| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,005,219 | T→C | V584A (GTT→GCT) | recQ → | ATP‑dependent DNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,005,219 | 0 | T | C | 99.6% | 802.7 / ‑5.6 | 248 | V584A (GTT→GCT) | recQ | ATP‑dependent DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (107/140); total (107/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CGCCGTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGTTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGGCGCTGATTCGTGCGCATGTTGATGGCGATGACGAAGAGTAGTCAGCAG > NC_000913/4005129‑4005308 | gccgTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTgg < 2:2248101/93‑1 (MQ=255) gccgTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTgg > 1:2960521/1‑93 (MQ=255) cgTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGa < 2:3651219/93‑1 (MQ=255) gTACGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGAt < 1:4258319/93‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATgcg > 1:4544824/1‑93 (MQ=255) gtggtgTTTAACGACGCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATgcgc > 2:1361869/1‑93 (MQ=255) 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gacgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGc > 2:5619233/1‑93 (MQ=255) acgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCt > 2:1444587/1‑93 (MQ=255) cgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCtt < 1:1973360/93‑1 (MQ=255) cgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCtt < 1:4809344/93‑1 (MQ=255) cgCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCtt > 2:1820217/1‑93 (MQ=255) gCAACCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCttt < 2:668009/93‑1 (MQ=255) aaCCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCGGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTgg < 2:5923282/93‑1 (MQ=255) aaCCTTGATTGAGATGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTgg > 1:5662317/1‑93 (MQ=255) 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gagaTGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGttt < 2:6000945/93‑1 (MQ=255) agaTGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTa < 2:3859729/93‑1 (MQ=255) gaTGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTAt > 2:2182224/1‑93 (MQ=255) gaTGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTAt > 1:865765/1‑93 (MQ=255) tGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATgg > 2:372961/1‑93 (MQ=255) tGGCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATgg > 1:3679439/1‑93 (MQ=255) ggCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGgc < 2:150168/93‑1 (MQ=255) ggCTGAACAGATGCCGATCACCGCCAGCGAAATGCTCAGCGTTAACGGCGCTGGGATGCGCAAGCTGGAACGCTTTGGCAAACCGTTTATGgc < 1:5256043/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |