Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,977,687 | T→C | intergenic (‑448/‑90) | insA5 ← / → yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,977,687 | 0 | T | C | 99.4% | 575.5 / NA | 178 | intergenic (‑448/‑90) | insA5/yecG | IS1 protein InsA/putative regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (116/61); total (117/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
GTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTT > NC_000913/1977598‑1977776 | gTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCAcc < 2:1749817/93‑1 (MQ=255) gTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCAcc < 1:4227823/93‑1 (MQ=255) tACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCt > 2:1148688/1‑93 (MQ=255) tACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCt < 1:1732860/93‑1 (MQ=255) cTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGttt > 1:3419678/1‑93 (MQ=255) ttttCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGAc < 2:4594722/93‑1 (MQ=255) ttttCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGAc < 1:4985467/93‑1 (MQ=255) tttCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGAcc > 1:6158702/1‑93 (MQ=255) tttCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGCTTGAcc > 1:5758151/1‑93 (MQ=255) ttCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCg < 1:3188057/93‑1 (MQ=255) cTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAg > 1:1097535/1‑93 (MQ=255) tataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGtt > 2:639/1‑93 (MQ=255) ataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTg > 2:952651/1‑93 (MQ=255) ataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTg < 2:679163/93‑1 (MQ=255) ataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGGGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTg > 1:2872506/1‑93 (MQ=255) taATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTgg > 2:4501803/1‑93 (MQ=255) aaTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTggg > 1:552784/1‑93 (MQ=255) aaTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTggg > 1:609916/1‑93 (MQ=255) aaTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTggg > 1:2093776/1‑93 (MQ=255) aaTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTggg > 2:1541627/1‑93 (MQ=255) aTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTGGGa < 1:2323648/93‑1 (MQ=255) aTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTCACCTGTTTGACCGAGTTGGGa < 2:3806088/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |