| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 367,140 | C→T | A207T (GCC→ACC) | mhpR ← | transcriptional regulator for mhp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 367,140 | 0 | C | T | 96.2% | 763.2 / NA | 237 | A207T (GCC→ACC) | mhpR | transcriptional regulator for mhp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (90/136); minor base G (9/0); total (101/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGCTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTC > NC_000913/367050‑367229 | gcccGTATCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTCCCAGTTGATATTCATCACCGGGGCGGGAGGTTa < 2:547889/91‑1 (MQ=255)gTCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTa > 1:2276584/1‑93 (MQ=255) tCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTaa > 1:101160/1‑93 (MQ=255) tCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTaa < 2:5816852/93‑1 (MQ=255) tCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTaa < 2:573007/93‑1 (MQ=255) ccGTACCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAAc < 2:789103/93‑1 (MQ=255) ccGTAACCCTCTGTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAAc < 1:3498042/93‑1 (MQ=255) cGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACa < 1:6237657/93‑1 (MQ=255) cGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACa < 1:550103/93‑1 (MQ=255) gTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACAt > 1:1055012/1‑93 (MQ=255) aaCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACAttt < 2:1150584/93‑1 (MQ=255) aCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGGGGGTAACATTTc > 1:2176572/1‑93 (MQ=255) aCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTc < 2:1210193/93‑1 (MQ=255) aCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTc > 2:1012913/1‑93 (MQ=255) ccTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGa < 2:1378826/93‑1 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAt > 2:2604609/1‑93 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAt > 2:4911327/1‑93 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAt < 1:5945834/93‑1 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAt < 1:4134497/93‑1 (MQ=255) tctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAtt < 2:3191716/93‑1 (MQ=255) ctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTa > 1:3740900/1‑93 (MQ=255) tttGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTaa > 1:739899/1‑93 (MQ=255) tttGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTaa < 2:1805163/93‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAAt < 2:3514173/93‑1 (MQ=255) tGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAAtt > 1:3728810/1‑93 (MQ=255) gcgcgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTc > 2:565062/1‑93 (MQ=255) cgcgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTcc < 2:46317/93‑1 (MQ=255) cgcgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTcc < 2:2364163/93‑1 (MQ=255) gcgcgcgctcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCt < 1:4084034/93‑1 (MQ=255) gcgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCt < 1:4215424/93‑1 (MQ=255) gcgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCt < 1:2080223/93‑1 (MQ=255) cgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCtt > 1:2162129/1‑93 (MQ=255) cgcgcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCtt < 2:5046059/93‑1 (MQ=255) gcgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCg < 2:3314604/93‑1 (MQ=255) cgcgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCgg < 2:1845987/93‑1 (MQ=255) gcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCt > 2:3596595/1‑93 (MQ=255) ccAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACCTTTCGATTAATTCCTTGCGGTCtt > 1:864906/1‑93 (MQ=255) ccAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCtt > 1:2231581/1‑93 (MQ=255) cAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTTTGGTCTTg > 2:4366768/1‑93 (MQ=255) aGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGt > 2:721584/1‑93 (MQ=255) gAATGGCTTCCGGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt > 2:468329/1‑93 (MQ=255) gAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt < 1:5000889/93‑1 (MQ=255) gAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt > 2:3051860/1‑93 (MQ=255) gAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt < 1:2652569/93‑1 (MQ=255) gAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt < 2:4150527/93‑1 (MQ=255) gAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt > 2:5941895/1‑93 (MQ=255) 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ccAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaa > 1:433649/1‑93 (MQ=255) ccAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaa < 1:1430370/93‑1 (MQ=255) cAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaaa < 1:1633618/93‑1 (MQ=255) cAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaaa < 1:3273439/93‑1 (MQ=255) gCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAgg > 1:5143272/1‑93 (MQ=255) cTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGGAAAAGgc > 1:4515482/1‑93 (MQ=255) tttAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgcc > 2:278640/1‑93 (MQ=255) ttAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgcca > 2:6256848/1‑93 (MQ=255) tAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccag < 2:4828926/93‑1 (MQ=255) agcGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccagc < 2:2912866/91‑1 (MQ=255) aCGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGggcagcc > 2:5295077/1‑93 (MQ=255) ggTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGccagccag < 2:1541605/93‑1 (MQ=255) gTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAgg > 1:4259796/1‑93 (MQ=255) ttCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGt > 1:2694825/1‑93 (MQ=255) ttCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGt > 2:1528209/1‑93 (MQ=255) cgcGTGCCAGTTGATAGTCAGCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCa < 2:4651245/91‑1 (MQ=255) cccGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCa < 1:2412332/93‑1 (MQ=255) cccGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCa < 1:3093879/93‑1 (MQ=255) cccGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCa > 1:6235185/1‑93 (MQ=255) gTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGc > 2:5552922/1‑93 (MQ=255) tGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGcc < 2:4009790/93‑1 (MQ=255) cAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGa < 2:5349508/93‑1 (MQ=255) cAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGa < 1:5535196/93‑1 (MQ=255) aGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAg > 2:1676021/1‑93 (MQ=255) 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aCCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAg > 2:4571715/1‑93 (MQ=255) cgggggCGAGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGc < 2:2214054/91‑1 (MQ=255) cGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCg > 1:66457/1‑93 (MQ=255) cGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCg < 2:2207508/93‑1 (MQ=255) cGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCaaa < 2:588004/93‑1 (MQ=255) gggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAAc > 1:2017961/1‑93 (MQ=255) ggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACg > 2:234811/1‑93 (MQ=255) ggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACg > 1:2924137/1‑93 (MQ=255) ggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACg > 1:1209368/1‑93 (MQ=255) ggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACg > 1:5254683/1‑93 (MQ=255) gAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGt < 2:6265822/93‑1 (MQ=255) gAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGt > 1:5775111/1‑93 (MQ=255) gAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTGCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGt < 1:5175149/93‑1 (MQ=255) aGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTc > 1:3918884/1‑93 (MQ=255) | GTCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGCTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTC > NC_000913/367050‑367229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |