| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,568,848 | C→T | A408T (GCC→ACC) | gadB ← | glutamate decarboxylase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,568,848 | 0 | C | T | 99.1% | 257.2 / NA | 106 | A408T (GCC→ACC) | gadB | glutamate decarboxylase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (48/57); minor base G (1/0); total (49/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGCCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCTTTCAGTTTGAAGCAAA > NC_000913/1568799‑1568937 | aTAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCa < 1:3745284/93‑1 (MQ=14)aTAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCa < 2:4325957/93‑1 (MQ=14)aTAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCa > 2:1091086/1‑93 (MQ=14) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt < 2:4214298/93‑1 (MQ=17) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt < 1:392373/93‑1 (MQ=17) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt > 2:6022954/1‑93 (MQ=17) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt > 1:867317/1‑93 (MQ=17) tAATGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCAt < 1:5228686/93‑1 (MQ=17) aaTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGACCCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATa < 2:5133689/93‑1 (MQ=16) aTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATAc < 2:2584541/93‑1 (MQ=18) aTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATAc < 2:2273156/93‑1 (MQ=18) aTGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCACACAGGTCAtca > 2:5413339/1‑91 (MQ=11) tGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACa < 2:1392649/93‑1 (MQ=18) tGCGCATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACa < 1:5369304/93‑1 (MQ=18) gcgcATCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAg < 1:771345/93‑1 (MQ=21) 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tCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGgtgt < 2:5112338/93‑1 (MQ=18) tCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGgtgt > 1:2169197/1‑93 (MQ=18) tCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGgtgt < 2:1997908/93‑1 (MQ=21) tCACCACGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAAACTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGgtgt > 1:4087007/1‑93 (MQ=16) caccacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTa < 1:1146432/93‑1 (MQ=21) caccacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTa < 2:3800919/93‑1 (MQ=21) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 2:3407899/1‑93 (MQ=18) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt < 1:6095094/93‑1 (MQ=21) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 1:5344697/1‑93 (MQ=18) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 1:1632059/1‑93 (MQ=18) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 1:2126087/1‑93 (MQ=18) accacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTAt > 2:6021406/1‑93 (MQ=18) ccacGATGTGGGTGGCTTCCCCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATc < 2:3568992/93‑1 (MQ=255) ccacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATc < 2:2352023/93‑1 (MQ=21) cacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATcc > 2:2448546/1‑93 (MQ=18) cacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATcc > 1:5303501/1‑93 (MQ=18) cacGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATcc > 2:3127415/1‑93 (MQ=18) acGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc > 1:4898554/1‑93 (MQ=18) acGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc > 2:3294422/1‑93 (MQ=18) acGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc > 1:5525728/1‑93 (MQ=18) acGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATccc < 1:3195944/93‑1 (MQ=21) cGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCg < 2:5044685/93‑1 (MQ=21) cGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCg < 2:3456220/93‑1 (MQ=21) cGATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCg < 1:157328/93‑1 (MQ=21) gATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCgg > 2:1601642/1‑93 (MQ=18) gATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCgg > 1:1175445/1‑93 (MQ=18) gATGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCgg > 1:757492/1‑93 (MQ=18) aTGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGa > 2:1803380/1‑93 (MQ=18) aTGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGa > 1:2398465/1‑93 (MQ=18) tGTCGTGGGCTTCACCGCCTAGAGTGAAGGGCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTTAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCTGAt > 2:6188318/1‑93 (MQ=11) tGTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGAt < 2:6214660/93‑1 (MQ=18) gTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATc < 1:5444822/93‑1 (MQ=21) gTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATc < 1:5087684/93‑1 (MQ=21) gTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATc > 1:3479435/1‑93 (MQ=18) gTCGGTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATc < 1:1365568/93‑1 (MQ=21) ggTGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTc > 2:42668/1‑93 (MQ=18) tGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCAc > 2:4963439/1‑93 (MQ=18) tGGCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCAc < 2:1440028/93‑1 (MQ=21) ggCTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCAcc > 1:3398066/1‑93 (MQ=18) gCTTCCCCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCa < 2:1976863/93‑1 (MQ=255) cTTCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCAt < 1:5137615/93‑1 (MQ=21) ttCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATc > 2:721723/1‑93 (MQ=18) ttCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATc > 1:4530010/1‑93 (MQ=18) tCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCt > 1:3577079/1‑93 (MQ=18) tCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCt > 2:4829417/1‑93 (MQ=18) tCACCGCCGAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCt > 1:5188778/1‑93 (MQ=18) ccgccgAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCTTTc < 2:4503305/93‑1 (MQ=21) ccgccgAGAGTGAAGGTCGGAACCTGCCAGCCGCGCAGACGCAGACGTTCAGAGAGGTCATACAGGGTGTATCCCGGATCTTCACCATCTTTc < 1:1197236/93‑1 (MQ=18) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |