| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,403,767 | G→A | P299S (CCG→TCG) | lrhA ← | NADH dehydrogenase transcriptional regulator, LysR family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,403,767 | 0 | G | A | 99.5% | 794.8 / NA | 215 | P299S (CCG→TCG) | lrhA | NADH dehydrogenase transcriptional regulator, LysR family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (120/94); minor base T (1/0); total (121/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGAT > NC_000913/2403677‑2403856 | cTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAg > 2:1812144/1‑93 (MQ=255) tCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGc > 1:4828974/1‑93 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATTGTCCGACGATTACTCGATATTCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAATCAg > 2:1156914/1‑93 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAg < 2:3090488/93‑1 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAg > 1:4277138/1‑93 (MQ=255) gTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATACCCTTCCGAAGCAg > 1:65944/1‑93 (MQ=255) ttttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACa < 2:2693477/93‑1 (MQ=255) tttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACAt > 1:4387555/1‑93 (MQ=255) ttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACAtt > 1:1375349/1‑93 (MQ=255) ttACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACAtt < 2:2221031/93‑1 (MQ=255) tACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTg > 1:5693468/1‑93 (MQ=255) tACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTg < 1:3395578/93‑1 (MQ=255) cacTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTggg > 1:180285/1‑93 (MQ=255) acTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGc < 1:998658/93‑1 (MQ=255) acTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGc < 2:5621491/93‑1 (MQ=255) cTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCt > 2:4371178/1‑93 (MQ=255) aTTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGt < 1:3622149/93‑1 (MQ=255) ttGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTa > 2:2339100/1‑93 (MQ=255) tGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTAt < 1:3550463/93‑1 (MQ=255) tctcAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCAGAAGCAGACATTGGGCTGTATTg > 2:2078363/1‑93 (MQ=255) ctcAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGc < 2:6279926/93‑1 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGa < 2:4068808/93‑1 (MQ=255) aaTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGa < 2:4917568/93‑1 (MQ=255) aTTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGAt > 1:2525223/1‑93 (MQ=255) tatctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTa < 1:3157779/93‑1 (MQ=255) tatctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTa > 1:5134043/1‑93 (MQ=255) tatctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTa < 1:2666066/93‑1 (MQ=255) tctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATg < 1:6164298/93‑1 (MQ=255) tctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATg < 2:3863890/93‑1 (MQ=255) tctatcGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATg > 2:1751470/1‑93 (MQ=255) 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cccTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGa > 2:3529334/1‑93 (MQ=255) ccTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc < 2:2641507/93‑1 (MQ=255) ccTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGAc > 1:2315040/1‑93 (MQ=255) cTTCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACg > 2:6176637/1‑93 (MQ=255) tCCGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGa < 1:2641069/93‑1 (MQ=255) ccGAAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGAt < 2:705650/93‑1 (MQ=255) | CTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGAT > NC_000913/2403677‑2403856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |