| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,093,861 | T→C | L8P (CTT→CCT) | yggT → | putative resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,093,861 | 0 | T | C | 99.6% | 834.4 / NA | 256 | L8P (CTT→CCT) | yggT | putative resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (133/122); total (133/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TGGTTCGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCTTTCAACGGTCATTGAGCTGTATACCATGGTGCTGTTATTACGCATCTGGATGCAGTGGGCTCATTGTGATTTTTACAACCCCTTCTCAC > NC_000913/3093769‑3093950 | tGGTTCGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCAATAAATACGTTGATTTTCTTGCt > 1:2151940/1‑93 (MQ=255) gTTCGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCctt > 1:3645596/1‑93 (MQ=255) ttCGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTc > 1:3775772/1‑93 (MQ=255) cGTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCaa < 1:5034961/93‑1 (MQ=255) gTATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAAc > 2:2457820/1‑93 (MQ=255) tATCGGCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACg < 1:3391801/93‑1 (MQ=255) 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gCACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCAt < 1:5001573/93‑1 (MQ=255) cACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCAtt > 2:290857/1‑93 (MQ=255) cACTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCAtt > 2:2153590/1‑93 (MQ=255) aCTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCATTg > 1:6155376/1‑93 (MQ=255) aCTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCATTg < 1:2566105/93‑1 (MQ=255) aCTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCATTg < 2:4816636/93‑1 (MQ=255) cTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCATTGa < 2:1197683/93‑1 (MQ=255) cTGCAATTTTTGGTGCGCGTGATTACTCTAAAAAATAAGGAATTAAAGGAACGCCATGAATACGTTGACTTTCCTGCCTTCAACGGTCATTGa > 2:4975837/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |