa > 2:3795000/1‑93 (MQ=255) gACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAAttt > 1:1896407/1‑93 (MQ=255) 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tAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCg > 2:5466760/1‑93 (MQ=255) aTGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGaa < 1:2397277/93‑1 (MQ=255) aTGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGaa < 1:473388/93‑1 (MQ=255) aTGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGaa < 1:5951362/93‑1 (MQ=255) tGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAg < 2:3587706/93‑1 (MQ=255) tGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAg > 1:1223816/1‑93 (MQ=255) tGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAg < 2:570316/93‑1 (MQ=255) tgTCCAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAgg < 1:1679117/92‑1 (MQ=255) 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aaaaaCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTgtcgtc < 1:855373/93‑1 (MQ=255) aaaaaCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTgtcgtc < 1:3457919/93‑1 (MQ=255) aaaaCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCa > 2:2810093/1‑93 (MQ=255) aaaaCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCa > 1:3572767/1‑93 (MQ=255) aaaCGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTGCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCAc < 1:3236193/93‑1 (MQ=255) aaaCGATCGCGGGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCAc > 1:2453611/1‑93 (MQ=255) cGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGACGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTaa < 2:5993972/93‑1 (MQ=255) aTCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACt > 1:5420299/1‑93 (MQ=255) 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ttGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcgg > 1:3110698/1‑93 (MQ=255) ttGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcgg > 1:3997821/1‑93 (MQ=255) ttGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcgg > 2:3842406/1‑93 (MQ=255) tggtggTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcggc > 1:32239/1‑93 (MQ=255) tggtggTATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGAcggc < 2:2621242/93‑1 (MQ=255) tggtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGa > 1:4221239/1‑93 (MQ=255) gtATGACGCCGTTTTGTTCGGCTCGCGCAAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGGGTGTGTGGTCACTAACTCGCGGACGGCGGaaa < 2:693606/93‑1 (MQ=255) gtATGACGCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGaaa < 1:1108388/93‑1 (MQ=255) 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cGCCGGGTTGGTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGGGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTa < 2:1614117/93‑1 (MQ=255) gCCGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTaa < 2:2059293/93‑1 (MQ=255) ccGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAg > 2:3193021/1‑93 (MQ=255) cGGTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGc < 2:5775550/93‑1 (MQ=255) ggTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCt < 2:5918224/93‑1 (MQ=255) ggTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCt > 1:2921146/1‑93 (MQ=255) gTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTc > 1:448837/1‑93 (MQ=255) gTTTGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTc > 2:5580662/1‑93 (MQ=255) ttGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCAc < 2:101994/93‑1 (MQ=255) ttGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCAc < 1:4960132/93‑1 (MQ=255) ttGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCAc < 1:2010480/93‑1 (MQ=255) tGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCAcc > 1:6131343/1‑93 (MQ=255) tGTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCAcc > 2:5015825/1‑93 (MQ=255) gTTCGGCTCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCg > 1:5270891/1‑93 (MQ=255) | TGCCCGGAACGCGTGTTACCAGGACAGGTAATGGTCGAGCTGATTAAAAACGATCGCGTGATTGGTGGTATGACGCCGGTTTGTTCGGCCCGCGCCAGCGAACTGTACAAAATTTTCCTCGAAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAA > NC_000913/3969340‑3969517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |