| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,030,592 | G→A | T17I (ACC→ATC) | yccA ← | putative carrier/transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,030,592 | 0 | G | A | 99.6% | 828.0 / ‑5.5 | 224 | T17I (ACC→ATC) | yccA | putative carrier/transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (124/99); total (125/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AGCATCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGGTGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCA > NC_000913/1030502‑1030681 | agcaTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATg > 1:5808620/1‑93 (MQ=255)agcaTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATg < 1:2016379/93‑1 (MQ=255) gcaTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGc > 2:641498/1‑93 (MQ=255) gcaTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGc < 2:3836780/93‑1 (MQ=255) gcaTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGc > 2:1867937/1‑93 (MQ=255) gcaTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGc > 1:2121843/1‑93 (MQ=255) aTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTa > 1:1030262/1‑93 (MQ=255) aTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTa > 2:4086123/1‑93 (MQ=255) aTCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTa > 1:652709/1‑93 (MQ=255) tCAGCANCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGNCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTaa > 1:1273842/1‑93 (MQ=255) tCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTaa > 2:5468788/1‑93 (MQ=255) tCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTaa > 1:2401304/1‑93 (MQ=255) tCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTaa > 2:2836725/1‑93 (MQ=255) gCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGATGCTAAGCa < 1:2360061/93‑1 (MQ=255) 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agcaCCTTATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGtaattaat > 1:5084820/1‑93 (MQ=255) caCCTTATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAattaatta < 2:1286562/93‑1 (MQ=255) aCCTTATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAAttaattaa > 1:4674092/1‑93 (MQ=255) aCCTTATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAAttaattaa > 2:553122/1‑93 (MQ=255) cTTATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagc < 2:1363958/93‑1 (MQ=255) ttATGGGTGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCGCTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagca < 2:4335117/93‑1 (MQ=255) ttATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagca < 2:5488188/93‑1 (MQ=255) ttATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagca < 2:5612850/93‑1 (MQ=255) tATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagcag > 1:2850501/1‑93 (MQ=255) tATGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagcag > 2:3121804/1‑93 (MQ=255) aTGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagcagc > 1:3936186/1‑93 (MQ=255) aTGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAagcagc < 2:5233108/93‑1 (MQ=255) tGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAgcagca < 1:3463397/93‑1 (MQ=255) tGGATGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCAATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAgcagca < 2:5161832/93‑1 (MQ=255) | AGCATCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGGTGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCA > NC_000913/1030502‑1030681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |