| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,979,535 | +G | coding (1036/1386 nt) | yifK → | putative amino acid/amine transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,979,534 | 1 | . | G | 99.4% | 1856.8 / 0.1 | 529 | coding (1035/1386 nt) | yifK | putative amino acid/amine transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/3); new base G (262/263); total (262/267) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 584 total aligned reads displayed.
AAAAACCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑G‑CTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGCCATGGTTT > NC_000913/3979442‑3979627 | aaaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCCCGGGGTACCCGTTGCGGGCGTGGCAGGATCTATTGCTTTTCTGCTAATT‑g > 2:2332820/1‑93 (MQ=255) aaaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑g > 1:3525944/1‑93 (MQ=255) aaaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑g < 2:737561/93‑1 (MQ=255) aaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑gg > 2:4930581/1‑92 (MQ=255) ccGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggctc > 2:5549455/1‑89 (MQ=255) gTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCAt > 2:289026/1‑93 (MQ=255) gTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCAt < 1:8228341/93‑1 (MQ=255) gTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCAt > 1:4978126/1‑93 (MQ=255) tCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATg < 2:4399485/93‑1 (MQ=255) tCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATg > 1:7927497/1‑93 (MQ=255) cAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTCATTGG‑CTCATGc > 1:696070/1‑93 (MQ=255) cAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGc > 2:403497/1‑93 (MQ=255) aGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGcc > 2:6174401/1‑93 (MQ=255) gTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCt < 2:8337431/93‑1 (MQ=255) tACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTga < 1:1684047/93‑2 (MQ=255) ccGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGGGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTgaac > 1:1756173/1‑90 (MQ=255) cggcggCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTgaact < 2:5743599/93‑5 (MQ=255) cggcggCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTgaact > 1:3120716/1‑89 (MQ=255) cggcggCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTgaact > 2:3268304/1‑89 (MQ=255) cggcggCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTgaact < 1:6248887/93‑5 (MQ=255) cggcggCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCTgaact < 1:2242895/93‑5 (MQ=255) gcggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTAc > 1:3887904/1‑93 (MQ=255) cggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTAca < 2:3721638/93‑1 (MQ=255) ggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTAcat > 2:5181678/1‑93 (MQ=255) ggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTAcat > 2:2669810/1‑93 (MQ=255) ggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTAcat < 2:8675818/93‑1 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCAtt > 2:2126282/1‑93 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCAtt > 1:7561320/1‑93 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCAtt > 2:3187447/1‑93 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCAtt > 1:8822461/1‑93 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTc < 1:5839254/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTc > 2:1743576/1‑93 (MQ=255) ggCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTcc < 1:1283511/93‑1 (MQ=255) gCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc < 2:7628370/93‑1 (MQ=255) cGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:6875448/1‑93 (MQ=255) gAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCaa > 2:3104254/1‑93 (MQ=255) aaaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAt > 1:8518150/1‑93 (MQ=255) aaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc < 2:5904756/93‑1 (MQ=255) aGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 1:1088048/93‑1 (MQ=255) gTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCg > 1:3367072/1‑93 (MQ=255) gTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCg > 2:1200418/1‑93 (MQ=255) tttCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGc > 1:6464240/1‑93 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGCGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCg > 1:281990/1‑93 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtgt > 1:5725206/1‑93 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtgt > 1:2344882/1‑93 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCCATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtgt > 2:3450140/1‑93 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGGCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt < 1:6751645/93‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt > 1:721764/1‑93 (MQ=255) gCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTg > 1:305101/1‑93 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtc > 2:4771991/1‑93 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtc > 2:141001/1‑93 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 2:8731559/93‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 2:6562674/1‑93 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac < 2:4270867/93‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 1:7787577/1‑93 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac < 2:6980600/93‑1 (MQ=255) gTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtc > 2:6705210/1‑93 (MQ=255) ttGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct < 1:8031006/93‑1 (MQ=255) ttGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 1:7847033/1‑93 (MQ=255) tGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtcta < 1:4700666/93‑1 (MQ=255) gctggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtctac < 1:3290087/90‑1 (MQ=255) gCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtctac < 1:4573745/93‑1 (MQ=255) ggggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACa < 1:544241/92‑1 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAg > 2:8072908/1‑93 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAg > 2:2019429/1‑93 (MQ=255) ggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGt < 1:4169926/93‑1 (MQ=255) ggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGt < 2:1337953/93‑1 (MQ=255) gtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTCTTTGTCTACGTCTACAGTGcc < 1:1525474/93‑1 (MQ=255) ggCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAg < 2:3883353/93‑1 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:2003055/93‑1 (MQ=255) 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ttGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgg > 2:6782935/1‑93 (MQ=255) ttGCTATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgg > 1:4019656/1‑93 (MQ=255) tATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGAt > 2:1070700/1‑93 (MQ=255) tATTCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGAt > 1:8448737/1‑93 (MQ=255) tATTCTGCTAATT‑GTCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGAt < 1:5089597/93‑1 (MQ=255) ttCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATgg < 1:2635917/93‑1 (MQ=255) ttCTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATgg < 2:4639746/93‑1 (MQ=255) cTGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTg < 1:868664/93‑1 (MQ=255) tGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCATCGTGCTTCCGGGGATGGTGc < 2:8482235/93‑1 (MQ=255) tGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGc > 1:7309436/1‑93 (MQ=255) tGCTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGCGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGAGc > 1:5992848/1‑93 (MQ=255) cTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGCCa < 1:4407506/93‑1 (MQ=255) cTAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGCCa < 1:3605838/93‑1 (MQ=255) tAATTGG‑CTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGCCAt < 2:7179698/93‑1 (MQ=255) | AAAAACCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑G‑CTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGCCATGGTTT > NC_000913/3979442‑3979627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |