| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,603,370 | T→C | Y180Y (TAT→TAC) | hyfD → | hydrogenase 4 membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,603,370 | 0 | T | C | 98.7% | 464.2 / NA | 152 | Y180Y (TAT→TAC) | hyfD | hydrogenase 4 membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (60/90); minor base A (2/0); total (62/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GGCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTATCTTGCCGCCGCCACGCTGTTTTTGCAGACCGGAACGTTTGCGCTTAGCGCGATGAGCGAGTTACACGGCGACGCACGTTATCTGGTTTA > NC_000913/2603280‑2603459 | gCGTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGGTGTACCtt > 1:4319415/1‑93 (MQ=255) gTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTTGGGGTGTATCCTgc > 2:5352879/1‑93 (MQ=255) gTTGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGGTGGGGGTGGACCTTgc > 2:6037806/1‑93 (MQ=255) ttGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTACCTTgcc > 2:3338299/1‑93 (MQ=255) ttGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGGTGGACCTTgtc > 2:2332758/1‑91 (MQ=255) tGATCAGTTATTACCAGAGCGATAAAGCGCAGCGTTCAGCACTAAAAGCGTTACTTATCACTCATATCGGCTCGTTGGGGTTGTACCTTgccg > 2:1905374/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |