| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,365,769 | T→C | C227R (TGC→CGC) | b2254 → | putative sugar transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,365,769 | 0 | T | C | 99.0% | 643.9 / NA | 201 | C227R (TGC→CGC) | b2254 | putative sugar transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (104/95); minor base A (2/0); total (106/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GAAATTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCTGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTGATT > NC_000913/2365679‑2365858 | aaTTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCt < 1:683899/93‑1 (MQ=255) aaTTCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCt < 1:3043486/93‑1 (MQ=255) tCCAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTAc < 2:3465724/93‑1 (MQ=255) cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca > 2:2954825/1‑93 (MQ=255) cAGTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACca > 1:499357/1‑93 (MQ=255) gTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACcaca > 2:308647/1‑93 (MQ=255) gTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACcaca > 2:240399/1‑93 (MQ=255) gTACATCATGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACcaca > 2:5782756/1‑93 (MQ=255) atcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgc < 2:663003/93‑1 (MQ=255) tcatGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgcc > 2:3944514/1‑93 (MQ=255) atGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAAcgccgc > 2:5277423/1‑93 (MQ=255) tGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCt > 1:3082684/1‑93 (MQ=255) tGCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCt < 1:778054/93‑1 (MQ=255) gCCGAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTa < 2:3877205/93‑1 (MQ=255) gAGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGt > 1:931800/1‑93 (MQ=255) aGCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTa < 2:1809160/93‑1 (MQ=255) gCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTAt > 2:4471607/1‑93 (MQ=255) gCGTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTAt > 2:1052553/1‑93 (MQ=255) gTGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGCATGc > 1:256720/1‑93 (MQ=255) tGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCt > 1:32526/1‑93 (MQ=255) tGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCt > 1:3646463/1‑93 (MQ=255) tGAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCt > 1:4424231/1‑93 (MQ=255) gAGTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTg > 1:1936190/1‑93 (MQ=255) gTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAg < 1:3185510/93‑1 (MQ=255) gTTTGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAg > 2:4994782/1‑93 (MQ=255) tttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGt < 1:1809874/93‑1 (MQ=255) tttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGt > 2:4268561/1‑93 (MQ=255) ttGGTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTc < 1:3713690/93‑1 (MQ=255) ggTGAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTg > 2:3676928/1‑93 (MQ=255) gAATCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTc < 1:2866812/93‑1 (MQ=255) aaTCTAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCg < 1:3856818/93‑1 (MQ=255) aaTCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCg > 1:2709746/1‑93 (MQ=255) tCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgc > 2:3850416/1‑93 (MQ=255) tCCAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgc > 2:1513906/1‑93 (MQ=255) ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgca > 2:3264106/1‑93 (MQ=255) ccAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTACTCCgca > 2:6240319/1‑93 (MQ=255) cAAATACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcag > 1:2441952/1‑93 (MQ=255) aaaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGTTGACCAGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcaga > 1:1620331/1‑92 (MQ=255) aaaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagc > 1:4796846/1‑93 (MQ=255) aaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagca > 2:1676309/1‑93 (MQ=255) aaTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCACCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGgcagca > 1:1262988/1‑93 (MQ=255) aTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCat < 1:3422788/93‑1 (MQ=255) aTACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCat < 2:103834/93‑1 (MQ=255) tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt < 1:4556911/93‑1 (MQ=255) tACAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatt < 1:3985149/93‑1 (MQ=255) aCAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatta < 2:870652/93‑1 (MQ=255) aCAGTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCatta > 2:1259295/1‑93 (MQ=255) gTTTTATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTg > 2:548968/1‑93 (MQ=255) ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc < 1:2087307/93‑1 (MQ=255) ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc < 1:3670001/93‑1 (MQ=255) ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc > 2:1985046/1‑93 (MQ=255) ttttATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGc < 2:2713665/93‑1 (MQ=255) tATGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGAt > 2:5700173/1‑93 (MQ=255) tGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTg < 1:5826743/93‑1 (MQ=255) tGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTg > 1:5889371/1‑93 (MQ=255) tGCGCCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTg < 2:5897749/93‑1 (MQ=255) gcgcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTgg < 1:566044/93‑1 (MQ=255) cgcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGa < 2:1428244/93‑1 (MQ=255) cgcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGa < 2:2013507/93‑1 (MQ=255) gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg > 1:4199564/1‑93 (MQ=255) gcCTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCAGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAg > 2:6218160/1‑93 (MQ=255) ccTGATTAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAgg > 1:4972387/1‑93 (MQ=255) 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ttAATTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTa < 2:4787916/93‑1 (MQ=255) ttAATTTGATGTACGACCTGGGGCCCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTa < 2:3396978/93‑1 (MQ=255) aaTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGc < 2:5131645/93‑1 (MQ=255) aTTTGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCa < 1:1687886/93‑1 (MQ=255) tttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAt < 1:616524/93‑1 (MQ=255) ttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt > 1:1155471/1‑93 (MQ=255) ttGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCAtt < 1:4349104/93‑1 (MQ=255) tGATGTACGACCTGGTGACCCGCCTTACCACAACGCCGCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTg < 2:4402398/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |