| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 316,730 | C→T | intergenic (‑337/+220) | ykgA ← / ← ykgB | putative ARAC‑type regulatory protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 316,730 | 0 | C | T | 99.6% | 962.9 / NA | 258 | intergenic (‑337/+220) | ykgA/ykgB | putative ARAC‑type regulatory protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (135/122); minor base A (1/0); total (136/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACG > NC_000913/316640‑316818 | tGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGGTGGTa > 1:3934586/1‑93 (MQ=255) gCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTaa < 1:3179745/93‑1 (MQ=255) gATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAAc > 2:2754979/1‑93 (MQ=255) gATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAAc < 2:1509091/93‑1 (MQ=255) tGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACAt < 1:2902600/93‑1 (MQ=255) tGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACAt > 2:282147/1‑93 (MQ=255) 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aTCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGaa < 2:1996893/93‑1 (MQ=255) gATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAAttt > 1:3762857/1‑93 (MQ=255) gATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAAttt > 2:5153437/1‑93 (MQ=255) aTTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTg < 2:3621511/93‑1 (MQ=255) ttCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGtt < 2:3475400/93‑1 (MQ=255) ttCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGtt < 1:3418683/93‑1 (MQ=255) tctcACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTc > 1:2635969/1‑93 (MQ=255) tctcACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTAGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTc > 2:6192623/1‑93 (MQ=255) tcACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGt > 2:3261274/1‑93 (MQ=255) tcACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGt < 1:3341203/93‑1 (MQ=255) tcACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGt > 1:6259480/1‑93 (MQ=255) cTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGt < 2:1582928/93‑1 (MQ=255) tGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGtt > 2:5938755/1‑93 (MQ=255) gACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTg < 1:1039546/93‑1 (MQ=255) aCAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGt < 2:298930/93‑1 (MQ=255) cAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTc > 2:4815860/1‑93 (MQ=255) 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caAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAt < 2:6067646/93‑1 (MQ=255) caAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAt < 1:4415852/93‑1 (MQ=255) aaaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtg > 2:3292856/1‑93 (MQ=255) aaTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtga > 2:2324858/1‑93 (MQ=255) aTTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgat > 2:5885198/1‑93 (MQ=255) tAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACAtgattg > 2:4337640/1‑93 (MQ=255) ttCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 1:3731354/93‑1 (MQ=255) ttCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGata < 1:4018171/93‑1 (MQ=255) 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tGGGGAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTaa > 2:707058/1‑93 (MQ=255) gggAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAga < 2:5567267/93‑1 (MQ=255) gggAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAga < 1:5823787/93‑1 (MQ=255) gggAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAga < 1:1388091/93‑1 (MQ=255) ggAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAgac < 1:3659444/93‑1 (MQ=255) ggAGTTGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAgac < 2:3928138/93‑1 (MQ=255) | ATTGCAGATGCCCATCAAAAATCGATTTCTCACTGACAGATAAAGAAATGGCACAAATTAGTTCGCTTGATTTGGGTTATGTTGGGGAGTCGGTAAAACATTTTAATCCTGAATTTGTTCGTGGTTGTCTTGCTGTAAAAATACATGATTGATATTAATCATGTATTTTACCTAAGACG > NC_000913/316640‑316818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |