| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,041,927 | A→G | Y50C (TAC→TGC) | b3861 → | putative GTP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,041,927 | 0 | A | G | 99.5% | 602.9 / ‑5.0 | 186 | Y50C (TAC→TGC) | b3861 | putative GTP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (101/84); total (102/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
ACATGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTACGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTCCCGTTTTCAAATGCAAATGACATTCGATAACGGTGCACCCG > NC_000913/4041839‑4042016 | acaTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGat < 2:432964/93‑1 (MQ=255) caTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGata > 1:6145881/1‑93 (MQ=255) caTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGata > 2:388164/1‑93 (MQ=255) caTGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGata > 2:5494793/1‑93 (MQ=255) tGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATg < 1:3523526/93‑1 (MQ=255) tGGTACACAGGTACGCAAATTCAGCCTGGTGTCGAAAAATTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATg > 1:4228665/1‑93 (MQ=255) 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aaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTa > 2:1658487/1‑93 (MQ=255) aaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTa > 2:1712156/1‑93 (MQ=255) aaTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGATATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTa > 2:4229565/1‑93 (MQ=255) aTTTATTAAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGTCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTaa > 1:4542884/1‑93 (MQ=255) tattaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTc > 1:1964844/1‑93 (MQ=255) tattaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGCCTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTc > 2:221373/1‑93 (MQ=255) tattaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGACTGCGATATGCCGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTc > 1:2008644/1‑93 (MQ=255) attaAAGATTTTAACGATGCTAAAAAGAAAGGTGAACATGACTGCGATATGACGTTAAGTTATCAAAATTTTGACAAAGGCTTTTTTAATTcc < 2:593431/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |